公元623年春季，正月己卯日，刘黑闼任命的饶州刺史诸葛德威捉住刘黑闼，献城投降唐朝。当时太子李建成派遣骑将刘弘基追击刘黑闼，刘黑闼被官军追击，奔走不停，到达饶阳时，随从只剩下一百多人，极度饥饿。诸葛德威出城迎接，邀请刘黑闼进城，刘黑闼不同意；诸葛德威流泪坚决请求，刘黑闼才答应。到城边集市中休息时，诸葛德威送来食物；刘黑闼还没吃完，诸葛德威就率领士兵将他擒获，押送到太子面前，刘黑闼和他的弟弟刘十善在洺州被斩首。刘黑闼临刑前叹息说：“我真该在家种菜，却被高雅贤的罪过连累到这般地步！”
壬午日，巂州人王摩沙起兵反叛，自称元帅，改年号为进通；朝廷派遣骠骑将军卫彦率军讨伐他。庚子日，任命吴王杜伏威为太保。
二月，庚戌日，唐高祖前往骊山温泉；甲寅日，返回宫中。
平阳昭公主去世。戊午日，朝廷安葬公主。朝廷下诏为她配备前后部鼓吹乐、四十名持班剑的仪仗队员，以及武贲勇士组成的仪仗队。太常寺上奏说：“按照礼仪，妇女不能用鼓吹乐。”高祖说：“鼓吹乐是军乐。公主亲自执掌金鼓，发动义兵辅佐我成就大业，怎能与普通妇女相提并论！”
丙寅日，徐圆朗陷入绝境，与几名骑兵弃城逃跑，被山野百姓杀死，他占据的地区全部平定。
林邑王梵志派遣使者入朝进贡。当初，隋朝打败林邑，将其领土分为三郡。等到中原战乱，林邑复国，至此才首次向唐朝进贡。
幽州总管李艺请求入朝；庚午日，朝廷任命李艺为左翊卫大将军。
这时，朝廷下诏废除参旗等十二军。
三月癸未日，高开道劫掠文安、鲁城，骠骑将军平善政截击，击败了他。
庚子日，梁师都的将领贺遂、索同率领所管辖的十二州前来投降。
乙巳日，前洪州总管张善安反叛，朝廷派遣舒州总管张镇周等人率军讨伐他。
夏季，四月，吐谷浑侵犯芳州，刺史房当树逃奔松州。
张善安攻陷孙州，捉住总管王戎后离去。乙丑日，鄜州道行军总管段德操攻打梁师都，抵达夏州，俘获当地百姓和牲畜后返回。丙寅日，吐谷浑侵犯洮州、岷州。
丁卯日，南州刺史庞孝恭、南越州百姓宁道明、高州首领冯暄一同反叛，攻陷南越州，进攻姜州；合州刺史宁纯领兵救援姜州。
壬申日，朝廷下诏册封皇子李元轨为蜀王、李元凤为豳王、李元庆为汉王。
癸酉日，朝廷下诏任命裴寂为左仆射，萧瑀为右仆射，杨恭仁为吏部尚书兼中书令，封德彝为中书令。
五月庚辰日，朝廷派遣岐州刺史柴绍救援岷州。庚寅日，吐谷浑和党项侵犯河州，刺史卢士良击败了他们。丙申日，梁师都的将领辛獠儿率领突厥军队侵犯林州。戊戌日，苑君璋的将领高满政侵犯代州，骠骑将军李宝言击退了他。
癸卯日，高开道率领奚族骑兵侵犯幽州，长史王诜击败了他。刘黑闼反叛时，突地稽领兵援助唐朝，朝廷将他的部落迁徙到幽州的昌平城；高开道率领突厥军队侵犯幽州，突地稽领兵截击，打败了敌军。
六月戊午日，高满政献出马邑投降唐朝。在此之前，前并州总管刘世让被任命为广州总管，即将赴任时，高祖询问他抵御边境的策略，刘世让回答说：“突厥近来多次入侵，实在是因为马邑是他们的中途补给站。请求派遣勇将驻守崞城，多储备金银布帛，招募前来投降的突厥人并给予丰厚赏赐，频繁派出骑兵劫掠马邑城下，践踏他们的庄稼，破坏他们的生计，不出一年多，他们就会没有粮食，必定会投降。”高祖采纳了他的计策，说：“除了你，谁能担任这个勇将！”立即命令刘世让驻守崞城，马邑的突厥人因此感到困扰。当时，马邑百姓大多不愿意归属突厥，高祖又派人招抚劝谕苑君璋。高满政劝说苑君璋杀死所有突厥守兵投降唐朝，苑君璋不同意。高满政顺应民心，连夜袭击苑君璋，苑君璋察觉后，逃奔突厥，高满政杀死苑君璋的儿子和二百名突厥守兵后投降。壬戌日，梁师都率领突厥军队侵犯匡州。丁卯日，苑君璋与突厥吐屯设侵犯马邑，高满政与他们交战，击败了敌军。朝廷任命高满政为朔州总管，封荣国公。
