公元621年春季正月癸酉日，朝廷任命胡大恩为代州总管，封定襄郡王，赐姓李氏。代州石岭以北地区，自刘武周叛乱后，盗贼横行，胡大恩移镇雁门，率军征讨，将盗贼全部平定。
稽胡酋长刘屳成率领数万部众，侵扰边境；辛巳日，朝廷下诏命太子李建成统领各路军队讨伐。
王世充的梁州总管程嘉会率领所辖部众投降唐朝。
杜伏威派遣将领陈正通、徐绍宗率领两千精锐士兵，前来与秦王李世民会合攻打王世充，甲申日，唐军攻克梁州。
丙戌日，黔州刺史田世康攻打萧铣的五个州、四个镇，全部攻克。
秦王李世民挑选一千多名精锐骑兵，都身穿黑色铠甲，分为左右两队，由秦叔宝、程知节、尉迟敬德、翟长孙分别统领。每次作战，李世民都亲自身披黑色铠甲，率领这支骑兵作为前锋，伺机进击，所向披靡，敌人十分畏惧。行台仆射屈突通、赞皇公窦轨率军巡视军营阵地，突然与王世充遭遇，交战失利。秦王李世民率领黑色铠甲骑兵救援，王世充大败，唐军俘获其骑将葛彦璋，斩杀俘获六千多人，王世充逃回洛阳。
二月，李靖向赵郡王李孝恭献上攻取萧铣的十条计策，李孝恭将其上奏朝廷。辛卯日，朝廷改信州为夔州，任命李孝恭为总管，让他大规模建造战船，训练水军。因李孝恭没有军旅作战经验，朝廷任命李靖为行军总管，兼任李孝恭的长史，将军事事务委托给他。李靖劝说李孝恭召集全部巴蜀酋长的子弟，根据才能授予官职，安置在身边，表面上是提拔任用，实则作为人质。
王世充的太子王玄应率领数千士兵，从虎牢运送粮食前往洛阳，秦王李世民派遣将军李君羡截击，大败敌军，王玄应仅自身逃脱。
李世民派宇文士及回朝上奏请求进军包围东都洛阳，高祖对宇文士及说：“回去告诉你的大王：如今攻取洛阳，只是想停止战乱。攻克城池之日，皇室车驾、礼仪器物、图书典籍、兵器器械，凡非私人所需之物，都交给你收集管理。其余的男女人口、金银玉帛，全部赏赐给将士们。”
辛丑日，李世民将军队转移到青城宫，营垒尚未建成，王世充率领两万部众从方诸门出城，凭借旧马坊的墙壁壕沟，临近谷水抵御唐军，众将都感到畏惧。李世民率领精锐骑兵在北邙列阵，登上魏宣武陵眺望敌军，对身边的人说：“敌军已是穷途末路，倾尽全部兵力出城，企图侥幸一战，今日击败他们，以后他们就不敢再出城了！”命令屈突通率领五千步兵渡过谷水攻击敌军，告诫屈突通：“两军交战时就放烟为号。”烟雾升起后，李世民率领骑兵南下，身先士卒，与屈突通合力奋战。李世民想了解王世充军阵的厚薄情况，率领数十名精锐骑兵冲入敌阵，直冲到阵后，敌军纷纷溃散，死伤惨重。不久后被长堤阻挡，与其他骑兵失去联系，将军丘行恭独自跟随李世民，王世充的几名骑兵追击而来，李世民的战马中箭倒地。丘行恭调转马头射击追兵，箭无虚发，追兵不敢上前。于是丘行恭下马将自己的战马交给李世民，自己在马前手持长刀，跳跃大呼，斩杀数名敌军，冲破敌阵，李世民这才得以返回大军。王世充也率领部众殊死作战，军队溃散后又多次重新集结，从清晨到中午，王世充的军队才开始撤退。李世民率军追击，直抵洛阳城下，俘获斩杀七千多人，随后包围洛阳。骠骑将军段志玄与王世充的军队奋力作战，深入敌阵，战马倒地，被王世充的士兵擒获，两名骑兵夹持着他的发髻，准备渡过洛水，段志玄纵身奋力挣扎，两人都坠马倒地。段志玄趁机驰马逃回，数百名追兵不敢逼近。
起初，骠骑将军王怀文担任唐军斥候，被王世充俘获，王世充想拉拢他，将他安置在身边。壬寅日，王世充从右掖门出城，临近洛水列阵，王怀文突然手持长矛刺杀王世充，王世充身穿铠甲，长矛折断未能刺入，身边的人猝不及防，都惊愕不已。王怀文逃往唐军阵地，到达写口时，被追兵抓获处死。王世充返回城中，解开铠甲，袒露胸膛向群臣展示说：“王怀文用长矛刺我，最终未能伤到我，这难道不是上天赐予我的天命吗！”
此前，御史大夫郑颋不愿在王世充手下任职，常常称病不参与政事，此时对王世充说：“我听说佛有金刚不坏之身，陛下真是这样啊！我实在幸运，能生活在佛主在世的时代，希望放弃官职削发为僧，勤奋修行，以助陛下的神武之力。”王世充说：“你是国家大臣，声望素来厚重，一旦出家为僧，将会震惊众人。等战乱平息后，我会满足你的愿望。”郑颋坚决请求，王世充不许。郑颋退下后对妻子说：“我自年少为官，立志追求名节，不幸遭遇乱世，流离至此，在猜忌的朝廷中苟且偷生，身处危亡之地，我智力浅薄，无法保全自身。人生终有一死，早晚有什么区别？姑且顺从我的喜好，死也无憾！”于是削发穿上僧服。王世充得知后，大怒说：“你认为我必定失败，想苟且偷生吗？不杀你，怎能制服众人！”于是在街市上将郑颋斩首。郑颋临刑时谈笑自若，围观的人都为他的气节感到敬佩。
朝廷下诏追赠王怀文为上柱国、朔州刺史。
并州安抚使唐俭秘密上奏：“真乡公李仲文与妖僧志觉有谋反言论，又娶陶氏之女以应验‘桃李’谣言。他谄媚侍奉突厥可汗，深得可汗欢心，可汗答应立他为南面可汗。他在并州任职期间，贪污受贿，声名狼藉。”高祖命令裴寂、陈叔达、萧瑀共同审讯他。乙巳日，李仲文被处死。
