长水校尉廖立本是武陵名流，自认为才能名气应当在诸葛亮之次，却游散在李严等人的位次下，常怏怏不乐。在与蒋琬、李邵交谈时免不了指点江山，先是说刘备数次决策错误，不该留关羽守荆州，关羽仗恃自己的勇威声名，带兵作战无方，死后连骨头都收不回来，之后又白白丢失上庸一方土地；之后东征荆州更是失策。现在朝中向朗、文恭等人，都是平庸之辈，做事要么毫无章法，要么稀泥，只会盲目随别人打转转，等等。
蒋琬、李邵听在耳中，回头就报告给诸葛亮。诸葛亮写了一份弹劾廖立的奏章：长水校尉廖立，坐井自大，贬论广大朝士，诽谤先帝，诋毁群臣，公然指责国家不任贤达之士而用平庸之人，一羊乱群，何况廖立官任高职，谁能分辨他的真伪？
刘禅立即下诏废廖立为平民，流放汶山郡。廖立从此以耕种为生，每每痛呼流涕要改过自新，至死未获启用。
刘备死后不到一个月，骠骑将军马超突然病故，年四十七岁。诸葛亮上表，其子马承袭爵，其女嫁给安平王刘理，弟马岱任平北将军接其兵事；又荐刘琰都乡侯，官位排位仅次于李严，又兼任卫尉、中军师、后将军；赵云为永昌亭侯，镇东将军；荆州人向朗为步军校尉，王连为屯骑校尉。王连举荐同乡杜祺、吕乂、刘干一同被选取担任典曹都尉，经营盐铁。
葭萌关守将霍峻死后，一直是魏延兼梓潼太守，诸葛亮调张翼出任梓潼太守；以绵竹为成都门户，任马谡为绵竹令；曾劝阻刘备称帝被降职的费诗重获启用，被委任永昌太守，然而，费诗尚未赴任，在十月川南发生突变！
豪帅雍闿在建宁嚣张跋扈，勉强臣服于刘备。受曹丕引诱一直等待时机，听闻刘备病故，雍闿杀死太守正昂，在南中发动叛乱，牂牁太守朱褒起兵响应，永昌郡吏吕凯、府丞王伉等人激励官民，关闭四境抵御雍闿，雍闿不能前进，便接连夷人孟获扇动诸夷叛乱，越嶲夷王高定杀死守将焦璜占据越嶲郡称王。
雍闿，汉什邡侯雍齿之后。雍齿，沛县世族，随刘邦起兵反秦却一直看刘邦不顺眼，数次脱离刘邦，后来刘邦听从张良的意见，封雍齿为什邡侯，封地于成都南百余里。武帝时，其孙雍桓被罢爵，但是雍氏此时在什邡经营已有八十九年，即便是罢爵依然是当地的豪强，延续三百年后成为川南一霸，因其地处南疆征之劳民伤财，故刘璋和刘备对其都是采取拉拢和安抚。
川南四郡除了永昌，建宁、牂牁、越嶲三郡皆反，而永昌依靠吕凯、王伉两人苦苦支撑危在旦夕。朝中文武议论纷纷，相当一部分认为，雍闿之乱不过疥癣之疾，派一员上将讨之即可；也有人认为，雍闿在川南广有恩信，与蛮族关系融洽，需要小心应对；还有一部分人在担忧，雍闿作乱没那么简单，或许会与曹丕和孙权有关，需堤防曹丕趁机出兵。所有人把目光投向丞相府，看诸葛亮如何应对。
汉四二五年，蜀建兴二年正月十七，丞相诸葛亮上表准备亲自南征。刘禅惊讶道：“国事初定，相父为何轻出？”
诸葛亮躬身道：“雍闿作乱必有外援，臣料不久曹军将进寇汉中，南方不平，益州难安，唯有剪除后患方可以御外地。南中豪强林立，蛮夷混杂，非臣亲自前往难收其心。”
屯骑校尉王连劝道：“南中自古就是不毛之地，瘟疫盛行。丞相是全国指望依赖之人，不宜举国之力，冒险征服。”
诸葛亮以为诸将皆不如己，执意要亲自前往。王连再三进谏，言辞恳切，诸葛亮思索再三，觉得王连所说确实有理，一则刘备新丧，国事未定，理应再稳定一年半载；二则出征的准备还不充分，兵马、粮草需要调运，尤其是防暑、避瘟、驱虫的药品不足，冒然出征于军不利；三则川南疲敝，雍闿暂时还掀不起多大浪头。
“丞相，你只担心曹丕，难道就不怕孙权趁机入川吗？”见诸葛亮意动，尚书邓芝出班道。
邓芝，字伯苗，光武帝刘秀手下名将邓禹之后。虽然同姓邓，都是新野人，邓芝与邓艾却是八竿子打不着，而刘备在新野之时，邓芝已经定居川中依附巴西太守庞羲，深受器重。
诸葛亮笑道：“孙权既投周仓，而甘心为藩尽弃江南之地，又如何肯再图巴蜀，那岂不是又为周仓做嫁衣？虽是如此，我以为当与其交好，而非与之为敌，但一直未有出使之人，伯苗有此意乎？”
多一个朋友强于多一个敌人，诸葛亮还不完全明白孙权的想法，但他知道与孙权结成同盟是明智之举，他也相信现在的孙权没有理由拒绝。
“正有此意。”
刘禅大喜，当即以邓芝为使，前往长沙去见南越王孙权寻求结盟。刘禅又下诏，丞相诸葛亮兼益州牧。
诸葛亮启用因劝阻刘备东征的绵竹人秦宓为益州别驾，巴西人谯州为劝学从事。为加强防御，诸葛亮在地方设四个镇戍都督：庲降都督李恢，南抚夷越；江州都督李严，拱卫成都；永安都守黄权，防御荆州；汉中都督魏延，防范雍凉。四督中，除了魏延其他三人都是益州降将，所不同的是李恢是益州建宁人，黄权是巴西人，而李严是荆州南阳人入川。
经过一番整合，不安定分子被免被罢，蜀汉政坛出现三个派系：第一是以刘备带来的人马为主的荆州派，代表人物诸葛亮、赵云、董允、魏延等；二为刘焉刘璋父子入川所带的东州派，代表人物如许靖、李严、邓芝、费祎等；三为益州本土派，代表人物如李恢、黄权、秦宓、吴懿等。
虽然存在三个派系，诸葛亮处处以身作则勤于政务，益州政局渐渐稳定。