事实上，自汉末黄巾之乱起，直至三国鼎立，大规模的瘟疫几乎从未真正平息。战乱导致民生凋敝，饥荒迫使流民四散，尸骸无人收殓，水源污染，卫生条件极差……种种因素交织，使得瘟疫如同附骨之疽，几乎每年都会在各地爆发。
战乱、饥荒、瘟疫，这三把死神镰刀轮番挥下，导致人口锐减触目惊心。东汉鼎盛时数千万的人口，到三国时期，竟已锐减至不足千万。
其惨烈程度，不仅平民百姓如草芥般倒下，即便如着名的建安七子这等文坛精英，也曾有四人于同一年爆发的大瘟疫中接连病逝，足见当时疫情之酷烈，医疗之无力。
“瘟疫”二字，在此时代，足以令任何人闻之色变，视为天罚，避之唯恐不及。
沈砚闻报江夏爆发严重瘟疫，心头顿时一紧，神色变得极为严峻。江夏郡与庐江、九江毗邻，水陆交通往来频繁，而庐江长期以来一直在接收各地流民，其中难保没有来自疫区或接触过病源之人。一旦瘟疫传入自己苦心经营的两郡之地，后果不堪设想。
与昭姬的婚期只能无奈向后推迟一两个月。沈砚毫不犹豫，立刻将全部精力投入到防疫工作中。他连续发布紧急政令：
第一，命令驻守汝南方向的龚都，立即分兵，率领其部八千精锐，火速进驻庐江与江夏接壤的寻阳一线，设立严密的军事封锁线。严禁任何人员、货物未经检查从江夏方向进入庐江、九江。军队同时负责巡逻边境，防止民众偷越。
第二，在庐江、九江两郡全境，即刻推行极为严格、细致的公共卫生管理条例。命令各级官吏、里正、亭长，深入乡里，强制宣讲、执行。
内容包括：严禁饮用生水，必须煮沸后饮用；集中处理生活垃圾、人畜粪便，指定远离水源的堆放点；加强城内及聚居地的清扫；发现疑似发热、呕吐、腹泻等症状者，必须立即上报，由官府指派医工查验隔离；严格管理集市、酒肆等人员密集场所，要求保持通风清洁，必要时可暂时关闭。
这些措施，在沈砚看来是防疫基础，但对此时绝大多数民众而言，却颇为严苛甚至难以理解。很多人喝了一辈子生水，觉得没事；随地便溺更是常态。
沈砚不得不动用强制力量和反复宣传，甚至在《平阿新报》上开辟专栏，由华佗弟子撰写文章，通俗讲解瘟疫传播途径和个人防护的重要性，利用自己的威望强力推行。
第三，对于在边境被拦截下来的、试图从江夏逃入庐江的难民，沈砚下令，由龚都所部在封锁线后方，选择数处开阔、远离水源和居民点的空地，建立大型隔离营地。所有来自江夏方向的人员，无论有无症状，一律送入营地，进行至少二十天的集中隔离观察。
营地内分区管理，提供基本饮食和简陋住所，但严禁人员随意流动串区。同时派遣医学院的学徒和士兵中的医护兵进驻，负责初步筛查和基本照料。沈砚在命令中明确写道：“此非不仁，实为大仁。放一人可能害一城，隔离众人方能保万全。我需对治下百万生民负责。”
数日后，华佗带着十余名核心弟子，主动来到太守府求见沈砚。老神医神色肃穆，目光坚定，对沈砚拱手道：
“府君，瘟疫肆虐，生灵涂炭。医者之道，在于救死扶伤，岂能因惧险而避之？佗请率弟子前往寻阳隔离营地，乃至若有可能，深入江夏疫区，亲察病患，探究病因，寻求治疗之法。此乃医者本分，亦是府君推行医学、活人济世之初衷所在。望府君允准！”
沈砚看着眼前这位年过半百、却依旧将生死置之度外、一心扑在医学上的老者，再看看他身后那些同样面带决然之色的年轻弟子，心中涌起强烈的敬意与感动。在人人闻疫色变、避之唯恐不及的时代，主动请缨前往最危险的疫区，这是何等的仁心与勇气！
他沉默良久，整理衣冠，对着华佗及其弟子们，郑重地、深深地施了一礼。
“先生大义，沈某敬佩万分！先生所需一切，但有所求，无有不允！沈某必倾尽所能，为先生及诸位高足，提供最好之保障！”
沈砚说到做到。平阿、庐江两年多积累的雄厚财力和物力，此刻发挥了巨大作用。他命令工匠坊连夜赶工，利用现有的细密棉布、葛布，结合多层缝制、蒸煮消毒的方法，制作出了这个时代能实现的、最有效的口罩和简易防护服。
虽然简陋，但远比毫无防护强。大量的石灰、艾草、酒醋等消毒物资被调拨过去。同时，沈砚紧急传令给鲁肃，从其麾下调拨两万经过初步训练、纪律相对较好的新军，前往寻阳方向，增强封锁和营地管理力量，并听从华佗调遣，协助防疫。
数日后，一封从寻阳前线传来的书信，送到了沈砚案头。是华佗的亲笔信。信中除了汇报初步观察到的病情，还郑重向沈砚举荐一人：