瓜州总管贺若怀广巡视到沙州时，恰逢沙州人张护、李通反叛，贺若怀广率领数百人坚守子城；凉州总管杨恭仁派兵救援，被张护等人击败。
癸酉日，柴绍与吐谷浑交战，被吐谷浑军队包围，敌军登上高处射箭，箭矢如雨般落下。柴绍派人弹奏胡人的琵琶，让两名女子相对跳舞。敌军感到奇怪，放下弓箭一同围观，柴绍观察到敌军没有防备，暗中派遣精锐骑兵从敌军阵后杀出，发动攻击，吐谷浑军队大败。
秋季，七月丙子日，苑君璋率领突厥军队侵犯马邑，右武候大将军李高迁和高满政率军抵御，双方在腊河谷交战，击败了敌军。张护、李通杀死贺若怀广，拥立汝州别驾窦伏明为首领，进逼瓜州；长史赵孝伦击退了他们。
高开道劫掠赤岸镇以及灵寿、九门、行唐三县后离去。丁丑日，岗州刺史冯士翙占据新会反叛，广州总管刘感讨伐并降服了他，让他恢复原职。
辛巳日，高开道管辖的弘阳、统汉二镇前来投降。
癸未日，突厥侵犯原州；乙酉日，侵犯朔州。李高迁被敌军击败，行军总管尉迟敬德领兵救援。己亥日，朝廷派遣太子李建成领兵驻守北方边境，秦王李世民驻守并州，防备突厥入侵。八月甲辰日，突厥侵犯真州，又侵犯马邑。
壬子日，淮南道行台仆射辅公祏反叛。当初，杜伏威与辅公祏关系友好，辅公祏年纪稍大，杜伏威把他当作兄长对待，军中称他为伯父，士兵们对他的敬畏与对杜伏威的相同。杜伏威逐渐猜忌辅公祏，于是任命自己的养子阚棱为左将军，王雄诞为右将军，暗中夺取辅公祏的兵权。辅公祏得知后，心中不满，与他的老朋友左游仙假装学道辟谷来掩饰自己的情绪。等到杜伏威入朝，留下辅公祏守卫丹杨，命令王雄诞掌管军队辅佐他，暗中对王雄诞说：“我到长安后，如果没有失去职位，就不要让辅公祏发动变乱。”杜伏威出发后，左游仙劝说辅公祏谋反；但王雄诞掌握兵权，辅公祏无法动手。于是辅公祏谎称收到杜伏威的书信，怀疑王雄诞有二心，王雄诞听说后很不高兴，称病不再处理事务；辅公祏趁机夺取他的兵权，派自己的党羽西门君仪向他说明反叛的计划。王雄诞这才醒悟并后悔，说：“如今天下刚刚平定，吴王又在京城，大唐军队威力无穷，所向无敌，为什么要无故自取灭族之祸呢！我王雄诞只有一死而已，不敢听从你的命令。如今跟随你反叛，不过是延长一百天的性命罢了，大丈夫怎能因为贪图片刻的存活，而使自己陷入不义之地呢！”辅公祏知道无法说服他，就将他缢杀。王雄诞善于安抚士兵，士兵们都愿意为他效死力，而且他治军严明，每次攻破城池，都秋毫无犯。他去世那天，江南军中将士和民间百姓都为他流泪。辅公祏又谎称杜伏威无法返回江南，送来书信命令他起兵，于是大规模修造铠甲兵器，运输粮食储备。不久后在丹杨称帝，国号为宋，修复陈朝的旧宫殿居住。设置文武百官，任命左游仙为兵部尚书、东南道大使、越州总管，与张善安联合兵力，任命张善安为西南道大行台。己未日，突厥侵犯原州。
乙丑日，朝廷下诏令襄州道行台仆射赵郡王李孝恭率领水军赶赴江州，岭南道大使李靖率领交州、广州、泉州、桂州的兵力赶赴宣州，怀州总管黄君汉从谯州、亳州出兵，齐州总管李世积从淮水、泗水出兵，共同讨伐辅公祏。李孝恭即将出发时，与各位将领设宴聚会，下令取水，水忽然变成血红色，在座的人都大惊失色，李孝恭却神色自若，说：“这是辅公祏被斩首的征兆！”一饮而尽，众人都心悦诚服。
丙寅日，吐谷浑归附唐朝。辛未日，突厥攻陷原州的善和镇；癸酉日，又侵犯渭州。高开道率领奚族军队侵犯幽州，州兵击退了他们。
九月丙子日，太子李建成班师回朝。戊子日，辅公祏派遣将领徐绍宗侵犯海州，陈政通侵犯寿阳。邛州獠人反叛，朝廷派遣沛公郑元璹讨伐他们。