庚戌日，王泰放弃河阳逃走，其部将赵夐等人献城投降唐朝。王世充的别将单雄信、裴孝达与总管王君廓在洛口相持，秦王李世民率领五千步兵骑兵前往救援，抵达轘辕关时，单雄信等人逃走，王君廓追击击败敌军。
壬子日，延州总管段德操攻打刘屳成，击败敌军，斩首一千多级。
乙卯日，王世充的怀州刺史陆善宗献城投降唐朝。
秦王李世民包围洛阳宫城，城中防守十分严密，大炮发射的石块重达五十斤，能投掷二百步远；八弓弩发射的箭如同车辐般粗大，箭头如同巨斧，能射五百步远。李世民从四面攻城，昼夜不停，十多天仍未攻克。城中共有十三批人想翻墙出城投降，都因事情败露而被杀。唐朝将士都疲惫不堪，思念回乡，总管刘弘基等人请求撤军。李世民说：“如今大举出兵，应当一劳永逸。东方各州已望风归降，只有洛阳一座孤城，势必无法长久坚守，大功即将告成，怎能放弃离去！”于是下令军中：“洛阳未攻克，军队绝不返回，敢说撤军者斩首！”众将不敢再提及撤军之事。高祖得知后，也秘密下诏让李世民返回，李世民上表称洛阳必定能攻克，又派遣参谋军事封德彝入朝当面论述形势。封德彝对高祖说：“王世充虽然占据很多土地，但大多是依附于他的势力，政令所能管辖的，只有洛阳一座城池而已，他已是智穷力竭，攻克洛阳指日可待。如今如果撤军，敌军势力将会重新振作，相互勾结联合，以后必定难以图谋！”高祖于是听从了李世民的建议。李世民写信给王世充，晓谕他祸福得失；王世充没有回复。
戊午日，王世充的郑州司兵沈悦派遣使者前往左武候大将军李世积处请求投降。左卫将军王君廓连夜率军袭击虎牢，沈悦作为内应，于是攻克虎牢，俘获王世充的荆王王行本及长史戴胄。沈悦是沈君理的孙子。
窦建德攻克周桥，俘获孟海公。
三月庚申日，朝廷任命靺鞨部落首领突地稽为燕州总管。
太子李建成俘获了一千多名稽胡族人，释放了其中几十名酋长，授予他们官爵，让他们回去招降剩余部众，刘屳成也前来投降。李建成谎称要增设州县、修筑城池，命令投降的稽胡族人中二十岁以上的全部集合，随后派兵包围并屠杀了他们，死者达六千多人。刘屳成察觉变故，逃奔到梁师都那里。
行军总管刘世让攻打窦建德占据的黄州，攻克了该城。洺州防守严密，刘世让无法前进。恰逢突厥将要入侵，唐高祖下诏召刘世让回师。
窦建德任命的普乐县令、平恩人程名振前来投降，唐高祖在远方任命他为永宁令，让他领兵攻取河北地区。程名振夜间袭击邺城，俘获男女一千多人。在距离邺城八十里的地方，他筛选出九十多名哺乳期的妇女，全部释放遣返。邺城百姓感念他的仁德，为他请僧人诵经祈福。
突厥颉利可汗继承父兄留下的基业，兵马强盛，有侵犯中原的野心。他的妻子是隋朝的义成公主，公主的堂弟杨善经在突厥避乱，与王世充的使者王文素一起劝说颉利可汗：“从前启民可汗被兄弟逼迫，脱身投奔隋朝，依靠隋文帝的力量，才获得了这片土地，子孙后代得以享有。如今的唐天子并非隋文帝的子孙，可汗应当拥立杨政道（隋朝皇室后裔），讨伐唐朝，以报答隋文帝的恩德。”颉利可汗采纳了这个建议。唐高祖因中原尚未平定，所以对突厥十分优厚，但颉利可汗索取无度，言辞傲慢。甲戌日，突厥入侵汾阴。
唐军包围洛阳后，挖掘壕沟、修筑营垒防守。城中粮食匮乏，一匹绢只能换三升粟米，一匹布只能换一升盐，服饰、珍宝古玩的价格贱如泥土。百姓吃完了草根树叶，就一起淘洗河中的浮泥，掺杂米屑做成饼吃，吃后都生病，出现身体浮肿、腿脚无力的症状，饿死的人在路上相互枕靠。皇泰主当初把百姓迁入宫城时，共有三万家，到这时已不足三千家。即使是地位尊贵的公卿大臣，也连糠麸都吃不饱；尚书郎以下的官员，亲自背负粮食，常常有人饿死。窦建德派部将范愿守卫曹州，征调了孟海公、徐圆朗的全部兵力，向西援救洛阳。到达滑州时，王世充任命的行台仆射韩洪打开城门迎接他们。己卯日，窦建德的军队驻扎在酸枣。
壬午日，突厥入侵石州，刺史王集击退了他们。
窦建德攻陷管州，杀死刺史郭士安；又攻陷荥阳、阳翟等县，水陆并进，乘船运粮，逆黄河向西进军。王世充的弟弟、徐州行台王世辩派部将郭士衡率领几千士兵与窦建德会合，两军共计十余万人，号称三十万，驻扎在成皋以东的平原上，在板渚修筑行宫，派使者与王世充互通消息。
在此之前，窦建德写信给秦王李世民，请求唐军退回潼关，归还侵占王世充的土地，恢复昔日的友好关系。李世民召集将领僚属商议，众人都请求避开窦建德的锋芒。郭孝恪说：“王世充已是穷途末路，很快就要投降；窦建德远道而来援助他，这是上天要让两人一同灭亡。我们应当占据武牢的险要地势抵抗窦建德，伺机行动，一定能打败他。”记室薛收说：“王世充占据东都洛阳，府库充实，他率领的军队都是江淮地区的精锐，如今的问题只是缺乏粮食。正因如此，他才被我们牵制，想战不能、坚守难久。窦建德亲自率领大军远道赴援，必然也带来了全部精锐，要与我们决一死战。如果放他到达洛阳，两寇联合，窦建德从河北运粮供给洛阳，那么战争就会旷日持久，休战无期，统一全国的日期也就遥遥无期了。