只是此战过后，一直都很期待再次与马家军交手，给当初西路军和夜老虎团报仇的李子元，却是直到青马被彻底的打垮，青马的老巢西宁解放，也一直都没有获得再次与马家军交手的机会。
在咸阳战役完成之后，李子元所在的兵团除了一个军，配属给一野指挥西进兰州之外，兵团主力两个军来了一个九十度转弯，被调往秦岭地区准备扶眉战役，以及为进军大西南做好准备。
此后，李子元指挥所部先后参加了陕中战役、扶眉战役，以及随后的秦岭战役。并在兵团的指挥之下，沿着北路一路追击从西北撤向四川的中央军，参加解放四川以及大西南的战役。并在四川与自己的老部队，也就是第二野战军胜利会师。
此时第二野战军虽然还保留建制，但在大西南获得解放后，已经陆续改编为西南军区。野战军除了进军西藏，以及还在滇南实施追击，以打好祖国境内最后一战的部分兵力之外。野战军主力已经开始组建地方军区，并转为全面的剿匪以及稳固新政权作战。
李子元的老政委担任西南军区政委，老师长担任西南军政委员会主席。李子元当年在一二九师和太行军区的老首长，以及老上级基本上眼下都在四川。此时的四川境内，可谓是原太行军区将星璀璨、群英荟萃。
不过此时西南军区司令部在重庆，基本上由太行军区出身部队组成的第三兵团两个军，也都驻扎在川东与重庆地区。而李子元所部则主要驻扎在川北，军兼军区司令部所在地南充距离重庆只有一百多公里。反倒是距离成都，足足有二百多公里。
李子元每次去重庆开会，都能与老战友聚聚。不过正忙着剿匪、反特，改编起义部队的李子元，也没有太多时间去重庆。尤其是当时西南匪患冠中国，四川匪患冠西南。四川和贵州两个省，是整个大西南匪患最严重的地区。
在整个解放战争阶段，聚集了十几万中央军，以及几万川军的四川省，实际经过的大仗、硬仗、苦仗并不是很多。已经到了山穷水尽的那边，即便是最死硬的中央军嫡系部队，也没有心思在抵抗下去了。
不仅原本就饱受排挤和歧视，并被严重不信任和监视的川军大批起义。就是中央军除了几个军之外，其余的大部分兵团起义或是投诚。可以说整个四川在解放阶段，双方的真正较量并不是很多。
但是大批敌军的起义和投诚，虽说加速了解放战争收尾阶段的速度，以及没有让中华民族流更多的血。可未被成建制消灭的敌人，其中骨干和潜伏的敌特，尤其是完整的军官体系，也都相对完整的保留了下来。建制，也没有完全被打乱。
而且在某一种程度上也不能不说，那边的中央军控制部队还是有一手的。这些在穷途末路边缘，最终选择了放下武器的官兵，很多人心中并不是很服气。这些敌特以及不甘心失败的家伙，就利用这种心态鼓动官兵叛逃，杀害解放军派出的政工干部上山为匪的。
这也造成了很多起义官兵，在潜伏下来的敌特鼓动之下，成建制的叛逃为匪。不仅是中央军，就连川军都出现在这种情况。其实川军中因为袍哥这一独特的组织存在，甚至有些部队叛逃的比中央军还严重。
在主力部队还未转入地方，新区地方武装还没有来得及组建。地方政权刚刚组建，还未来得及稳固的情况之下。这些哗变为匪的官兵，在原来就存在的当地土匪配合之下，活动日益猖獗。
而且这些正是土匪，大部分都受过正规的军事训练，有一定的组织性和纪律性。战斗力，远远超过了一半的土匪。在加上熟悉本地地形和民情的惯匪配合，对新生政权的危害性相当的大。
同时已经是病急乱投医的台湾方面，不仅委任状满天飞。一个几十人的匪首，哪怕你之前只是一个小小的少尉，但只要你有人有枪，就会被任命为上校团长。一个几百人的土匪集团，就编为一个整编师。师长哪怕一天军装都没有穿过，也授予少将军衔。
七八百人的土匪就是一个军，到了上千人的地步那就是一个兵团，或是这个、那个司令部。要是那种两三千的，那就成了反什么救国军第几路司令部了。一时之间整个四川境内的土匪是，少将、中将是满天飞。
最小的一个，也是一个中校支队长。至于上将，足足有一个排。当然这些将校在不在那边的花名册上，所带着的队伍在那边的国防部有没有建制，那就只有天和那边发委任状的知道了。
台湾方面不仅给给这帮家伙大势下发委任状，还空投了大批的特务和武器、现大洋。就在李子元的辖区之内，五天之内仅被部队截获的空投电台，就达到了十余部，抓到的空投特务也有几个。