庚寅日，突厥侵犯幽州。壬辰日，朝廷下诏任命秦王李世民为江州道行军元帅。
乙未日，窦伏明献出沙州投降唐朝。这时，高昌王麹伯雅去世，他的儿子麹文泰继位。丙申日，渝州人张大智反叛，刺史薛敬仁弃城逃走。壬寅日，高开道率领两万突厥骑兵侵犯幽州。
突厥厌恶弘农公刘世让成为自己的祸患，派遣大臣曹般陁前来，谎称刘世让与颉利可汗勾结，企图作乱，唐高祖相信了这话。冬季，十月丙午日，高祖杀死刘世让，抄没他的家产。
此时，秦王李世民还在并州，己未日，朝廷下诏令李世民率军返回长安。张大智侵犯涪州，刺史田世康等人讨伐他，张大智率领部众投降。
当初，高祖派遣右武候大将军李高迁协助朔州总管高满政守卫马邑，苑君璋率领一万多突厥骑兵抵达城下，被高满政击败。颉利可汗大怒，发动大军攻打马邑。李高迁心生畏惧，率领部下两千人冲破关卡连夜逃跑，突厥军队半路截击，李高迁的军队损失过半。颉利可汗亲自率领大军攻城，高满政出兵抵御，有时一天交战十多个回合。高祖命令行军总管刘世让救援马邑，刘世让到达松子岭后，不敢前进，退守崞城。恰逢颉利可汗派遣使者请求和亲，高祖说：“先解除对马邑的包围，才能商议和亲之事。”颉利可汗想撤兵，义成公主坚决请求继续攻城。颉利可汗知道高开道擅长制造攻城器械，于是召见高开道，与他一起猛攻马邑。颉利可汗引诱高满政投降，遭到高满政的痛骂。马邑城中粮草即将耗尽，救兵迟迟未到，高满政想冲破包围圈逃往朔州，右虞候杜士远认为突厥军队势大，担心难以脱身，壬戌日，杀死高满政后向突厥投降，苑君璋又杀死城中与高满政同谋的三十多名豪杰。高祖任命高满政的儿子高玄积为上柱国，承袭父亲的爵位。丁卯日，突厥再次请求和亲，将马邑归还唐朝；高祖任命将军秦武通为朔州总管。
突厥多次侵扰边境，并州大总管府长史窦静上表请求在太原设置屯田，以节省军粮运输；议事的大臣认为屯田会烦扰百姓，不同意这一建议。窦静反复恳切争辩，高祖下诏征召窦静入朝，让他与裴寂、萧瑀、封德彝在高祖面前辩论，裴寂等人无法说服窦静，高祖于是采纳了窦静的建议，每年收获数千斛粮食，高祖对此十分赞赏，任命窦静检校并州大总管。窦静是窦抗的儿子。十一月辛巳日，秦王李世民再次请求在并州境内增设屯田，高祖批准了。
黄州总管周法明领兵攻打辅公祏，张善安占据夏口抵御。周法明驻扎在荆口镇，壬午日，周法明登上战船饮酒，张善安派遣数名刺客伪装成渔民驾船前来，守卫没有察觉异样，刺客趁机杀死周法明后逃走。
甲申日，舒州总管张镇周等人在猷州的黄沙攻打辅公祏的将领陈当世，大破敌军。
丁亥日，唐高祖在华阴狩猎。己丑日，在忠武顿迎接慰劳秦王李世民。
十二月癸卯日，安抚使李大亮诱捕张善安。李大亮在洪州攻打张善安，与他隔水列阵，远远相互对话。李大亮向张善安讲明祸福，张善安说：“我当初并没有反叛之心，只是被将士们误导；想要投降又担心无法幸免。”李大亮说：“张总管有投降的心意，就和我是一家人了。”于是单人独骑渡过河水进入张善安的阵中，与他握手交谈，以示毫无猜忌。张善安十分高兴，于是答应投降。不久后张善安率领数十名骑兵前往李大亮的军营，李大亮让他的骑兵停在营门外，独自带张善安入城交谈，过了很久，张善安告辞离去，李大亮命令武士将他擒获，随行的骑兵全部逃走。张善安营中的士兵得知后，大怒，率领全部人马赶来，想要攻打李大亮。李大亮派人告知他们说：“我没有扣留张总管。张总管真心归附朝廷，他对我说：‘如果返回营中，恐怕将士们会有不同意见，我会被他们控制。’所以他自愿留下来，你们为什么要怨恨我呢！”张善安的部下又大骂道：“张总管出卖我们来讨好别人！”于是纷纷溃散离去。李大亮率军追击，俘获大量敌军。将张善安押送到长安后，张善安声称自己与辅公祏没有勾结，高祖赦免了他的罪行，善待他；等到辅公祏战败后，查获了两人往来的书信，才杀死张善安。
