为什么要说李秀成不知道南京城内大战该怎么打了呢？
这事还得从洪大教主逼着李秀成暂时按杨秀清的办法打时说起，当时考虑到的确需要带着一些家眷老小出城，也必须转移一些南京城里堆积如山的金银珠宝去江浙大后方当军费，这些都需要时间准备，虽然心里一百个不情愿，李秀成还是违心答应了洪大教主的要求，也当着洪大教主的面，派人传令李容发和方海宗等军，让他们转攻为守，抓紧时间准备巷战工事，换来了洪大教主的点头赞许，太平军决策层的暂时意见一致。
然而李秀成却没有马上离开天王府，因为在李秀成准备返回自己的忠王府部时，此前被拘押在金龙殿外的洪仁玕、曾立昌和周立春三人又大声呼救，痛哭流涕的恳求李秀成伸出援手，挽救他们的一条小命，暂时拦住了李秀成的脚步。
周立春会不会掉脑袋李秀成当然不会在乎，可洪仁玕和曾立昌的死活李秀成却不能不管，原因是洪仁玕懂英语有外交经验，请英法列强出面调停太平军和吴军之间的战争，正用得着洪仁玕这个在太平天国中罕见的外事人才；曾立昌是天国老将，在太平军队伍里颇有声望和影响力，无缘无故的丢了脑袋肯定会影响军心士气，同时曾立昌在南京城里也还有着一千多人的嫡系军队，一旦生变就有可能出现动乱。所以李秀成别无选择，只能是重新回到金龙殿上，询问洪大教主为什么要突然逮捕曾立昌和洪仁玕等人？
“为什么要抓他们？”洪大教主反问得十分愤怒，喝道：“你为什么不问问他们，他们和超越小妖有多少往来，在私底下和超越小妖有多少联系？”
“天王万岁，他们和超越小妖在私底下有往来联系？”
李秀成惊讶的问，洪大教主也不回答，只是让女官把几道书信交给了李秀成，李秀成接过匆匆看了大概内容，见这几道书信确实都是吴超越写给周立春等人的书信，但内容却只是以女婿的身份向周立春问安，嘱咐周立春好生保重，以朋友的身份和曾立昌、洪仁玕叙旧，劝说曾立昌和洪仁玕迷途知返，归降吴军，只是很普通常见的劝降书信。但也正是因为如此，李秀成才益发糊涂，忍不住疑惑问道：“这些书信没什么啊？超越小妖和扬天义他们有点旧交，劝他们投降不奇怪啊？”
“不奇怪？”洪大教主怒吼道：“那他们收到这些书信后，为什么不马上上交，要偷偷摸摸的藏在他们身边？这不是准备向超越小妖投降是什么？”
李秀成恍然大悟，也没问洪大教主为什么知道这些书信的存在准确找出，只是拱手说道：“天王万岁，书本上有句话说得好，水至清则无鱼，人至察则无友，超越小妖为人卑鄙，肯定给不少天国将领和官员都写了这样的书信，其中也肯定有不少暗藏着没有上交的人。如果为了这样的事就杀头，这些人肯定会害怕落到同样下场，更加坚定他们投降叛乱的决心。以臣下之见，对扬天义他们最好是宽大处理，让他们感念天王万岁你的仁德，也安定天国人心。”
“放屁！”洪大教主骂了一句脏话，咆哮道：“收到超越小妖的书信没有主动上报，还把书信偷偷留下，就是背叛天国，罪该万死！绝不能再饶！”
李秀成再劝，还举出了自己从书本上看来的秦穆公亡马的例子，力劝洪秀全对曾立昌等人从轻发落，给他们一个戴罪立功的机会。然而落第秀才洪大教主不但半点听不进去，还被李秀成给劝出了肝火，怒吼道：“闭嘴！朕不想听你再说了，马上给朕回去准备巷战！周立春、曾立昌和洪仁玕这三个叛徒，全部给朕点天灯！现在就点天灯！”
李秀成大惊，赶紧又苦苦劝说，并明确指出洪仁玕和曾立昌对太平天国来说还有大用，旁边受过李秀成大人情的蒙时雍和秦日纲也帮腔求情，费了九牛二虎之力，总算是让洪秀全做出些许让步，同意饶洪仁玕一条小命，把他留下来方便和英法列强联系。李秀成不肯满足，又极力恳求洪秀全也饶了曾立昌时，洪秀全却眼珠子一瞪，怒吼道：“够了！忠王，朕今天够给你面子了！曾立昌这个逆贼暗通妖兵，如果不杀，又把他放回军队里，他如果煽动部下叛变怎么办？杀！必须得杀！”
吼叫着，洪秀全又一指李秀成，咆哮道：“不要让朕再说一遍，马上回去带着军队和妖兵打巷战，抢筑从清凉山到台城的城墙！马上去，快！”
“抢筑从清凉山到台城的城墙？”李秀成脸色一白，失声说道：“天王万岁，刚才你没下这道旨意啊？”
“朕现在下，行不行？”洪秀全怒容满面的说道：“如果不赶紧筑起这道城墙，妖兵直接冲过了鼓楼，天京城还怎么守？”