如今应当分兵防守洛阳，深挖壕沟、高筑营垒，王世充出兵时切勿与他交战；大王亲自率领精锐部队，先占据成皋，整训士兵，等待窦建德到来，以逸待劳，必定能攻克敌军。窦建德被打败后，王世充自然会投降，不出二十天，两位君主就会被擒获。”李世民赞同他的意见。薛收是薛道衡的儿子。萧瑀、屈突通、封德彝都说道：“我们的士兵疲惫年老，王世充凭借坚固的城池防守，不易迅速攻克；窦建德乘胜而来，锋芒锐利、气势旺盛。我们腹背受敌，这不是万全之策，不如退守新安，等待敌军疲惫再作打算。”李世民说：“王世充军队受挫、粮食耗尽，上下离心离德，无需费力进攻，就能坐待他灭亡。窦建德刚刚打败孟海公，将领骄傲、士兵懈怠，我们占据武牢，扼住他的咽喉。他如果冒险来战，我们很容易就能击败他；如果他犹豫不决、不敢交战，不出十天半个月，王世充就会自行溃败。攻克洛阳后，我们兵力强盛、气势倍增，一举消灭两寇，就在这一次行动了。如果不迅速进军，敌军进入武牢，我们刚刚归附的各城必定难以坚守；两寇合力，势力必然强盛，还谈什么等待他们疲惫？我已经决定了！”屈突通等人又请求解除洛阳之围、占据险要地势观察局势变化，李世民没有同意。他将麾下军队一分为二，派屈突通等人辅佐齐王李元吉包围看守东都，自己率领三千五百名骁勇士兵向东奔赴武牢。当时正值白天出兵，军队经过北邙山，抵达河阳，再向巩县进军。王世充登上洛阳城头望见唐军行动，无法揣测其意图，最终不敢出兵追击。癸未日，李世民进入武牢；甲申日，他率领五百名骁骑，出武牢城东二十多里，侦察窦建德的军营。沿途分别留下随从骑兵，让李世积、程知节、秦叔宝各自率领，埋伏在路边，最后只剩下四名骑兵跟随他前进。李世民对尉迟敬德说：“我手持弓箭，你手持长矛跟随，即使面对百万敌军又能奈我何！”又说：“敌军见到我就撤退，是上策。”在距离窦建德军营三里左右的地方，遇到了窦建德的巡逻士兵，巡逻兵以为他们是侦察兵。李世民大声喊道：“我是秦王！”随即拉弓射箭，射死一名将领。窦建德军中大惊，派出五六千名骑兵追击他们。李世民的随从都吓得脸色发白，李世民说：“你们只管前进，我自己和尉迟敬德殿后。”于是放慢马速、从容前行，追击的骑兵即将逼近时，李世民就拉弓射箭，每次都射死一人。追击的士兵畏惧停下，停下后又再次追赶，如此反复多次，每次追击都有伤亡，李世民先后射死数人，尉迟敬德杀死十几人，追击的士兵再也不敢逼近。李世民故意迟疑后退引诱敌军，将他们引入埋伏圈，李世积等人奋勇出击，大败敌军，斩首三百多级，俘获窦建德的骁将殷秋、石瓒后返回。李世民随后写信给窦建德，并晓谕他：“赵、魏地区早已归我大唐所有，却被你侵占掠夺。只是因为淮安王李神通受到你的礼遇，隋朝公主得以返回，所以我们才坦诚相待、化解怨恨。王世充不久前与你修好，却反复无常，如今已是朝夕难保，还编造言辞引诱你；你竟然率领全军，仰人鼻息、耗费军资，这实在不是上策。如今我们的前锋已经相遇，你的军队即刻溃败，尚未正式交战就已如此，难道不感到羞愧吗？因此我暂且按兵不动，希望你能择善而从；如果执意不听，恐怕你后悔也来不及了。”
朝廷册立秦王李世民的儿子李泰为卫王。
夏季四月己丑日，丰州总管张长逊入朝。当时很多议论政事的人都说，张长逊长期驻守丰州，受到突厥的厚待，这对国家不利。张长逊听到后，请求入朝，唐高祖同意了。恰逢太子李建成北伐稽胡，张长逊率领部下与李建成会合，随后入朝，被任命为右武候将军。益州行台左仆射窦轨率领巴蜀地区的军队前来与秦王李世民会合，共同攻打王世充，唐高祖任命张长逊代理益州行台右仆射。
己亥日，突厥颉利可汗入侵雁门，李大恩击退了他。
壬寅日，王世充的骑将杨公卿、单雄信领兵出战，齐王李元吉率军迎击，作战失利，行军总管卢君谔战死。
太子李建成返回长安。
王世充任命的平州刺史周仲隐献城投降。
戊申日，突厥入侵并州。当初，处罗可汗与刘武周相互勾结，入侵并州；唐高祖派太常卿郑元璹前往突厥晓谕祸福，处罗可汗不听。不久，处罗可汗患病去世，突厥国人怀疑是郑元璹下毒，便将他扣留不放。唐高祖又派汉阳公李瑰携带金银丝帛贿赂颉利可汗，颉利可汗要求李瑰下拜，李瑰不从，也被扣留。突厥还扣留了唐朝的左骁卫大将军长孙顺德。唐高祖大怒，也扣留了突厥的使者。
甲寅日，唐高祖册封皇子李元方为周王，李元礼为郑王，李元嘉为宋王，李元则为荆王，李元茂为越王。