甲寅日，唐高祖返回长安。己巳日，突厥侵犯定州，州兵击退了他们。庚申日，白简羌、白狗羌一同派遣使者入朝进贡。
到了公元624年春季，正月，朝廷依照北周、北齐的旧制，每州设置大中正一人，负责考察州内人才，评定门第等级，由本州门第声望高的人担任，没有品级俸禄。
壬午日，赵郡王李孝恭在枞阳攻打辅公祏的偏将，击败敌军。庚寅日，邹州人邓同颖杀死刺史李士衡反叛。丙申日，在白狗羌等羌人居住地设置维州、恭州。
二月辛丑日，辅公祏派兵包围猷州，刺史左难当环城坚守。安抚使李大亮领兵攻打辅公祏，击破敌军。赵郡王李孝恭攻打辅公祏的鹊头镇，攻克该镇。
丁未日，高丽王建武派遣使者前来请求颁赐历法。朝廷派遣使者册封建武为辽东郡王、高丽王；册封百济王夫馀璋为带方郡王，新罗王金真平为乐浪郡王。
这时，始州獠人反叛，朝廷派遣行台仆射窦轨讨伐他们。己酉日，朝廷下诏：“各州有精通一部经书以上而未做官的人，都要将姓名上报朝廷；州、县、乡都要设立学校。”壬子日，行军副总管权文诞在猷州击败辅公祏的党羽，攻克枚洄等四个镇。
丁巳日，唐高祖前往国子学，举行释奠礼；下诏命令诸王公子弟各自入学读书。戊午日，将大总管府改为大都督府。
己未日，高开道的将领张金树杀死高开道，前来投降唐朝。高开道见天下已经平定，想要投降，但又因为自己多次反叛，不敢归附；并且依仗突厥的势力，于是打消了投降的念头。他的将士都是山东人，思念故乡，大多有叛离之心。高开道挑选了数百名勇士，收为养子，常年在阁内值班守卫，让张金树统领他们。原刘黑闼的将领张君立逃亡到高开道处，与张金树密谋除掉高开道。张金树派遣几名党羽进入阁内，与高开道的养子们游戏，傍晚时分，暗中剪断他们的弓弦，将刀槊藏在床下，天黑后，抱着刀槊冲出阁外，张金树率领党羽大声呐喊，攻打高开道的阁门，养子们想要抵抗，却发现弓弦都已被剪断，刀槊也不见了，纷纷出城投降；张君立也在城外放火响应，内外一片混乱。高开道知道无法幸免，于是身披铠甲手持兵器坐在堂上，与妻妾们奏乐畅饮，众人畏惧他的勇猛，不敢逼近。天快亮时，高开道缢杀妻妾和儿子们，然后自杀。张金树部署军队，将高开道的养子全部逮捕斩首，同时杀死张君立，共处死五百多人。随后，派遣使者前来投降，朝廷下诏在高开道的辖地设置妫州。壬戌日，任命张金树为北燕州都督。戊辰日，洋州、集州的獠人反叛，攻陷隆州晋城。
当月，太保吴王杜伏威去世。辅公祏反叛时，谎称奉杜伏威的命令来欺骗部众。等到辅公祏被平定后，赵郡王李孝恭不知道其中有诈，将情况上报朝廷；朝廷下诏追削杜伏威的官爵，抄没他的妻子儿女。等到唐太宗即位后，知道杜伏威是被冤枉的，才赦免了他的家人，恢复了他的官爵。
三月，朝廷初步制定官制法令，以太尉、司徒、司空为三公，其次是尚书、门下、中书、秘书、殿中、内侍六省，接着是御史台，然后是太常寺到太府寺九寺，再是将作监、国子学、天策上将府，最后是左卫、右卫到左领卫、右领卫十四卫；东宫设置三师、三少、詹事以及两坊、三寺、十率府；王、公设置府佐、国官，公主设置邑司，这些都属于京职事官。州、县、镇、戍的官员属于外职事官。从文散官开府仪同三司到将仕郎共二十八阶，武散官骠骑大将军到陪戎副尉共三十一阶，勋官从上柱国到武骑尉共十二等。
丙戌日，赵郡王李孝恭在芜湖击败辅公祏，攻克梁山等三个镇。辛卯日，安抚使任瑰攻克扬子城，广陵城主龙龛投降。丁酉日，突厥侵犯原州。戊戌日，赵郡王李孝恭攻克丹杨。