“可是天王，如果我们准备弃城的话，就没必要劳师动众的抢筑这道城墙啊？”李秀成赶紧又问，道：“难道天王万岁你还想坚决守城，不想弃城突围？”
“朕说过，是否弃城突围，还要让朕再考虑一下。”洪秀全不耐烦的挥手，说道：“快去吧，天京城里有的是百姓可以征用，先把城墙筑起来再说。”
“天王万岁，这不是人力是否充足的问题啊。”李秀成急得额头上都有些汗水，说道：“如果要抢筑这道城墙，臣下就必须要把大批的机动军队布置在天京北城和妖兵打巷战，下关三门那边的军队也不能撤回来。这样的话，虽然肯定能争取到一些时间，但我们的伤亡也肯定下不到那里。只有赶紧弃城决心，一边全力准备弃城突围，一边让军队且战且退……。”
“朕就是要你给争取一点时间，是否弃城，朕还没有下定决心。”洪秀全不耐烦的连连挥手，说道：“还有如何弃城，也还需要商量。好了，快去按朕的旨意办，先在巷战里把妖兵拖住再说。”
“完了，这下子我真不知道该怎么打了。”
李秀成心中叫苦，可是又无可奈何，知道以洪大教主的狗熊脾气一旦犯起倔来，自己就是和他争上三天三夜也起不到任何作用，别无选择之下，李秀成也只好暂时退让了一步，老老实实的奉命告退。然而洪大教主却还是不肯放过李秀成，又冲着李秀成的背影喊叫道：“记住，马上开始抢筑城墙！人手不够就对莫爱卿说，让他帮你征调百姓听用！城墙筑得越高越厚越好！”
事还没完，垂头丧气的离开金龙殿后，在天王府的大门前，李秀成又看到了已经被绑在了火刑柱上的周立春和曾立昌两个倒霉蛋，听到了周立春的绝望哭喊，还有曾立昌的破口大骂……
“天王万岁，我闺女是自己跟了超越小妖，她生了儿子我还是过了好几年才知道，我没和超越小妖勾结，我还和他打过仗啊！冤枉！我冤枉啊！”
“洪秀全！你这个装神弄鬼的老骗子，老子为你出生入死那么多年，在扬州老子饿得吃钉鞋底，煨牛皮箱，老子都没叛你！超越小妖给老子写一道信，你就要杀我，要活活烧死我，你这个老骗子良心着狗吃……。打！打！你们使劲的打！看清楚了，老子的下场，就是你们将来的下场！跟着洪秀全那个老骗子，你们迟早比老子的下场更惨！”
摇了摇头，李秀成不愿再去看哭得天昏地暗的周立春，还有已经被打得满脸满嘴是血的太平军老将曾立昌，也不愿去想象这个消息传开之后，在太平军队伍里会造成什么恶劣的影响。李秀成唯一能做的，就是赶紧派人到曾立昌的旧部中安抚军心，以免曾立昌的旧部生变。
当天晚上接下来的时间里，李秀成彻底陷入了进退两难的尴尬处境，想制订战术让北城的几支主力军队且战且退的撤回南城，担心洪大教主迟迟不肯下定弃城决心，给了吴军迅速推进到城内腹地机会，让太平军再也无法从容转移。想满足洪大教主要求，一边抢筑城墙一边和吴军在北城寸土必争，又担心李容发、吉庆元和方海宗这几支主力军队在巷战中损失惨重，严重削弱突围时的作战力量。左右为难，前后矛盾，战术方针的选择比手中机动兵力严重不足的吴超越还要头疼万分，根本就不知道到底该怎么打。
最后，招架不住洪秀全亲信莫仕暌的一再催促逼迫，李秀成只能是采纳了智囊李书香的折中建议，决定暂时满足洪大教主的旨意要求，一边发动百姓抢筑城墙和准备撤退，一边也不再往北城增派兵力，让李容发、吉庆元和方海宗等军就地坚守街垒，巷战耗敌。然后走一步看一步，随机应变，见机行事——换句话说，也就是打到那里算那里。
天色终于微明了，公历九月二十五日、农历闰八月初三的清晨七点刚过，在吴超越的亲自指挥下，也在吴军重将曹炎忠的亲自率领下，六千装备精良的吴军将士兵分两路，分别从已经重新疏通的神策门和旁边的城墙缺口处，向着太平军在南京城中的街垒阵地发起了进攻，正式拉开了南京巷战的序幕。
与此同时，吴军已经停止了在龙脖子战场上的佯攻，所有军队全部用于监视除神策门外的南京十二道城门，在城门出口处抢建阻击工事，挖掘壕沟埋设地雷，布置火炮封锁道路，时刻防范太平军弃城突围。吴军水师的舢板船队也几乎全部驶入秦淮河，在河面上来往巡逻不绝，随时准备帮助拦截太平军的出城之兵。同时为了预防万一，吴军还做好了随时炸毁南京城各道护城河桥梁的准备。
