清云医馆在京城正式挂牌后，门前杏花如海，晨光下，百姓往来不绝。女弟子们在相玥的带领下，已能独立诊治，甚至有邻近州县的病患慕名而来。医馆内，既有女弟子们辨药切磋的专注，也有病患痊愈后感激的泪水。
然而，京城的医道风云并未因太医大会的胜利而平静。太医院守旧派暗中联合，林婉如虽表面和解，却在太医院内部推动“女子医者不得参与宫廷诊治”的新规。相玥得知后，没有气馁，反而鼓励女弟子们争取每一次实践机会，用医术和仁心打破偏见。
某日，王府突发急症，王府侍女连夜来请相玥。原来，王府老夫人突然中风，太医院多位太医束手无策。相玥带沈清漪和两名女弟子赶到，现场气氛紧张。太医院的太医们见女医到来，有人冷笑，有人不屑。
相玥不为所动，亲自为老夫人把脉，诊断为“风痰阻络”，迅速施以“清云十三针”，并开出草药方。经过一夜抢救，老夫人终于苏醒。王府上下无不感激，太医们也无话可说。王府特赠“杏林春深”匾额，挂在医馆正堂，京城百姓传为佳话。
女弟子们因这次事件大受鼓舞，医馆内自信心高涨。相玥趁机让沈清漪主持一次“女医讲坛”，邀请京城有志女子旁听。讲坛设在王府花园，沈清漪讲解妇科与儿科病症，相玥则现场演示针灸，吸引了大批闺秀和贵妇前来学习。
此时，京城又起风波。白石医馆的苏墨在比试落败后，并未离开京城，反而以真面目现身。他主动拜访清云医馆，坦承自己因母亲早年被医道排挤，故对女子学医心存偏见。见识相玥的医术与胸怀后，他愿以己之长，助女弟子们提升外科与伤科医术。
苏墨的加入，让医馆医术体系更加完善。他性格沉静，对医道执着，与女弟子们相处融洽，也渐渐赢得相玥的信任。某夜，苏墨在医馆药房与相玥独处，谈及母亲往事，声音低沉：“我曾以为女子学医是奢望，如今才知，仁心无分男女。”
相玥轻声道：“医道本为济世，若能同心，何愁前路不广。”
与此同时，楚临风的追求愈发热切。王府内，靖王妃虽欣赏相玥，却多次劝儿子“莫为女医误了前程”。楚临风在王府后花园与相玥深谈：“若你愿与我同行，王府资源任你调配，京城女子医堂可成。”
相玥依旧婉拒：“世子厚爱，相玥感激。但医道是我的归宿，情之一字，于我太过沉重。”
谢无染在太医院处境艰难，却始终未放弃医道理想。他常在医馆闭馆后与相玥讨论医案，两人医术互进，情感却始终若即若离。柳扶风则在京城江湖中为医馆解决诸多麻烦，有次甚至为保护女弟子与恶势力正面冲突，受伤后由相玥亲自疗伤。
感情线上，四名男子各有执着——楚临风以权势与温柔相待，谢无染以医道与陪伴相守，柳扶风以江湖豪情默默守护，苏墨以医术与理解相随。医馆后院，四人偶尔齐聚，彼此心照不宣，皆知相玥的心，只属于医道与苍生。
京城杏花开时，朝廷正式下旨设立“女子医堂”，相玥被任命为堂首。女弟子们纷纷通过太医考核，有的留在医馆，有的前往各地行医，女子学医之风终于成为京城新风尚。
某夜，相玥在医馆庭院独坐，沈清漪走来，轻声问：“师父，我们真的能改变世人的看法吗？”
相玥望着夜空，淡淡道：“医道之路漫长，但只要我们坚持仁心，终有一天，女子学医会成为常态。”
沈清漪点头，眼中满是敬仰与坚定。她知道，自己和所有女弟子，都在见证一个时代的开始。
而医馆门外，才俊依旧，流言渐远。相玥的医道传奇，正在红尘中悄然流传。她的名字，已不只是“玉手神医”，更是无数女子心中的希望与引路明灯。
某日清晨，京城传来消息，朝廷有意让相玥主持“女子医堂”全国推广。女弟子们欢欣鼓舞，相玥却神色平静。她知道，医道之路还很远，而她的选择，依旧在仁心与苍生之间。
她将带着仁心与坚韧，继续前行，不为名利，不为情爱，只为那一份最初的济世誓言。
而她的传奇，也将在杏林春深中继续流传。