在此之前，辅公祏派遣将领冯慧亮、陈当世率领三万水军驻扎在博望山，陈正通、徐绍宗率领两万步兵骑兵驻扎在青林山，还在梁山连接铁锁截断长江水路，修筑却月城，绵延十多里，又在长江西岸构筑营垒抵御官军。李孝恭与李靖率领水军驻扎在舒州，李世积率领一万步兵渡过淮河，攻克寿阳，驻扎在硖石。冯慧亮等人坚守营垒不出战，李孝恭派遣奇兵截断他们的粮道，冯慧亮等人的军队缺乏粮食，连夜派兵逼近李孝恭的军营，李孝恭安然卧床不动。李孝恭召集众将领商议军事，众人都说：“冯慧亮等人拥有强兵，占据水陆险要之地，攻打他们难以迅速攻克，不如直接进军丹杨，袭击他们的巢穴。丹杨溃败后，冯慧亮等人自然会投降！”李孝恭准备采纳这一建议，李靖说：“辅公祏的精兵虽然集中在这水陆两支军队中，但他亲自率领的军队也不在少数，如今博望山等营垒尚且不能攻克，辅公祏据守石头城，难道容易攻取吗！进攻丹杨，十几天攻不下来，冯慧亮等人尾随我们身后，我们会腹背受敌，这是危险的计策。冯慧亮、陈正通都是身经百战的贼将，他们并非不想出战，只是因为辅公祏定下计策让他们坚守，想要拖垮我们的军队。我们如今主动攻打他们的营垒来挑衅，一定能一举击败他们！”李孝恭同意了，派遣瘦弱的士兵先攻打敌军营垒，而部署精锐部队列阵等待。攻打营垒的士兵战败逃走，敌军出兵追击，行军数里后，遭遇唐朝大军，双方交战，敌军大败。阚棱摘下头盔对敌军喊道：“你们不认识我了吗？怎敢来与我交战！”敌军大多是阚棱过去的部下，都没有斗志，有的甚至下拜投降，敌军因此溃败。李孝恭、李靖乘胜追击，转战一百多里，博望山、青林山两处营垒全部溃败，冯慧亮、陈正通等人逃回丹杨，敌军被杀死、淹死的有一万多人。李靖的军队率先抵达丹杨，辅公祏十分恐惧，率领数万士兵弃城向东逃跑，想要前往会稽投靠左游仙，李世积率军追击。辅公祏到达句容时，随从的士兵只剩下五百人，夜晚在常州宿营，他的将领吴骚等人密谋擒获他。辅公祏察觉后，抛弃妻子儿女，独自率领几十名心腹，冲破关卡逃走。到达武康时，遭到山野百姓的攻击，西门君仪战死。百姓擒获辅公祏，押送到丹杨斩首，随后搜捕他的残余党羽，全部处死，江南地区全部平定。
己亥日，朝廷任命李孝恭为东南道行台右仆射，李靖为兵部尚书。不久后，废除行台，任命李孝恭为扬州大都督，李靖为都督府长史。高祖高度赞赏李靖的功劳，说：“李靖是萧铣、辅公祏的克星啊。”
阚棱功劳很大，颇为自夸。辅公祏诬陷阚棱与自己勾结。恰逢赵郡王李孝恭抄没贼党的田地住宅，阚棱以及杜伏威、王雄诞在贼境中的田地住宅，都被李孝恭一并抄没；阚棱上书申诉，触犯了李孝恭，李孝恭大怒，以谋反的罪名处死阚棱。
夏季，四月庚子朔日，朝廷大赦天下。当天，颁布新的律令，相比开皇年间的旧制新增五十三条格。
朝廷初步制定均田制和租庸调法：成年男子、中年男子，每人分给一顷田地，重病患者减去十分之六，寡妻寡妾减去十分之七；其中十分之二为世业田，十分之八为口分田。每个成年男子每年缴纳租粟二石。调根据土地所产，缴纳绫、绢、絁、布等。每年服役二十天；不服役的人缴纳庸，每天三尺布；因事需要增加服役的，加役十五天，免征调；加役三十天，租、调都免征。遭遇水、旱、虫、霜等灾害，损失四成以上免征租，损失六成以上免征调，损失七成以上租、调、役都免征。百姓的财产分为九等。一百户为一里，五里为一乡，四家为一邻，四邻为一保。在城镇的称为坊，在乡村的称为村。享受俸禄的官员，不得与百姓争夺利益；工匠、商人等杂类，不得加入士人队伍。男女刚出生为黄籍，四岁为小，十六岁为中，二十岁为丁，六十岁为老。每年编制计帐，每三年编制一次户籍。