窦建德被武牢的唐军阻挡，无法前进，屯兵数月，多次作战失利，将士们都思念故乡。丁巳日，秦王李世民派王君廓率领一千多名轻骑袭击窦建德的粮运部队，再次击败敌军，俘获大将军张青特。凌敬向窦建德建议：“大王率领全部兵力渡过黄河，攻取怀州、河阳，派得力将领驻守，然后击鼓举旗，越过太行山，进入上党地区，攻取汾州、晋州，直奔蒲津关。这样做有三大好处：一是行军至无人防守之地，取胜可以万无一失；二是开拓疆土、招收部众，形势会更加强盛；三是关中地区震动，洛阳之围自然解除。如今的计策，没有比这更好的了。”窦建德准备采纳他的建议，但王世充的使者接连不断地前来告急，王琬、长孙安世日夜哭泣，请求救援洛阳，又暗中用金银珠宝贿赂窦建德的各位将领，阻挠凌敬的计策。将领们都说：“凌敬只是个书生，哪里懂得打仗，他的话怎么能采纳！”窦建德于是谢绝凌敬说：“如今将士们士气旺盛，这是上天在帮助我，顺应天意与唐军决战，必定能大获全胜，不能听从你的意见。”凌敬坚持争辩，窦建德大怒，下令将他搀扶出去。窦建德的妻子曹氏对他说：“祭酒（凌敬的官职）的话不能违背。如今大王从滏口趁唐朝空虚，连营渐进，攻取山北地区，再联合突厥向西抄袭关中，唐朝必定会回师自救，洛阳之围还用担心解除不了吗？如果在此地屯兵不前，军队疲惫、耗费军资，想要成功，不知要等到何日？”窦建德说：“这不是女人能懂的！我前来救援王世充，他如今身陷绝境，朝夕难保，我却舍弃他离去，这是畏惧敌人、违背信义，不行。”
侦察兵报告说：“窦建德正在等待唐军粮草耗尽，趁唐军在黄河以北放牧马匹时，将要袭击武牢。”五月戊午日，秦王李世民向北渡过黄河，南临广武，观察敌军形势，随后留下一千多匹战马，在黄河滩上放牧以引诱敌军，傍晚返回武牢。己未日，窦建德果然率领全部兵力前来，从板渚出牛口列阵，北靠黄河，西临汜水，南连鹊山，连绵二十里，击鼓前进。唐军各位将领都感到畏惧，李世民率领数名骑兵登上高丘眺望敌军，对将领们说：“敌军从山东起兵，从未见过强大的敌人。如今他们越过险要地势却喧哗不止，这是没有纪律；逼近城池列阵，这是轻视我们。我们按兵不动，他们的勇气自然会衰减；列阵时间过长，士兵就会饥饿，势必会自行撤退。到那时我们追击敌军，必定能取胜。我与各位约定，刚过中午，一定能打败他们！”窦建德轻视唐军，派三百名骑兵渡过汜水，在距离唐营一里左右的地方停下，派使者向李世民传话：“请挑选数百名精锐士兵，与我们较量一番。”李世民派王君廓率领二百名手持长矛的士兵迎战，双方交战时进时退，互有胜负，随后各自领兵返回。王琬骑着隋炀帝的青骢马，铠甲兵器十分鲜亮，独自出列在阵前向众人夸耀。李世民说：“他骑的真是一匹好马！”尉迟敬德请求前去夺取，李世民阻止他说：“怎么能因为一匹马而损失一员猛将？”尉迟敬德不听，与高甑生、梁建方三人骑马径直冲入窦建德的阵中，擒获王琬，牵着他的马返回，敌军无人敢阻拦。李世民派人去召回黄河以北的战马，等待战马全部到来后，才出兵迎战。
窦建德列好军阵，从清晨到中午，士兵们饥饿疲惫，都坐在阵中，又争相饮水，迟疑着想要撤退。李世民命令宇文士及率领三百名骑兵从窦建德阵西穿行，疾驰向南，告诫他说：“敌军如果不动，你就领兵返回；如果动了，就率军向东出击。”宇文士及到达阵前时，敌军阵形果然动摇，李世民说：“可以进攻了！”这时黄河滩上的战马也已赶到，于是下令出兵。李世民率领轻骑率先冲入敌阵，大军紧随其后，向东渡过汜水，直逼窦建德的军阵。
当时窦建德的文武大臣正在朝拜他，唐军骑兵突然杀到，朝臣们纷纷奔向窦建德。窦建德急忙召集骑兵抵御唐军，但骑兵被朝臣们阻挡无法通过，窦建德挥手让朝臣们后退，就在这进退之间，唐军已经逼近。窦建德陷入窘迫，后退依靠东陂坚守。窦抗领兵进攻，作战略有失利。李世民率领骑兵奔赴救援，所到之处敌军纷纷溃散。淮阳王李道玄挺身而出冲入敌阵，径直冲到阵后，又突围返回，如此往返两次，身上被飞箭射中如同刺猬的刺一般，却勇气不减，射箭必中，敌军纷纷倒地。李世民把备用战马给他，让他跟随自己。于是各路军队展开大战，尘土漫天飞扬。李世民率领史大柰、程知节、秦叔宝、宇文歆等人卷起军旗冲入敌阵，从阵后杀出，竖起唐军旗帜。窦建德的将士回头看到唐军旗帜，瞬间大败溃逃；唐军追击三十里，斩首三千多级。窦建德中了长矛，逃窜到牛口渚躲藏起来。车骑将军白士让、杨武威追击他，窦建德从马上摔下来，白士让举起长矛想要刺杀，窦建德说：“别杀我，我是夏王，能让你们富贵。”杨武威翻身下马将他擒获，用备用马匹驮着他，来见李世民。李世民责备他说：“我亲自讨伐王世充，与你有何相干，你却越境而来，冒犯我的兵锋！”窦建德说：“如今我不亲自前来，恐怕还要麻烦你远道去捉拿我。”窦建德的将士全部溃散逃走，唐军俘获五万人，李世民当天就将他们遣散，让他们返回故乡。
封德彝入宫祝贺，李世民笑着说：“当初不听你的建议，才有今天的胜利。智者千虑，难免有一失啊！”封德彝十分惭愧。
窦建德的妻子曹氏与左仆射齐善行率领数百名骑兵逃回洺州。
甲子日，王世充占据的偃师、巩县全部投降。
乙丑日，朝廷任命太子左庶子郑善果为山东道抚慰大使。
王世充的部将王德仁放弃旧洛阳城逃跑，副将赵季卿献城投降。秦王李世民将窦建德、王琬、长孙安世、郭士衡等人囚禁起来，带到洛阳城下，展示给王世充看。王世充与窦建德相对而泣，随后派长孙安世等人入城禀报战败的情况。王世充召集各位将领商议突围，向南逃往襄阳，将领们都说：“我们所依靠的是夏王，如今夏王已经被俘，即使突围出去，最终也必定无法成功。”丙寅日，王世充身着素服，率领太子、群臣两千多人前往军营门前投降。李世民以礼相待，王世充趴在地上汗流浃背。李世民说：“你常把我当作小孩子看待，如今见到小孩子，为何如此恭敬呢？”王世充磕头谢罪。于是李世民部署各路军队，先进入洛阳，分别驻守市场店铺，禁止士兵侵犯掠夺，无人敢违反命令。