“南阳涅阳人张机，字仲景。此人精研医理，尤擅伤寒杂病。其家族本为望族，然建宁以来，不过十年，宗族二百余口，竟亡三分之二，其中伤寒十居其七。仲景感往昔之沦丧，伤横夭之莫救，乃勤求古训，博采众方，精研此道。其于伤寒之识见，尤在佗之上。”
“今闻江夏大疫，仲景已自发前来，现于营外，不敢轻入。此真国手也，若能得府君信重，委以防疫全权，或为苍生之幸。佗愿为其副，共克时艰。”
“张机？张仲景？！”沈砚初看时略感茫然，但看到“字仲景”三字，脑中如电光石火般一闪，猛地站起！
医圣！张仲景！着《伤寒杂病论》，被后世尊为医圣的千古巨擘！他竟然就在眼前，而且被华佗如此推崇！
沈砚立刻下令：“快！以最隆重的礼节，请张仲景先生来见！不，先生既在营外，恐有顾忌，我亲往营外相见！”
他立刻动身，在周泰及一队亲卫护送下，赶到寻阳附近的隔离大营。在营外专门设置的、用于交接物资和会面的临时木棚内，沈砚见到了风尘仆仆、面容清癯却目光湛然的张仲景。张仲景坚持不入营区，只在远处对沈砚遥遥行礼。
沈砚命人设座，请张仲景讲述疫情。张仲景也不推辞，将他深入江夏疫区观察到的惨状一一述来，言语沉痛。更关键的是，他结合自己多年研究和此次实地勘察，对这种伤寒类瘟疫的病因、传变、症候、乃至不同体质患者的不同表现，做出了极为精到深入的分析，许多见解远超时代。
他不仅指出外感疫气是主因，更强调了人体内在正气强弱的关键作用，以及饮食、环境、情志等对病情的影响，初步提出了辨证论治的雏形。
最后，张仲景有些忐忑，却又带着一丝期盼地说道：“府君，此疫虽烈，然并非无药可治，更非天命不可违。若能有充足的人力物力支持，按照在下的方略，系统防治，精心调治，此疫完全可以被控制、被治愈！甚至，若能借此机会，总结出系统的防治之法，广传天下，或可使此类恶疫，从此不再为祸人间，至少，大为减轻其害！”
他顿了顿，声音低沉下去：“只是此法耗费甚巨，需动员大量人员，调配海量药材，建立严密隔离，精心护理病患……如今诸侯忙于征战，朝廷力有未逮，百姓自顾不暇……恐难实行。”
他看向沈砚，眼中带着询问与一丝微弱的希望。这位年轻的庐江之主，会如华佗信中所言那般，与众不同吗？
沈砚几乎没有任何犹豫，在张仲景话音落下的瞬间，便斩钉截铁地应道：“可！就依先生所言！一切所需，先生只管列出清单！要人给人，要物给物，要钱给钱！沈某及两郡上下，必全力支持先生！”
他当即起身，对着远处的张仲景，郑重拱手，朗声道：“沈砚，在此拜请先生，出任我庐江、九江两郡总领防疫之大医官！全权负责此次瘟疫防治一切事宜！自华佗先生以下，两郡所有医者、吏员、兵卒、民夫，凡涉及防疫之事，皆听先生调遣！若有违令、懈怠、推诿者，先生可先斩后奏，沈某绝无二话！”
张仲景闻言，浑身一震，看着沈砚毫不作伪的诚恳与决绝，眼中猛地爆发出明亮的光彩，一股久违的热流涌上心头。
他深吸一口气，整了整衣衫，对着沈砚，推金山倒玉柱般，深深一揖到地：“张机，领命！必竭尽所能，以报府君信重，以救天下苍生！”
有了沈砚毫无保留的信任和倾尽全力的支持，张仲景与华佗两位医学巨擘联手，防疫抗疫工作立刻以最高效率展开。张仲景结合理论提出总体方略和药方，华佗凭借丰富的临床经验进行优化和验证，两人配合无间。
首先，在隔离大营内建立严格的分区：疑似区、轻症区、重症区、康复观察区。所有人员按症状划分管理。张仲景根据患者不同症状、体质，开出数种主要方剂，如麻黄汤、桂枝汤、葛根汤、白虎汤等的加减化裁，并辅以针刺、艾灸等法。华佗则负责危重病人的抢救和并发症处理。
充足的药材从两郡各地乃至通过商队从外地紧急采购而来。大量的护理人员，主要由那些被抄没的豪族侍女、以及自愿报名的民妇经过紧急培训组成，在医者指导下，负责熬药、喂药、清洁、照料。士兵们负责维持秩序、运送物资、焚烧污染物、遍洒石灰消毒。
沈砚几乎将两郡的资源向寻阳倾斜。粮食、布匹、药材、燃料……源源不断。鲁肃、龚都所部数万大军，成了最可靠的执行者和保障者。
奇迹，在严密的组织和两位神医的妙手下，渐渐显现。隔离营中的病患，病情得到了有效控制，死亡率大大降低。越来越多的轻症患者痊愈，重症患者病情稳定并好转。