丁未日，党项侵犯松州。庚申日，通事舍人李凤起攻打万州反叛的獠人，平定叛乱。
五月辛未日，突厥侵犯朔州。甲戌日，羌人与吐谷浑一同侵犯松州。朝廷派遣益州行台左仆射窦轨从翼州道出兵，扶州刺史蒋善合从芳州道出兵，讨伐他们。丙戌日，在宜君修建仁智宫。丁亥日，窦轨在方山击败反叛的獠人，俘获两万多人。
六月辛丑日，唐高祖前往仁智宫避暑。辛亥日，泷州、扶州的獠人作乱，朝廷派遣南尹州都督李光度等人率军平定叛乱。丙辰日，吐谷浑侵犯扶州，刺史蒋善合击退敌军。壬戌日，庆州都督杨文干反叛。
当初，齐王李元吉劝说太子李建成除掉秦王李世民，说：“我会为兄长亲手杀死他！”李世民跟随高祖前往李元吉的府邸，李元吉在卧室里埋伏了护军宇文宝，想要刺杀李世民；李建成性情较为仁厚，急忙阻止了他。李元吉恼怒地说：“这都是为兄长着想，对我有什么好处！”
李建成擅自招募长安及各地骁勇之士两千多人作为东宫卫士，分别驻扎在左、右长林门，号称“长林兵”。又秘密派右虞侯率可达志跟随燕王李艺征调幽州突骑三百人，安置在东宫东边的各坊，准备补充东宫的警卫力量，此事被人告发。高祖召见李建成并责备他，将可达志流放到巂州。
杨文干曾经在东宫担任警卫，与李建成关系亲密，李建成私下让他招募壮士送到长安。高祖将要前往仁智宫，命令李建成留守长安，李世民、李元吉一同随行。李建成让李元吉趁机图谋李世民，说：“安危大计，就在今年决定！”又派郎将尔朱焕、校尉桥公山将铠甲送给杨文干。二人走到豳州时，上书告发太子指使杨文干起兵谋反，与东宫内外呼应；还有宁州人杜凤举也前往仁智宫禀报此事。高祖大怒，借口其他事情，亲手写下诏书召见李建成，让他赶赴行宫。李建成感到恐惧，不敢前往。太子舍人徐师谟劝他占据长安起兵；詹事主簿赵弘智则劝他降低车驾规格，精简随从，前往行宫请罪，李建成于是前往仁智宫。距离行宫还有六十里时，他将所有官属留在毛鸿宾堡，只带十多名骑兵去见高祖，跪地叩头请罪，甚至奋力磕头直至昏厥。高祖怒气未消，当晚将他安置在帐篷里，只给麦饭充饥，派殿中监陈福看守，同时派遣司农卿宇文颖急速召见杨文干。宇文颖到达庆州后，将实情告知杨文干，杨文干随即起兵反叛。高祖派遣左武卫将军钱九陇与灵州都督杨师道率军讨伐。
甲子日，高祖召见秦王李世民商议对策，李世民说：“杨文干不过是个狂妄小子，竟敢谋反，想必他的僚属已经将他擒杀；如果没有，也只需派遣一员将领讨伐即可。”高祖说：“并非如此。杨文干的事情牵连到李建成，恐怕响应他的人很多。你应当亲自出征，等你回来，我就立你为太子。我不能效仿隋文帝诛杀自己的儿子，会封李建成为蜀王。蜀地军队薄弱，将来他如果能侍奉你，你就保全他；如果不能，你要除掉他也容易！”
高祖因仁智宫位于山中，担心叛军突然来袭，连夜率领宿卫士兵向南迁出山外，行军数十里。东宫官属和将士随后赶到的，都命令每三十人编成一队，分兵包围看守。第二天，才返回仁智宫。
李世民出征后，李元吉与各位妃嫔轮番为李建成求情，封德彝又在宫外为李建成斡旋，高祖的心意逐渐改变，又派李建成返回长安留守。只责备他兄弟不和，将罪责归咎于太子中允王珪、左卫率韦挺、天策兵曹参军杜淹，将三人都流放到巂州。韦挺是韦冲的儿子。当初，洛阳平定后，杜淹长期没有得到调任，想要投靠李建成。房玄龄认为杜淹狡诈多谋，担心他教唆李建成，对李世民更加不利，于是告知李世民，将杜淹引入天策府任职。
这时，突厥侵犯代州的武周城，州兵击退敌军。
秋季，七月己巳日，苑君璋率领突厥军队侵犯朔州，总管秦武通击退敌军。