丁卯日，李世民进入宫城，命令记室房玄龄先进入中书省、门下省收集隋朝的地图户籍和制诏文书，却发现早已被王世充销毁，一无所获。又命令萧瑀、窦轨等人查封府库，收集金银丝帛，分赐给将士们。逮捕王世充党羽中罪行特别严重的段达、王隆、崔洪丹、薛德音、杨汪、孟孝义、单雄信、杨公卿、郭什柱、郭士衡、董睿、张童儿、王德仁、朱粲、郭善才等十多人，在洛水岸边斩首。
当初，李世积与单雄信关系友好，发誓同生共死。洛阳平定后，李世积上书称单雄信骁勇绝伦，请求用自己的全部官爵来赎他的性命，李世民没有同意。李世积坚持请求却未能如愿，只好流泪退下。单雄信说：“我本来就知道你办不成事！”李世积说：“我并不吝惜自己的性命，愿意与兄长一同赴死；但我既然已经将这身性命献给国家，就无法两全其美。况且我死后，谁来照顾兄长的妻子儿女呢？”于是割下自己大腿上的肉给单雄信吃，说：“让这块肉随兄长化为尘土，或许还能不辜负昔日的誓言！”百姓痛恨朱粲的残忍，争相投掷瓦砾击打他的尸体，片刻之间尸体上的瓦砾就堆积得像坟墓一样。李世民将韦节、杨续、长孙安世等十多人囚禁起来，送往长安。那些无罪却被王世充囚禁的百姓，全部被释放；被王世充杀害的人，都加以祭祀并撰写诔文悼念。
当初，秦王府属官杜如晦的叔父杜淹侍奉王世充。杜淹一向与杜如晦兄弟不和，诬陷杜如晦的兄长并将其杀害，又囚禁了杜如晦的弟弟杜楚客，杜楚客险些饿死，却始终没有怨恨之色。洛阳平定后，杜淹应当被处死，杜楚客流泪请求杜如晦营救他，杜如晦没有同意。杜楚客说：“过去叔父已经杀了兄长，如今兄长又要杀叔父，一门之内自相残杀殆尽，难道不令人痛心吗！”说罢，就想要拔剑自刎，杜如晦这才向李世民为杜淹求情，杜淹得以幸免一死。秦王李世民坐在阊阖门，苏威请求进见，自称年老多病无法下拜。李世民派人责备他说：“你是隋朝的宰相，国家危难时不能扶助，导致君主被杀、国家灭亡。见到李密、王世充时都下拜舞蹈，如今既然年老多病，就不必劳烦进见了。”苏威到了长安后，又请求进见，仍然没有被允许。他既年老又贫穷，不再有官爵，最终在家中去世，享年八十二岁。
秦王李世民观看隋朝的宫殿，感叹道：“放纵奢侈之心，穷尽百姓欲望，这样的王朝怎么会不灭亡呢！”下令拆毁端门楼，焚烧乾阳殿，毁坏则天门及宫阙；废除各种佛教道场，城中的僧尼只留下有名望德行的各三十人，其余的都让他们还俗。
前真定县令周法明，是周法尚的弟弟。隋末时他聚集宾客，袭取并占据黄梅，派族子周孝节攻打蕲春，侄子周绍则攻打安陆，儿子周绍德攻打沔阳，全部攻克。庚午日，周法明献出这四个郡投降唐朝。
壬申日，齐善行献出洺州、相州、魏州等州投降。当时窦建德的残余部众逃到洺州，想要拥立窦建德的养子为主，征调士兵抵抗唐军；又想劫掠百姓，返回海边做强盗。只有齐善行认为不能这样做，说：“隋末天下大乱，我们这些人才聚集在草野之间，只是为了谋求生存罢了。凭借夏王的英武，平定了河朔地区，士兵战马精锐强盛，却一朝被擒，易如反掌，这难道不是天命有所归属，并非人力所能争夺的吗！如今战败到这种地步，坚守也不会成功，逃跑也无法幸免；同样是亡国，怎能再给百姓留下祸患！不如诚心向唐朝请求投降。如果将士们一定要得到丝帛财物，就把府库中的东西全部散发出去，不要再残害百姓了！”于是搬运府库中的数十万段丝帛，放置在万春宫东街，分发给将士们，整整三天三夜才分发完毕。同时部署士兵守卫街巷，拿到财物的人立即离开，不得再进入百姓家中。士兵们全部散去后，齐善行与右仆射裴矩、行台曹旦率领文武百官，侍奉窦建德的妻子曹氏以及传国八玺，连同击败宇文化及时所缴获的珍宝，一同向唐朝请求投降。唐高祖任命齐善行为秦王左二护军，并给予丰厚赏赐。
当初，窦建德诛杀宇文化及时，隋朝的南阳公主有个儿子叫禅师。窦建德的虎贲郎将於士澄问南阳公主：“宇文化及犯了大逆之罪，他兄弟的儿子都应当连坐处死，如果你舍不得禅师，我可以为你留下他的性命。”南阳公主流泪说：“你既然是隋朝的贵臣，这件事何必来问我！”窦建德最终还是杀了禅师。南阳公主不久后请求出家为尼。窦建德战败后，南阳公主准备返回长安，在洛阳与宇文士及相遇，宇文士及请求与她相见，南阳公主没有同意。宇文士及站在门外，请求恢复夫妻关系。南阳公主说：“我与你是仇家，如今之所以没有亲手杀你，只是因为察觉你在谋逆之时并不知情罢了。”呵斥他迅速离开。宇文士及坚持请求，南阳公主大怒说：“你如果一定要找死，就可以进来相见！”宇文士及知道无法使她屈服，于是下拜告辞离去。
乙亥日，朝廷任命周法明为黄州总管。
戊寅日，王世充的徐州行台杞王王世辩献出徐州、宋州等三十八州，向河南道安抚大使任瑰请求投降；王世充原来占据的地区全部平定。
窦建德的博州刺史冯士羡又推举淮安王李神通为慰抚山东使，攻占了三十多个州；窦建德原来占据的地区全部平定。
