天启皇帝也向孙承宗询问人选：“览卿奏。具见筹边大略，体国公忠，朕心悚豁。时事交迫，既划一条奏，何可需延？经臣王在晋，扞御危关，猷劳久着，准召还拟用；王国祯才望素忧，着即另推用；其赞划道将等官更置委任及练兵均饷等事，都依议行。奏内各官堪任经略的着从公作速推举。帑金给发已多，卿奏冲边急需，特准发五十万两，仍着开款，务济实用，勿得虚糜。全辽沦蹙，畿辅震惊，朕日切忧劳，赖卿谋猷，参决庙算。一切紧要事宣，应会各部或本部径行，不必复奏，卿一意担承。务振从前玩愒之习，早奏固圉恢疆之功，用副朕倚重至意。”
孙承宗在心中反复衡量后，认为实在找不到合适的辽东督师人选，于是上疏自请督师：“皇上急催更易经略，一时诸臣，同心忧国，无不悉意商确。而目前人才，止是如此。但关城之事，耽搁已久，半年来，兵未合营，将未本伍，独有逃官逃将，议筑议凿。口口声声俱说要守，而将不简、兵不练、何以为守？西虏决非守关之人，逃将决无守关之计。以三十万可了之工，而计百万。以八里地，费百万之工，而待岁时逃将之破冒，逃道之筹策，宁足问乎？杏山数万之义民，岂可忍其化为夷虏。关城数万之流人，岂可忍其尽为沟瘠？
而方且释最急之计，兴可缓之工，如宁远以内三百里之疆土，幸奴酋所未到，而今让为西虏之幕场。我渐实其土，则西虏渐远于关，而逃官难于色也，可乎？盖精意综核于琐屑，神情凝滞于偏枯。认不可凭之数，以为远大，而反失其目前。略不可忽之机，以为目前，而又失其远大。倚不可任之人，以为公勤，而或陷于忠计。听不可信之语，以为忠计，而更疏于公勤。在晋业蒙皇上召还矣，然而代者实难其人。”
依胡子睿看来，虽然王在晋已被天启皇帝召还了，孙承宗仍然不够厚道地打了一把“落水狗”！重申了王在晋八里铺修筑方案的错误，同时以“代者实难其人。”为自己自请督师作铺垫。
孙承宗慷慨激昂地写道：”今举朝皇皇，若天下之大，而无一人可应其求。即臣所疏三四人，臣所未见者，既不敢任耳。而臣所久识者，亦复未尽满心。臣再四思维，与其以天下之重，付之不可知之人，而臣以身从，何若以身任之。即天下以为不可知，而臣犹得以自竭其力。臣愿以本官赴山海关督师，如奴来窥关，必不使匹马横行。如贼稍敛缉，臣当提掇全镇之精神。如辽人可用，决不敢以众疑而概弃。西虏可抚、决不敢以众信而遂凭。待兵将调和，文武豫附，择其可付大事者，授以经抚之任，是臣所以忠皇上而报神庙、光庙之生成也。”
依胡子睿看来，孙承宗最后这句“是臣所以忠皇上而报神庙、光庙之生成也。”是这篇文章的点晴之笔，这句话即模仿了诸葛亮出师表名句“此臣所以报先帝而忠陛下之职分也”；衬托出自己乃是三朝老臣、诸葛亮那样能“力挽狂澜”的名臣！
天启帝大喜，勅曰：“前屯、中前所等处，尚可城守，亟宜经理。其宁远、广宁，暨河东旧土，渐图恢复。内安外攘，夙称重任。出将入相，尤鲜兼才。惟卿以密勿赞襄之臣，兼干城腹心之任，既谟谋于帷幄，复筦摄乎戎枢。今且秉钺以统元戎，建牙而分外阃，安危之任，实为一身。朕所倚赖，亦惟卿一人。汉则孔明，唐惟裴度。卿其勉建勋猷，除凶雪耻，以标名麟阁。”
天启皇帝果然“投桃报李”，将孙承宗称为天启朝的诸葛亮、裴度；胡子睿知道裴度虽然名气没有诸葛亮那么大，然而他在唐朝人心目中的地位是可与平定安史之乱的郭子仪相比的，裴度曾经在为相的二十多年间，先后推荐过韩愈等名士，重用李愬等名将，平定了吴元济之乱，还保护过大诗人刘禹锡等人，辅助唐宪宗实现了“元和中兴”。
天启皇帝下诏发给孙承宗关防敕书，以原官督山海关及蓟、辽、天津、登、莱诸处军务，便宜行事，不从中制，而以阎鸣泰为辽东巡抚。孙承宗乃辟职方主事鹿善继、王则古为赞画，请帑金十八万以行。帝特御门临遣，赐尚方剑、坐蟒，阁臣送孙承宗于崇文门外。
孙承宗至山海关后，于是一反王在晋时淘汰冗员，精兵简政的做法，来了个”新官上任三把火“；孙承宗令总兵江应诏定军制，佥事袁崇焕建营舍，李秉诚练火器，赞画鹿善继、王则古治军储，沈棨、杜应芳缮甲仗、筑炮台，中书舍人宋献、羽林经历程仑主市马，广宁道佥事万有孚主采木，而令游击祖大寿佐金冠于觉华岛，副将陈谏助赵率教于前屯，游击鲁之甲、副将李承先练骑卒，参将杨应乾募辽人为军。
江应诏后来被人弹劾，孙承宗请用马世龙代之，马世龙，字苍元，宁夏人。由世职举武会试，历宣府游击。天启二年擢永平副总兵。孙承宗署兵部时认识他，孙承宗认为马世龙是难得的奇才，于是向天启皇帝推荐马世龙为都督佥事，充三屯营总兵官。
孙承宗出关镇守后，推荐马世龙为山海关总兵，俾领中部，调总兵王世钦、尤世禄分领南北二部。正月间赐尚方剑，实授府衔，天启皇帝皆认可这些计划。孙承宗筑坛拜马世龙为大将，代行授钺礼，军、马、钱、谷尽属之。
孙承宗又命他们分地设防，马世龙居中，驻卫城，王世钦屯南海，尤世禄屯北山，各统兵一万五千人。并受马世龙节制，马世龙感激孙承宗对自己有知遇之恩，颇尽力，与孙承宗定计出守关外诸城。
王在晋任辽东经略时拟用六万人，实用兵五万七千三百三十名，缺二千六百七十名；孙承宗上任后，首要大事就是要弄清楚手下到底有多少兵马，这件事关系到粮饷，马虎不得，于是孙承宗点名让辽东巡抚阎鸣泰负责。