杨文干率军袭击并攻陷宁州，驱赶劫掠官吏百姓后占据百家堡。秦王李世民的军队抵达宁州，杨文干的党羽纷纷溃散。癸酉日，杨文干被他的部下杀死，首级被传送到京师。抓获宇文颖，将其处死。
丁丑日，梁师都的行台白伏愿前来投降。戊寅日，突厥侵犯原州；朝廷派遣宁州刺史鹿大师救援，又派杨师道赶赴大木根山，截断突厥的退路。庚辰日，突厥侵犯陇州；派遣护军尉迟敬德率军抗击。
吐谷浑侵犯岷州。辛巳日，吐谷浑、党项一同侵犯松州。癸未日，突厥侵犯阴盘。甲申日，扶州刺史蒋善合在松州赤磨镇攻打吐谷浑，击败敌军。己丑日，突厥吐利设与苑君璋侵犯并州。甲子日，高祖返回长安。
有人劝说高祖：“突厥屡次侵犯关中，是因为子女玉帛都集中在长安。如果烧毁长安，不再定都于此，胡人的侵扰自然会停止。”高祖认为这话有道理，便派遣中书侍郎宇文士及翻越南山前往樊州、邓州一带，寻找合适的定都之地，准备迁都。太子李建成、齐王李元吉、裴寂都赞成这一计策，萧瑀等人虽然知道不可行，却不敢进谏。秦王李世民劝谏说：“戎狄作乱，自古以来就有。陛下凭借圣武之才起兵，占据中原，拥有百万精兵，所向无敌，怎能因为胡寇侵扰边境，就仓促迁都躲避，让天下人蒙羞，被后世嘲笑呢！当年霍去病只是汉朝的一员将领，尚且立志消灭匈奴；何况我身为藩王，愿请陛下给我几年时间，我一定能生擒颉利可汗，将他押送到宫门之前。如果不能成功，再迁都也不晚。”高祖说：“说得好。”李建成说：“当年樊哙想要率领十万人马横行匈奴境内，秦王的话难道不是和他一样狂妄！”李世民说：“形势不同，用兵之道也不同，樊哙只是个平庸之辈，不值一提！不出十年，我必定平定漠北，这绝不是空话！”高祖于是放弃了迁都的打算。李建成与妃嫔们趁机一同诋毁李世民说：“突厥虽然屡次侵犯边境，但只要给予财物就会撤退。秦王表面上以抵御贼寇为名，实际上是想掌握兵权，实现他篡夺皇位的阴谋！”
高祖在城南狩猎，太子李建成、秦王李世民、齐王李元吉都一同前往，高祖命令三个儿子骑马射箭比试胜负。李建成有一匹胡马，肥壮但喜欢尥蹶子，他把马交给李世民说：“这匹马非常神骏，能跨越数丈宽的山涧。弟弟擅长骑马，不妨试着骑一骑。”李世民骑着这匹马追逐鹿群，马突然尥蹶子，李世民跃身站立在数步之外，马站起来后，他又骑上去，如此反复三次。李世民回头对宇文士及说：“他想用这匹马害死我，但死生有命，又能奈我何！”李建成听说后，让妃嫔们在高祖面前诋毁李世民说：“秦王自称有天命，注定要成为天下之主，怎么会轻易死去！”高祖大怒，先召见李建成、李元吉，然后召李世民入宫，责备他说：“天子自有天命，不是靠智谋和武力就能得到的；你为什么这么急切地想要得到皇位！”李世民摘下帽子叩头，请求将此事交给司法部门调查核实。高祖怒气未消，恰逢有关部门奏报突厥入侵，高祖才改变脸色，安慰勉励李世民，让他戴上帽子，与他商议抵御突厥的对策。闰月，己未日，朝廷下诏令李世民、李元吉率军从幽州出兵抵御突厥，高祖在兰池为他们饯行。每当有盗贼或敌寇侵扰，高祖总是命令李世民前去讨伐，事情平定后，对他的猜忌却越发深重。
当初，隋朝末年，京兆人韦仁寿担任蜀郡司法书佐，经他审判定罪的囚犯，到了刑场，还会向西为韦仁寿礼佛，然后才赴死。唐朝建立后，爨弘达率领西南夷归附朝廷，朝廷派遣使者安抚他们，但这些使者大多贪婪放纵，偏远地区的百姓深受其害，有的发动了叛乱。当时韦仁寿担任巂州都督长史，高祖听说他的名声，任命他检校南宁州都督，治所暂设在越巂，让他每年前往南宁州安抚当地百姓。韦仁寿性情宽厚，有见识和气度，接受任命后，率领五百士兵抵达西洱河，走遍数千里之地，蛮、夷各族的首领都望风归附，前来拜见韦仁寿。韦仁寿秉承皇帝旨意设置七州十五县，分别任命当地首领为刺史、县令，法令清明严肃，蛮、夷百姓心悦诚服。将要返回时，各族首领都说：“天子派您担任南宁州都督，您为什么要仓促离去？”韦仁寿以城池尚未修建为由推辞。蛮、夷各族随即共同为韦仁寿修筑城池，建造官署，十天就完工了。韦仁寿于是说：“我接受诏令只是前来安抚慰问，不敢擅自留下。”蛮、夷百姓痛哭流涕地为他送行，并各自派遣子弟入朝进贡。壬戌日，韦仁寿返回朝廷，高祖十分高兴，命令他移镇南宁州，派兵驻守。