己卯日，代州总管李大恩攻打苑君璋，将其击败。
突厥侵犯边境，长平靖王李叔良督率五名将领迎击，李叔良中了流箭；军队返回途中，六月戊子日，李叔良在途中去世。
戊戌日，孟海公的残余党羽蒋善合献出郓州，孟啖鬼献出曹州，前来投降。孟啖鬼是孟海公的堂兄。庚子日，营州人石世则劫持总管晋文衍，举州反叛，拥立靺鞨首领突地稽为主。
黄州总管周法明攻打萧铣占据的安州，攻克该城，俘获安州总管马贵迁。
乙巳日，朝廷任命右骁卫将军盛彦师为宋州总管，安抚河南地区。
乙卯日，海州盗贼首领臧君相献出五个州投降，被任命为海州总管。
秋季七月庚申日，王世充的行台王弘烈、王泰、左仆射豆卢行褒、右仆射苏世长献出襄州投降。唐高祖与豆卢行褒、苏世长都有旧交情，此前曾多次写信招降他们，豆卢行褒每次都杀死使者；到达长安后，唐高祖诛杀了豆卢行褒，却责备苏世长。苏世长说：“隋朝失去天下，天下人共同争夺它。陛下既然已经得到了天下，怎能再怨恨一同追逐的人，追究他们争夺天下的罪过呢！”唐高祖笑着释放了他，任命他为谏议大夫。苏世长曾跟随唐高祖在高陵打猎，捕获了大量禽兽，唐高祖回头对群臣说：“今天打猎，快乐吗？”苏世长回答说：“陛下打猎，荒废了繁多的政务，即使不到一百天，也不足以称为快乐！”唐高祖脸色一变，随后又笑着说：“你又发狂了？”苏世长回答说：“对我来说是发狂，对陛下而言却是忠诚。”苏世长曾在披香殿侍奉宴会，酒酣之时，对唐高祖说：“这座宫殿是隋炀帝建造的吗？”唐高祖说：“你的劝谏看似直率，实则多有欺诈，难道你不知道这座宫殿是我建造的，却故意说是隋炀帝建造的吗？”苏世长回答说：“我确实不知道，只是看到它华丽奢侈如同倾宫、鹿台，不像是圣明君主所建造的。如果陛下建造它，实在是不合适。我过去在武功侍奉陛下时，看到陛下居住的房屋仅能遮蔽风雨，当时也觉得足够了。如今沿用隋朝的宫室，已经极其奢侈了，却还要再增加，这将如何纠正隋朝的过失呢？”唐高祖深表赞同。
甲子日，秦王李世民抵达长安。李世民身披黄金铠甲，齐王李元吉、李世积等二十五名将领跟随在他身后，一万名铁骑、三万名甲士，前后都有鼓吹乐队，将俘获的王世充、窦建德以及隋朝的车驾、御用物品献给太庙，举行饮至之礼庆贺胜利。
乙丑日，高句丽国王高建武派遣使者入朝进贡。高建武是高元的弟弟。
唐高祖召见王世充并责备他，王世充说：“我的罪行固然应当处死，但秦王曾答应我不杀我。”丙寅日，唐高祖下诏赦免王世充为平民，与兄弟子侄一同流放到蜀地；在闹市中将窦建德斩首。
丁卯日，唐高祖因天下大致平定，颁布大赦令。百姓免除徭役一年。陕州、鼎州、函州、虢州、虞州、芮州六州，因转运物资劳苦耗费，幽州管辖范围内，因长期遭受寇乱侵扰，都免除徭役两年。律法、政令、规章、仪式，暂时沿用开皇年间的旧制。大赦令颁布后，王世充、窦建德的残余党羽中还有被流放远方的人，治书侍御史孙伏伽上书说：“军队和粮食可以舍弃，信用却不能舍弃。陛下已经赦免了他们，却又将他们流放，这是违背自己的本心，让臣民们有什么可以依靠的呢？况且王世充尚且得到宽恕，何况是他的残余党羽，更应该释放他们。”唐高祖采纳了他的建议。
王世充因为前往蜀地的护卫还未准备好，暂时被安置在雍州的官舍中。独孤机的儿子定州刺史独孤修德率领兄弟来到官舍，假称有诏书召唤郑王（王世充曾被封为郑王）；王世充与兄长王世恽急忙出来迎接，独孤修德等人将他们杀死。唐高祖下诏免去独孤修德的官职。王世充的其余兄弟子侄等人，在前往蜀地的途中也因谋反罪名被诛杀。
隋末时期，钱币铸造得既薄又滥，甚至有裁剪皮革、粘贴纸张制成的货币，民间深受其害。到这时，朝廷开始发行“开元通宝”钱，直径八分，重二铢四参（古代重量单位），十枚钱累计重一两，轻重大小最为适中，无论远近都感到便利。唐高祖下令让给事中欧阳询撰写钱文并书写，钱文采用回环可读的方式（即“开元通宝”与“通宝开元”均可连读）。
朝廷任命屈突通为陕东道大行台右仆射，镇守洛阳；任命淮阳王李道玄为洛州总管。李世积的父亲李盖最终平安归来，唐高祖下诏恢复了他的官爵。窦轨返回益州，他领兵征讨时，有时连续十天半月不脱铠甲，性情严酷，将领僚属有触犯军令的，无论贵贱立即斩首；鞭挞官吏百姓时，常常血流满庭院，部下都吓得两脚并拢、不敢呼吸。
癸酉日，朝廷在洛阳、并州、幽州、益州等各州设置钱监（负责铸钱的机构），赐给秦王李世民、齐王李元吉各三座铸钱炉，裴寂一座，允许他们铸造钱币。其余敢私自铸钱的人，判处死刑，家属罚没为奴婢。
河北平定后，唐高祖任命陈君宾为洺州刺史。将军秦武通等人领兵驻扎在洺州，朝廷打算让他们分别镇守东方各州；又任命郑善果等人担任慰抚大使，在洺州选拔补任山东各州县的官员。
