恩科的风波在朱由检一手操控的舆论反击与利益许诺下，暂时得以平息。实务科与格物科的考纲在徐光启等人的奋力争取下，终于艰难地确定下来，虽然内容被保守派大幅删减，但总算保留了核心框架。报名应试者虽不及经义科之万一，却也汇聚了一批真正对实学抱有热情或身怀技艺之人，让朱由检看到了未来的星星之火。
然而，他的目光从未仅仅局限于朝堂之争与人才选拔。深知枪杆子里出政权的他，始终将军事力量的掌控视为一切改革能否推行、政权能否稳固的基石。内帑因玻璃镜而日渐充盈，格物院在徐光启主持下缓慢而坚定地推进着技术积累，是时候将触角伸向另一个至关重要的领域——军队了。
大明的军事体系，早已弊病丛生。卫所制崩坏，军户逃亡，将领吃空饷、克扣军粮已成常态。而作为帝国最后屏障、驻守京师的京营，更是腐败的重灾区。勋贵子弟挂名吃饷，老弱病充斥营伍，军械锈蚀，操练废弛，空额高达半数以上！这样的军队，莫说抵御关外虎狼之师，便是镇压内部流民暴动，恐怕都力有不逮。
这一日，朱由检突然下旨，要亲临京营三大营（五军营、神枢营、神机营）校阅。旨意传出，朝野震动，尤其是那些在京营中有着巨大利益牵扯的勋贵和将领们，顿时慌了手脚。
校阅当日，秋风萧瑟，京郊大营旌旗招展，却难掩一股破败之气。得知皇帝亲临，营中将官们手忙脚乱地临时抓来些市井无赖、流民乞丐充数，又紧急将一些勉强能看的军械摆在显眼处，试图蒙混过关。
朱由检身着戎装，骑着骏马，在王公大臣及侍卫的簇拥下，进入校场。他目光扫过下方列队的“军士”，只见队伍歪歪扭扭，士卒面黄肌瘦，衣甲不整，眼神涣散，哪里有一丝一毫精锐之师的样子？甚至能看到队伍中有人瑟瑟发抖，显然是刚被拉来凑数的。
随行的勋贵武将们，脸上堆着谄媚的笑容，争先恐后地向皇帝介绍着京营的“赫赫威仪”与“兵强马壮”。
“陛下请看，此乃我五军营精锐，个个都能开强弓，骑烈马！”
“神机营火器犀利，威震漠北……”
朱由检面无表情，听着这些空洞的吹嘘，心中的怒火与寒意交织攀升。他抬手，止住了众人的聒噪。
“精锐？”他冷笑一声，声音不大，却清晰地传遍全场，让所有谄媚的笑容僵在脸上，“朕看到的，是一群乞丐、流民！是锈蚀的刀枪，是连队列都站不齐的乌合之众！”
他猛地一鞭子抽在身旁一个勋贵将领的马鞍上，发出清脆的响声，吓得那将领差点跌下马来。
“英国公！”朱由检目光如电，射向京营总督、英国公张维贤，这位世袭罔替的勋贵之首，在京营利益网络中盘根错节，“你就是如此为朕执掌京营，护卫京畿的？！这营中兵额，实数几何？可战之兵，又有几何？！你给朕从实说来！”
张维贤年事已高，被皇帝当众如此厉声质问，顿时脸色煞白，汗如雨下，噗通一声跪倒在地，叩头不止：“老臣……老臣万死！陛下息怒！实在是……实在是近年来粮饷不济，士卒疲敝……”
“粮饷不济？”朱由检打断他，声音愈发冰冷，“朕怎么听闻，京营每年耗费钱粮巨万！钱粮都去了哪里？莫非都喂了硕鼠不成？！”
他不再理会磕头如捣蒜的张维贤，策马在队列前缓缓而行，锐利的目光如同刀子般刮过每一个“士兵”惶恐的脸。
“看看你们！”他声音提高，带着痛心与怒其不争，“你们本应是护卫社稷的栋梁，是百姓仰仗的干城！如今却成了这般模样！对得起你们身上这身军服吗？对得起朝廷发给你们的粮饷吗？对得起天下百姓的供养吗？！”
