首相近卫文麿从皇宫回到官邸后，立刻通过新成立的“大本营”联络系统，向华中方面军司令官松井石根发出紧急质询电报。
电文措辞严厉，要求立即彻查“帕奈号事件”是否与日军行动有关，如果有关立刻上报相关责任人。
上海，华中方面军司令部
松井石根接到东京直接发来的电报时，正在与参谋长冢田攻商讨南京合围后的攻击点阵，接过参谋递过来的电文，读罢瞬间脸色骤变。
“纳尼？”松井石根几乎难以置信的说出声：“美国炮舰被飞机击沉？在南京上游？要我们火速调查？”
松井石根立刻将电文给了参谋长冢田攻，让其火速安排人员调查。
随后参谋长冢田攻急忙调取昨日的作战日志和航空队出勤记录。
记录显示，昨日上午，海军第三舰队下属第十三航空队常州机场基地，确有多架战机奉命出击，任务是“扫荡南京以西长江水域可能载运民国溃兵或官员的船只”。
“司令官阁下，”冢田攻声音干涩，“记录显示有出击，但目标识别为‘民国军用船只’，航空队报告称击沉数艘……”
松井石根一拳砸在桌面上：“蠢货！美国船的标识他们看不见吗？！立刻命令第十三航空队指挥官来见我，所有参与行动的飞行员隔离审查！”
“马上向东京回复，承认有我军航空队在该空域活动，但坚称初步判断为严重战场误判，绝非蓄意攻击！”
而此时，东京，皇宫
陆军大臣杉山元被紧急召入皇宫，在来的路上，杉山元已经打听清楚了，刚刚首相与外相刚觐见了天皇，汇报了美国舰船在南京被炸的事情，
想必召见自己是也是因为此事，当杉山元来到宫殿时，
裕仁天皇面色阴沉，虽已知晓前线常有“下克上”与混乱，但仍需对最高军务负责人表达震怒。
裕仁道：“杉山卿，美国军舰之事，作何解释？朕听闻舰上国旗巨大，航线亦提前通报，如何竟遭击沉？”
杉山元伏身：“臣惶恐！此事陆军绝非故意为之，极度可能是误判……”
裕仁抬手打断：“是否为误判，需有确证。然则此事已酿成重大外交危局。”
“美国若借机生事，于帝国圣战大局极为不利，卿须与内阁协力，妥善处置，务必稳住美国。”
杉山元也知道天皇知道和自己没关系，此言意多在表明表态，而非真究其责，连声称是，随即躬身退出。
杉山元刚出皇宫，助手便通知内阁紧急召开五相会议。
随即杉山元又从皇宫匆匆赶赴内阁，杉山元推门而入时，首相近卫文麿、外相广田弘毅、海军大臣米内光政、大藏大臣贺屋兴宣已悉数在座。
米内光政看到杉山元进来抬眼，嘴角掠过一丝不易察觉的讥讽：“真是辛苦杉山君了，刚聆听完陛下教诲，又匆匆来内阁开会。”
杉山元淡定的没有理会米内光政的犬吠，直接来到自己的位置坐下。
首相近卫文麿见人到齐直接道：“既然人已经到齐，那么开始开会，就在刚刚华中方面军已初步回复，承认海军第三舰队下属的十三航空队干的。”
杉山元听到是第三舰队的飞机炸的，顿时就不干了，合着自己挨训是替你米内光政背锅？你老小子刚刚还敢嘲讽我？”
瞬间杉山元嘲讽道：“米内君倒是悠闲呀～连自己手下人都管不了，还要我去陛下面前帮你说话，干脆你这海相辞了让我来干算了。”
米内光政神色一僵，没想到居然是自己第三舰队人干的，一时语塞，还没有理由反击杉山元这陆军老马鹿。
“够了。”近卫文麿敲了敲桌子，面色严峻，“当务之急是应对危机，不是互相指责，我们必须统一口径：此事件只能是误炸，绝非帝国本意。”
首相近卫文麿环视众人：“帝国现正全力攻克南京，绝不能在此时与美国对立，诸君，商议具体对策吧。”
见来到商议环节，外相广田弘毅率先开口：“首先，必须立刻通过外交渠道向美国正式表明误炸性质，并致以正式道歉。态度要诚恳，速度要快，不能让赫尔和罗斯福的打算落地。”
大藏大臣贺屋兴宣接话：“赔偿不可避免。应承诺全额赔付帕奈号损失及人员伤亡抚恤金，数额可暂估和商量，但态度要明确。”
米内光政此时已恢复镇定，补充道：“光道歉赔款不够，还需引导舆论。我建议立刻在国内发动民众、学校、幼儿园进行‘慰问捐款’，营造帝国军民‘深切悔过’、‘珍视美日友谊’的公众形象。”
“同时，将陛下训诫杉山君以示严明军纪、以及我们迅速道歉赔偿的整套应对，通过同盟通讯社和我们在美国的联络人，在美国主要报纸上刊发。”
米内光政说完还下意识地看了一眼杉山元，你个马鹿就乖乖背锅把。
近卫文麿点头：“此计甚好，要让美国公众看到，这是一场不幸的误会，帝国处理是迅速、负责、且有‘人道温度’的。同事务必动用一切在美力量配合国内行动，限制罗斯福政府借此事件大幅升级对日敌意、借题发挥。”
杉山元听到还要把训斥自己的事捅出去，刚想回怼米内光政，但也知大局为重，沉声道：“陆军会配合此次定调，但海军必须严惩直接责任人，以向内外交代。”
米内光政这次没有反驳，默然点头。
见众人商议完毕近卫文麿总结：“那么，方针已定：
一、立即外交道歉并定性误炸处理相关人员；
二、承诺全额赔偿；
三、发动国内捐款并联动美国舆论，塑造负责任形象，遏制事态升级。
广田君，外交照会即刻起草。米内君，海军内部追责速办。贺屋君，赔偿预算即拟，诸君，行动吧。”