窦建德战败后，他的许多将领偷偷藏匿了府库中的财物，回到民间后，横行霸道成为百姓的祸患。唐朝官吏依法惩治他们，有的还加以鞭挞，窦建德的旧部都感到惊惧不安。高雅贤、王小胡的家在洺州，想携带家眷逃跑，被官吏追捕，于是两人逃到了贝州。恰逢朝廷征召窦建德的旧部范愿、董康买、曹湛以及高雅贤等人，范愿等人相互商议说：“王世充献出洛阳投降唐朝，他的将相大臣段达、单雄信等人都被诛杀；我们到了长安，必定难逃一死。我们自隋末以来，身经百战，早就该战死了，如今何必吝惜残生，不借此机会成就一番事业呢？况且夏王（窦建德）俘获淮安王后，以宾客之礼相待，而唐朝俘获夏王后却立刻杀了他。我们都受到夏王的厚待，如今不为他报仇，还有何面目见天下之士！”于是谋划叛乱，占卜时发现拥立刘氏为主吉利，便一同前往漳南，拜见窦建德的旧部刘雅，将谋反的计划告诉了他。刘雅说：“天下刚刚安定，我打算以耕田养蚕度过余生，不愿再起兵反叛！”众人大怒，又担心他泄露计谋，于是杀了刘雅。原汉东公刘黑闼当时隐居在漳南，众将领前往拜见他，告知谋反计划，刘黑闼欣然同意。当时刘黑闼正在种菜，当即杀了耕牛，与众人一同饮酒吃肉、商议计策，聚集了一百多人。甲戌日，刘黑闼袭击并占据了漳南县。
当时，各道遇有战事就设置行台尚书省，无事则撤销。朝廷得知刘黑闼作乱，便在洺州设置山东道行台，在魏州、冀州、定州、沧州同时设置总管府。丁丑日，任命淮安王李神通为山东道行台右仆射。
辛巳日，褒州道安抚使郭行方攻打萧铣占据的鄀州，攻克该城。
孟海公与窦建德一同被处死，戴州刺史孟啖鬼（孟海公堂兄）心中不安，挟持孟海公的儿子孟义，以曹州、戴州反叛，任命禹城县令蒋善合为心腹；蒋善合与身边的人共同谋划，杀了孟啖鬼。
八月丙戌朔日（初一），发生日食。
丁亥日，唐高祖命令太子李建成安抚北部边境。
丁酉日，刘黑闼攻陷鄃县，魏州刺史权威、贝州刺史戴元祥率军迎战，均战败身亡，刘黑闼收编了他们的残余部众和武器装备。窦建德的旧部逐渐出来归附他，部众增至两千人。刘黑闼在漳南筑坛，祭祀窦建德，告知起兵的意图，自称大将军。唐高祖下诏征调关中步兵、骑兵三千人，派将军秦武通、定州总管蓝田人李玄通率军攻打刘黑闼；又下诏命幽州总管李艺领兵会师讨伐。
癸卯日，突厥入侵代州，总管李大恩派遣行军总管王孝基抵御，全军覆没。甲辰日，突厥进军包围崞县。乙巳日，王孝基从突厥逃回，李大恩兵力薄弱，据城坚守，突厥不敢逼近，一个多月后撤军离去。
唐高祖因南方盗贼仍较多，丙午日，任命左武候将军张镇周为淮南道行军总管，大将军陈智略为岭南道行军总管，前往镇抚。
丁未日，刘黑闼攻陷历亭，擒获屯卫将军王行敏，逼迫他下拜，王行敏不从，被杀害。
当初，洛阳平定后，徐圆朗请求投降，被任命为兖州总管，封为鲁郡公。刘黑闼作乱后，徐圆朗暗中与他勾结。唐高祖派葛公盛彦师安抚河南地区，盛彦师行至任城时；辛亥日，徐圆朗扣押盛彦师，起兵反叛。刘黑闼任命徐圆朗为大行台元帅，兖州、郓州、陈州、杞州、伊州、洛州、曹州、戴州等八州的豪强地主都起兵响应。徐圆朗厚待盛彦师，让他写信给弟弟，命令弟弟献出虞城投降。盛彦师在信中写道：“我奉命出使未能完成使命，被贼寇擒获，作为臣子不忠，发誓以死报国；你要好好侍奉老母亲，不要挂念我。”徐圆朗起初脸色大变，而盛彦师却神色自若。徐圆朗于是笑着说：“盛将军有壮烈的气节，不能杀他。”仍像以前一样对待他。
河南道安抚大使任瑰行至宋州时，恰逢徐圆朗反叛，副使柳浚劝任瑰退保汴州，任瑰笑着说：“柳浚你怎么这么胆小！”徐圆朗又攻陷楚丘，领兵准备包围虞城，任瑰派遣部将崔枢、张公谨从鄢陵率领各州豪强地主的人质一百多人驻守虞城。柳浚说：“崔枢和张公谨都是王世充的旧将，各州人质的父兄都反叛了，恐怕他们一定会发动叛乱。”任瑰没有回应。崔枢到达虞城后，将人质分散，让他们与当地人混合组队守城。盗贼逐渐逼近，有人质反叛，崔枢斩杀了该队的队长。于是各队队长都感到畏惧，纷纷杀了自己管辖的人质，崔枢不加禁止，将人质的首级悬挂在城门外，并派人禀报任瑰。任瑰假装发怒说：“我让你们与人质一同守城，是想招抚他们的父兄，他们有何罪而被杀害！”退下后对柳浚说：“我早就知道崔枢能处理好这件事。县里的人既然杀了人质，就与盗贼结下了深仇大恨，我还有什么可担心的！”盗贼攻打虞城，果然未能攻克，只好离去。
当初，窦建德任命鄱阳人崔元逊为深州刺史，刘黑闼反叛后，崔元逊与同党数十人在野外谋划，在车中埋伏武士，用禾苗覆盖在上面，伪装成农夫，径直进入深州府衙，从禾苗中呐喊而出，擒获刺史裴曦并杀了他，将首级送给刘黑闼。
九月乙卯日，文登盗贼首领淳于难请求投降；朝廷设置登州，任命淳于难为刺史。
突厥入侵并州；唐高祖派遣左屯卫大将军窦琮等人率军迎击。戊午日，突厥入侵原州；派遣行军总管尉迟敬德等人率军迎击。
辛酉日，徐圆朗自称鲁王。
隋末时期，歙州盗贼首领汪华占据黟县、歙县等五个州，拥有部众一万人，自称吴王。甲子日，汪华派遣使者前来投降；朝廷任命他为歙州总管。
隋末时期，弋阳人卢祖尚聚集壮士保卫乡里，军队部署严整，盗贼都畏惧他。隋炀帝被杀后，同乡人推举他为光州刺史，当时他年仅十九岁，向皇泰主呈递奏表。王世充自立为帝后，卢祖尚前来投降；丙子日，朝廷任命卢祖尚为光州总管。
己卯日，唐高祖下诏清查全国户口。徐圆朗入侵济州，治中吴及率军击退了他。