那边原来从来不舍得把美械装备，给川军这样的杂牌军，更别提收编的乱七八糟一类的队伍。可到了现在饥不择食程度的时候，管他什么队伍，只要和解放军作战就给武器，甚至是美械武器。
李子元所部曾经在接到情报的情况之下，一天之内就替那些土匪，接收了台湾空投的一百支美制汤姆森*，*二百条，以及三门六零炮、一挺重机枪，外加上三万发各种口径的子弹。
台湾的空前大方，再加上这些哗变的人员，都受过正规的军事训练。在熟悉地形和民情的本地惯匪配合之下，危害远比一般的土匪大。这些因为或大或小都接受了台湾封官的土匪，被称之为政治土匪。
在这些政治土匪的进攻之下，相当部分地区刚刚组建的地方政权被摧毁。大批的地方干部以及农会骨干，甚至是积极分子被杀害。一些县区政权，甚至被土匪给满门杀绝。一些女干部，被糟蹋后蹂躏致死。
解放军的一些小股部队屡屡被吃掉，一些干部失踪甚至被公开杀害。五零年初，李子元友邻部队的一位师政治部主任，在去成都开会的途中遇到土匪伏击。这位师政治部主任，连同一个警卫班全部被杀害。匆忙组织救援的一个营，也遭遇到土匪袭击损失惨重。
而看似安稳一些的公路沿线，运输物资的卡车也屡屡被袭击，押运人员牺牲、大批物资被洗劫。电话线被割断，派出查线的战士失踪。派出征粮的小股部队和工作人员，经常性的一去不回。
甚至在匪患最猖獗的地方，土匪甚至公开进攻县城。整个军区所辖的县城，大部分都被围攻过。至于向部队打黑枪、扔*，杀害哨兵以及袭击巡逻队的事情，都已经是见怪不怪了。搞的地方干部都不愿意离开部队，将下乡工作视为鬼门关。
别说各个县城，就是重庆和成都这样的大城市，都发生过集会时候有人打黑枪、扔*的事情。鉴于形势严峻，西南军区下达了剿匪的命令。而在这之间，保守土匪困扰的李子元，已经先展开了行动。
李子元所部的防区正位于四川省北部，下辖四个专区一共三十六个县以及一个市。地处四川、陕西、甘肃以及青海和西康五省连接之地。是联系四川与甘肃和陕西汉中的重要通道，也是成都和重庆北面的屏障。
这里出现问题，就等于四川与陕西之间的联系出现了问题。所以还没有等军区下达命令，在进驻川北之后，军长被调往川西接替那边身体一直不好的司令员，担任代司令员的李子元就已经抢先动手。
一边要忙着组建新政权，一边又忙着清剿土匪，忙的分身乏术。不过组建新政权的事情，主要由政委和政治部负责。而李子元将主要的精力，都放在了对土匪清剿，保护新生的地方政权上了。
其实对于剿匪这种作战，李子元倒是并不怎么感觉到麻烦。他采取的办法很别样，就是将当年日军扫荡八路军的战术调过来，根据眼下的实际情况加以修改之后，用来去对付他辖区内的土匪。
李子元采取了构筑封锁圈，每个村都要进驻部队。一些实在无力控制，或者说暂时无法深入的深山区小村庄，则采取了归屯并户的办法。将深山区的村民全部强行迁出，统一集中到一个大村庄。
并对土匪活动猖獗地区，实施严格的物资封锁政策。粮食和食盐一律集中保管，全部采取配给制。对民间的武器，实施大规模的收缴。同时采取了划片分区，集中兵力铁壁合围之后全线拉网清剿的战术，对土匪活动区域每一个山头、每一个山头的过网。
日常则在各个要点都至少驻守一个连的部队，以公路沿线和村庄要点为依托，采取交叉配合、多方面协调的战术。即便不在要点和公路沿线，但每一个村庄都要尽可能的进驻部队，以公路和村庄为线构成严密的封锁圈。
在实施战术阶段，李子元反复强调各部队，一定要注意向导的培养和招募以及甄别，绝对不能被敌特混入向导之中。李子元很清楚的认识到，在部队还不熟悉这里的地形情况之下。一旦向导出了问题，那才是最致命的。
甚至李子元提出，如果有可能的话，要尽可能的在当年红军流散人员中寻找向导。因为整个川北，都是当年川陕苏区一部分，或是红军长征路过的地区，流散人员并不在少数。而且哪怕就算是向导有抽大烟的习惯，但只要他可靠部队可以提供大烟给他。
一律不许在匪患猖獗的地区，就地招募向导。这是李子元整个剿匪作战之中，李子元规定的铁律。实在无法避免的，对招募到的向导家属实施保护性拘留。以家属为人质，保证向导不出幺蛾子。