这时，苑君璋率领突厥军队侵犯朔州。
八月戊辰日，突厥侵犯原州。己巳日，吐谷浑侵犯鄯州。壬申日，突厥侵犯忻州，丙子日，侵犯并州；京师实行戒严。戊寅日，突厥侵犯绥州，刺史刘大俱击退敌军。
当时，颉利、突利两位可汗率领全国兵力入侵，军营连绵南下，秦王李世民领兵抵御。恰逢关中地区长期降雨，粮运断绝，士兵们因征战疲惫不堪，武器装备也大多损坏，朝廷和军中都深感忧虑。李世民与突厥军队在豳州相遇，部署军队准备交战。己卯日，颉利可汗率领一万多骑兵突然抵达豳州城西，在五陇阪列阵，唐军将士惊恐不安。李世民对李元吉说：“如今敌军骑兵逼近，我们不能表现出怯懦，应当与他们一战，你能和我一起出征吗？”李元吉畏惧地说：“敌军形势如此强盛，怎么能轻易出战？万一失利，后悔就来不及了！”李世民说：“你不敢出战，我就独自前往。你留在这里观战。”于是李世民率领骑兵疾驰到突厥阵前，对他们说：“我国与可汗订立和亲盟约，你为什么违背约定，深入我国领土！我是秦王，可汗如果敢战，就单独出来与我交战；如果要以多欺少，我也只用这一百骑兵来抵挡！”颉利可汗摸不透李世民的用意，只是笑而不答。李世民又向前推进，派骑兵告知突利可汗：“你过去与我结盟，约定有急难时相互救援；如今却领兵攻打我，怎么毫无结盟的情分！”突利可汗也不回应。李世民再次向前，准备渡过沟水，颉利可汗见李世民轻率出战，又听到他提到结盟的话，怀疑突利可汗与李世民有密谋，于是派人阻止李世民说：“秦王不必渡河，我没有别的意思，只是想与秦王重申巩固盟约罢了。”于是率领军队稍稍后退。此后降雨更加猛烈，李世民对众将领说：“敌军所依靠的是弓箭，如今长时间降雨，弓弦筋胶都已松弛失效，弓箭无法使用，他们就像折断翅膀的飞鸟；而我们居住在房屋里，吃熟食，刀枪锋利，以逸待劳，这样的机会不利用，还等待什么！”于是暗中部署军队，趁夜出发，冒雨前进，突厥军队大为震惊。李世民又派人向突利可汗陈述利害关系，突利可汗很高兴，愿意听从命令。颉利可汗想要出战，突利可汗不同意，于是颉利可汗派遣突利可汗与他的夹毕特勒阿史那思摩前来拜见李世民，请求和亲，李世民答应了。阿史那思摩是颉利可汗的堂叔。突利可汗趁机主动依附李世民，请求结为兄弟。李世民也以恩义安抚他，与他结盟后离去。
庚寅日，岐州刺史柴绍在杜阳谷击败突厥军队。壬申日，突厥阿史那思摩入朝拜见，高祖请他登上御榻，慰问安抚他。阿史那思摩相貌像胡人，不像突厥人，所以处罗可汗怀疑他不是阿史那部族的人，历经处罗、颉利两代可汗时期，他始终担任夹毕特勒，最终没能掌握兵权成为设（突厥官名）。入朝后，高祖赐给他和顺王的爵位。
丁酉日，派遣左仆射裴寂出使突厥。
九月癸卯日，日南人姜子路反叛，交州都督王志远击败叛军。癸卯日，突厥侵犯绥州，都督刘大俱击败敌军，抓获三名特勒。
冬季，十月己巳日，突厥侵犯甘州。辛未日，高祖在鄠县的南山狩猎；癸酉日，前往终南山。接着，吐谷浑及羌人侵犯叠州，攻陷合川。丙子日，高祖前往楼观，拜谒老子祠；癸未日，用太牢之礼祭祀隋文帝陵。
十一月丁卯日，高祖前往龙跃宫；庚午日，返回宫中。太子詹事裴矩暂代检校侍中一职。