开始二周目后，最初的画面是一对机器人兄弟。
圆圆的脸，大大的眼睛，看着有些可爱。
只不过，哥哥倒在地上，眼睛失去了亮光，俨然已经死亡。
弟弟仍然积极地抢救，跌跌撞撞地提着水桶，去接满机油后回来，倒在哥哥身上。
只不过，终究是白费力气。
这时候，视角拉远，熟悉的声音传来：
“你就算再怎么努力，机械兵也不可能做一家人的。”
9S正坐在高处，查看某些数据。
原来，第二周目操纵的不再是2B，而是9S。
他周围的环境，正是那个巨大的工厂。
最开始的任务，是协助寄叶部队解除地面的防空系统。
9S换上机甲，一路杀进防卫系统内部，黑掉了四个终端机。
以9S的视角去游戏，可以发动对地方的“黑客攻击”。
此时，界面会变成击倒方块或圆球的小游戏。
完成小游戏后，被黑的机械生命体会受到很高的伤害。
搞定了防卫系统后，9S再次杀出通道，去支援进攻部队。
当他发出导弹解决掉那只巨大的机械臂时，熟悉的画面出现了：
在2B的注视中，驾驶机甲的9S从空中缓缓降落。
二人相互打了个招呼，恍如初见。
这个画面，和一周目开场时一模一样。
顿时，上官言明白了——原来二周目是以9S的视角，去重新体会一遍剧情。
随着那些熟悉的台词一句句出现，上官言又重温了一遍2B和9S初次相识的场景。
原来，之前2B在工厂里面搜寻时，9S陷在金属通道中，所以那么晚才赶到。
同样的，9S舍身救2B，被巨型机器人击中，落在它背上。
只不过，在他昏迷后，多了一段修复自身系统的过程。
接着，2B开走他的机甲，和头目正面战斗。
他则操纵BOT，解决朝自己冲来的机械兵。
二人合作干掉巨型机器人后，周围又冒出三个同样的大家伙，包围了他们。
于是，他俩取出各自的黑匣子，碰在一起，引发了巨大的爆炸……
接下来的画面是在基地中，9S前往2B的房间，协助对方恢复了各项功能。
二人相互介绍了一下，前往指挥中心领了任务后，便一起驾驶机甲飞向废墟都市。
后面的剧情也都大致一样：前往反抗军的营地，领取任务后，去沙漠中调查，遇到一个逃跑的机械兵。
只不过，中途多了一段动画，介绍机械生命体遇到火山爆发后，突然找到了活下去的意义。
然后是进入沙漠中的城市，遇到大群模仿人类的机械兵，它们组合成巢，孕育出一个银发的人造人。
用刀刺穿人造人的胸膛后，它再次复苏，引起建筑物崩塌，迫使2B和9S逃离。
接下来的目的地是游乐场，中途又多了两段画面。
第一段中，2B的POT042要求9S的POT153开启权限，传输战斗数据；
第二段则是延续了火山爆发的动画，讲述机械生命体们找到了宝物-感情，并且每个人都产生了不同的感情。
然后是在游乐园中探险和搜索，与前面的剧情一致。
在和头目-舞姬战斗时，又出现了一段新内容：
当舞姬还是“矮丑”的机器人时，试图赢得一个高大帅气机器人青睐，结果遭到了拒绝。
它发誓自己会装上很多饰品，让自己变得更漂亮。
当9S消灭了舞姬后，又触发了新的记忆：
舞姬变漂亮后，再去找那个帅机器人，乞求对方的喜欢。
“她”为了变美，付出了无数艰辛，只要有一丝可能，都会去尝试。
“但他还是不喜欢我……”
“不管我做什么，他都不喜欢我……”
最后，“她”意识到，自己付出的一切，都是白费的，毫无意义。
在尖啸声中，舞姬爆炸成一团火焰。
这时候，上官言明白了二周目使用9S的意义：
他可以黑入机械生命体的系统，自然也能感受到对方的记忆和思想。
这些东西慢慢影响了他，让他意识到，自己的敌人并不只是冷冰冰的机械。
接下来，二人跟随代表和平的机器人一起，前往村庄里面。
此时又多了一段画面：
亚当和夏娃正坐着晒太阳，夏娃很奇怪为什么要穿裤子和吃苹果。
亚当解释说这是人类的行为，他们要尽量活得像人类一样。
夏娃很听哥哥的话，认真地执行了对方的话。
另一边，2B和9S从村庄回去，解决了巨型机械兵器后，遇到它自爆炸出一个大坑。
他俩追踪外星人的踪迹，进入指挥大厅后，遇到亚当和夏娃，获悉外星人已经灭绝的真相。
二人再次和对方打了一架。
出来之后，外面多了很多站在高处发呆的机械兵。
它们似乎是在思索自己存在的意义。
有的过于纠结，甚至还跳下去自杀。
后面的剧情便是前往“森之国”搜寻情报。
这时候多了三段画面，介绍“森之国”的历史：
256年前，一台巨型机器人打算自立为王，建立一个王国，让治下的所有人民都成为他的家人。
128年前，国王死去了，护卫们将国王的内存放置在一台小孩机器人内，以为这样可以将国王的信念传承下去。
最后一段是4小时前，护卫们为国王没有成长而烦恼，但它们觉得小孩非常可爱，仍然决定用生命守护它。
当然，它们没能守住。
和之前一样，A2出现，杀死了小孩机器人，并与9S和2B发生冲突。
A2走后，二人前往水淹之城，执行护卫航母的任务。
此时又多了一段关于亚当和夏娃的画面，内容是他俩如何尽量变得更像人类。
在水淹之城，9S和2B遭遇了古代巨兽并消灭了它。
此时又多出了一段画面：
2B的POT042要求9S的POT153传输战斗情报（之前是战斗数据）。
受巨兽爆炸的影响，9S被冲击波掀飞，落入亚当手中。
在昏迷的这段时间内，他进入了机械生命体的网路，获悉对方一直在模仿人类的事情。
途中，他和亚当产生了争论，对于机械生命体与人工智能机器人的区别感到疑惑。
亚当也将自己的信息（病毒）传输到9S体内。
这时候，触发了一段剧情动画，里面出现了一段晦涩的独白：
“机械生命体都很珍视自己的宝物，有的视“宝物”为家人，有的认为是兄弟，有的则认为是美丽……
不过，也有的机械人认为是——【憎恨】。”
接着，9S苏醒，看见2B击杀了亚当。
他被2B抱起，送回总部进行修复。