七点二十一分，大战正式打响，兵分两路入城的吴军将士继续分头行动，一路由曹炎忠部将刘堪率领，沿柳巷向太平军李容发的阵地发起进攻，目的是拿下台城，直接威胁洪秀全的天王府；一路由曹炎忠亲自率领，走红庙街东进，向太平军吉庆元部的阵地发起进攻，目的是击溃吉庆元军，接应下关三门外的吴军钱威部入城。
杨秀清其实真不是完全在蒙洪秀全，吴军在城里的巷战确实打得十分艰苦，每前进一步都有可能被街道两旁民房院落中的冷枪暗算，只能是小心翼翼的一边清剿街道两旁的潜伏敌人，一边缓缓向前方推进；也每每受阻于太平军连夜抢修街垒工事，被迫使用移动缓慢的重炮轰击开路，推进速度十分缓慢，伤亡明显要比在城外野战时为多，弹药消耗更是巨大。
推进最吃力的是刘堪这一路，因为太平军正在组织城内全力抢修从台城到清凉山的新城墙，太平军在柳巷这条路上可谓是集中了重兵保护，李容发和方海宗两军共守柳巷，马台街上的袁得厚部也派遣小股军队游击骚扰刘堪的侧翼，再加上城墙上太平军也不断开枪射击，刘堪所部很快就陷入了三面受敌的窘境，逼得吴超越不得不派军沿着城墙西进，在狭窄的城墙顶端艰难推进，帮助刘堪分担压力。然而即便如此，刘堪所部却还是每前进一步都必须得付出血的代价，推进速度慢得惊人，打到中午才拿下不到三分之一的柳巷街道，士卒的死伤却突破了两百人。
曹炎忠这边的情况要好一些，但也好得不多，昨夜没有参加神策门混战的太平军吉庆元部全是生力军，军队编制完整，体力弹药充足，也有三牌楼街上的陈得才军帮忙袭扰曹炎忠的侧翼，同样是凭借巷战工事有力挡住了曹炎忠的脚步，让曹炎忠的推进同样困难无比，伤亡也相当不小。
还好，曹炎忠在打巷战方面还算颇有心得，每遇阻拦从不着急，更不会乱拿人命去填，只是以时间换空间，动用重炮上前轰击太平军的街垒工事，直接以苦味酸炮弹轰开道路，缓慢而又不可动摇一步步向红庙街西面推进，并成功的在正午刚过时打到了金川门边上，发出信号让城外的吴军发起攻城。
在这个时候，太平军大将吉庆元犯下了一个指挥错误，为了守住金川门不让城外吴军进城增援，吉庆元冒险催军上前，妄图击退曹炎忠保住金川门。结果很自然的，曹炎忠军突然密集轰出的掷弹筒炮弹马上就把吉庆元的军队炸了一个七零八落，鬼哭狼嚎，击针枪的密集火力又把集群冲锋的太平军成排成排打倒，让吉庆元的反击不但没能收到任何的效果，还重创了太平军的反击之军。
轰溃了太平军的反冲锋后，吴军的掷弹筒队又掉转炮口，对着金川门上连续发射，密集覆盖金川门城楼，城上守军虽负隅顽抗，却还是招架吴军的猛烈攻势，激战了半个多小时就被吴军从内侧打开了金川门，城外吴军欢呼入城，胜利夺占了第二道南京城门。
金川门失守的消息并没有让李秀成感到半点意外，相反的，李秀成还非常惊讶神策门旁边的金川门竟然能够挺到下午才被吴军拿下，仔细问清楚了金川门战事的详细经过后，李秀成还又忍不住十分惊奇的说了一句，道：“妖兵在城里推进这么慢？难道我们在城里和他们打巷战真的有戏？”
“从妖兵打法上来看，他们是在顾忌士卒的伤亡损失，所以不敢冲得太猛。”李书香也说道：“如果照这么打下去，我们说不定真能在清凉山和台城之间筑起一道坚固城墙，重新挡住妖兵。”
李秀成盘算着点了点头，然后很快下定决心，说道：“给北城各军传令，继续逐房逐巷的依次抵抗，迟滞妖兵进攻，多用冷枪伤敌，多以小股军队游动作战。没有命令，不得擅自发起千人规模以上的反击！”
言罢，李秀成还又在心里补充了一句，道：“或许东王九千岁是对的，超越小妖太过贪图把我们全歼在天京城内，抽调不出太多的机动军队入城，只要我们能在巷战中把妖兵耗垮，不但有希望守住天京城，还起码可以逼得超越小妖做出战术调整，抽调围城军队进城参战，让我们弃城突围更有把握。”
李秀成希望重燃的时候，数以万计的南京百姓也在太平军的逼迫下全力抢筑从清凉山到台城的城墙时，咱们的洪秀全洪大教主，却依然还在金龙殿后面的基督殿中犹豫不决，双手合十夹着一枚黄金铸成重达四斤的太平天国大花钱，口中念念有词，神情也异常庄重严肃……
“无所不能的天父皇上帝，神力无边的天兄耶稣，你们让我下凡救世，现在妖兵已经打进天京城里了，我是不是应该让城别走，弃城突围？还请你们降下神力，给我指点迷津……。”