校场之上一片死寂，只有皇帝的斥责声在秋风中回荡。那些被临时拉来的流民乞丐吓得浑身发抖，而少数一些真正的老兵，则羞愧地低下了头。
突然，朱由检在一个年纪不大、却站得笔直、眼神中尚存一丝锐气的年轻军官面前勒住了马。此人虽然同样面有菜色，军服破旧，但身姿挺拔，与周围歪斜的同伴形成了鲜明对比。
“你，叫什么名字？现居何职？”朱由检问道。
那年轻军官没想到皇帝会单独问话，愣了一下，随即抱拳，声音洪亮地回答道：“回陛下！卑职孙应元，现任神枢营把总！”
“孙应元……”朱由检记下了这个名字，“你看这京营，可能一战？”
孙应元脸上露出挣扎之色，犹豫片刻，还是咬牙实话实说：“陛下垂询，卑职不敢欺瞒！京营……京营空额严重，老弱居多，军械废弛，操练荒疏……若遇强敌，恐……恐一触即溃！”
此言一出，随行的勋贵将领们无不色变，心中大骂孙应元不知死活。
然而，朱由检却并未动怒，反而眼中闪过一丝欣赏。他要的就是敢说真话的人！
“好！总算还有个敢说真话的！”朱由检赞了一声，随即目光再次扫过全场，声音斩钉截铁，不容置疑：
“如此京营，留之何用？徒耗钱粮，空养蛀虫！”
他猛地拔高声音，宣布了震惊全场的决定：
“朕意已决！即日起，整顿京营！所有兵员，重新登记造册，核实身份、年龄、籍贯！所有空额，一律裁撤！老弱病残，发给路费，遣散回乡！勋贵子弟，凡挂名吃空饷者，限期自动申报，退出营伍，朕可既往不咎！若逾期不报，一经查出，夺爵罢官，严惩不贷！”
不等勋贵们反应过来，他继续道：
“裁撤老弱、清理空额之后，所余兵员，合并整编。同时，朕将面向北直隶、陕西、河南等流民较多之地，招募三千青壮，另立一军，号为‘新军’！”
“此新军，一应粮饷，由朕之内帑直接拨付，足额发放，绝不克扣！装备全新制式军械，采用新式操典训练！孙应元！”
“卑职在！”孙应元激动得声音发颤。
“朕擢升你为新军千总，协助朕，负责此次京营整顿与新军招募、编练事宜！直接向朕负责！”
“卑职……领旨！谢陛下隆恩！定当竭尽全力，万死不辞！”孙应元跪地叩首，声音哽咽，他看到了希望，看到了一个真正军人能够施展抱负的可能！
校场之上，一片哗然。皇帝这是要动真格的了！不仅要裁撤京营，还要另起炉灶，建立一支完全由皇帝本人掌控的新军！这无疑是在勋贵和旧有军事体系的蛋糕上，狠狠切下最大的一块！
英国公张维贤等人面如死灰，想要劝谏，但在皇帝那冰冷而决绝的目光下，话到了嘴边，却怎么也说不出口。
朱由检不再多看他们一眼，调转马头。
“回宫！”
皇帝的仪仗缓缓离开京营，留下了一片死寂和即将到来的风暴。
回到乾清宫，朱由检立刻召见了徐光启和王承恩。
“徐先生，格物院需加快燧发枪与野战炮的研发进度！新军能否形成战力，利器至关重要！”
“王伴伴，新军招募之事，你与孙应元仔细筹划，务必选拔忠厚老实、身强体健之辈。内帑银钱，优先保障此事！”
京营点兵，如同一场风暴，席卷了整个京城。旧势力的哀嚎与新政的号角同时响起。朱由检知道，触动军事利益，比触动文官利益更为凶险，但他别无选择。
一支完全忠诚于他、装备精良、训练有素的新军，将是他推行一切改革、应对内外挑战最坚实的后盾。这第一步，虽然艰难，但他必须迈出去，而且要迈得坚定，迈得果断。大明的军事痼疾，必须用猛药来医治。而这剂猛药的第一味，便是这即将诞生的“新军”。