癸未日，唐高祖下诏称，太常寺的乐工都是前代因犯罪而被罚没的人，子孙世代相承，历经多年，实在令人怜悯；应当全部免除他们的奴婢身份，恢复为平民，仍让他们从事乐工工作，如果有人做官进入仕途，不再追究其过去的身份。
甲申日，灵州总管杨师道率军攻打突厥，击败敌军。杨师道是杨恭仁的弟弟。
唐高祖下诏征调巴蜀地区的军队，任命赵郡王李孝恭为荆湘道行军总管，李靖代理行军长史，统领十二位总管，从夔州顺流东下；任命庐江王李瑗为荆郢道行军元帅，从襄州出兵，黔州刺史田世康从辰州出兵，黄州总管周法明从夏口出兵，共同攻打萧铣。当月，李孝恭从夔州出发。当时三峡一带江水正涨，各位将领请求等水势回落再进军，李靖说：“兵贵神速。如今我们的军队刚刚集结，萧铣还不知道，如果趁江水上涨，迅速抵达他的城下，趁其不备发动袭击，一定能将他擒获；机不可失！”李孝恭听从了他的建议。
淮安王李神通率领关内军队抵达冀州，与李艺的军队会合。又征调邢州、洺州、相州、魏州、恒州、赵州等州的军队，共计五万多人，在饶阳城南与刘黑闼交战，布阵长达十多里；刘黑闼兵力较少，沿着河堤排成单行阵抵御。恰逢风雪大作，李神通乘风出击，不久风向逆转，李神通大败，士兵、战马和军用物资损失了三分之二。李艺率领军队部署在西侧，攻打高雅贤，将其击败，追击了数里，得知主力部队失利，退守藁城；刘黑闼率军前往攻打，李艺也战败，薛万均、薛万彻兄弟都被俘虏，刘黑闼剪掉他们的头发，驱使他们前行。薛万均兄弟趁机逃回，李艺领兵返回幽州。刘黑闼的军势大振。
唐高祖认为秦王李世民功劳极大，前代的官职都不足以彰显他的功绩，特意设置天策上将一职，地位在王、公之上。冬季十月，任命李世民为天策上将，兼任司徒、陕东道大行台尚书令，增加食邑两万户，同时开设天策府，设置官属；任命齐王李元吉为司空。李世民因天下逐渐平定，在宫城西面开设文学馆，招揽四方文人学士，发布教令，任命王府属官杜如晦、记室房玄龄、虞世南、文学褚亮、姚思廉、主簿李玄道、参军蔡允恭、薛元敬、颜相时、咨议典签苏勖、天策府从事中郎于志宇、军咨祭酒苏世长、记室薛收、仓曹李守素、国子助教陆德明、孔颖达、信都盖文达、宋州总管府户曹许敬宗，均以本官兼任文学馆学士，分为三批，轮流在馆中值宿，供给珍贵的膳食，待遇优厚。李世民在朝拜和处理公务之余，常常前往文学馆，与各位学士讨论经史典籍，有时到深夜才休息。又让库直阎立本为各位学士画像，褚亮撰写赞语，号称“十八学士”。士大夫能够入选的，当时的人称之为“登瀛洲”（比喻登上仙境）。蔡允恭是蔡大宝的侄子；薛元敬是薛收的侄子；颜相时是颜师古的弟弟；阎立本是阎毘的儿子。
当初，杜如晦担任秦王府兵曹参军，不久升任陕州长史。当时秦王府的僚属大多被补任为地方官，李世民对此感到忧虑。房玄龄说：“其他人不值得惋惜，至于杜如晦，是辅佐帝王的人才，大王想要统一天下，非杜如晦不可。”李世民惊讶地说：“如果不是你提醒，我几乎失去了他。”立即上奏朝廷，任命杜如晦为秦王府属官。杜如晦与房玄龄常常跟随李世民征战，在军帐中参与谋划，军中事务繁多，杜如晦分析决断迅速流畅。李世民每次攻破敌军、攻克城池，各位将领都争相抢夺珍宝财物，只有房玄龄招揽人才，将他们招致秦王幕府。对于有勇有谋的将领僚属，房玄龄必定与他们深入结交，让他们为李世民效死力。李世民每次让房玄龄入宫奏事，唐高祖都赞叹说：“玄龄为我儿子陈述事情，即使相隔千里，也如同当面交谈一般。”李玄道曾经侍奉李密，担任记室，李密战败后，他的官属被王世充俘虏，都害怕被杀，整夜无法入睡。只有李玄道起居自若，说：“生死有命，并非忧虑就能避免！”众人都佩服他的见识和气度。
庚寅日，刘黑闼攻陷瀛州，杀死刺史卢士睿。观州百姓扣押刺史雷德备，献城投降刘黑闼。
辛卯日，萧铣的鄂州刺史雷长颖献出鲁山，前来投降。
赵郡王李孝恭率领两千多艘战舰东下，萧铣因江水正涨，毫无防备；李孝恭等人攻克了萧铣的荆门、宜都两个镇，进军至夷陵。萧铣的将领文士弘率领数万精兵驻扎在清江，癸巳日，李孝恭率军击退文士弘，缴获三百多艘战舰，敌军被杀、溺死的数以万计；追击至百里洲，文士弘收兵再战，又被击败，唐军进入北江。萧铣的江州总管盖彦举献出五个州，前来投降。
毛州刺史赵元恺性情严厉急躁，部下无法忍受。丁卯日，毛州百姓董灯明等人作乱，杀了赵元恺，响应刘黑闼。
盛彦师从徐圆朗处逃回。王薄趁机劝说青州、莱州、密州等州，各州均被攻下。
萧铣此前裁军务农，仅留下数千名警卫士兵，得知唐军抵达、文士弘战败后，大为恐惧，仓促征兵，但士兵都在长江、五岭以南，道路遥远险阻，无法迅速集结，于是出动全部现有兵力迎战。李孝恭准备出击，李靖阻止他说：“他们是救援败军的部队，计策并非预先制定，气势无法持久，不如暂且停泊在南岸，暂缓一天进军，他们必定会分兵，有的留守抵御我们，有的返回守卫都城；兵力分散后势力减弱，我们趁他们懈怠时出击，没有不胜的道理。如今如果急于进攻，他们就会合力死战，楚地士兵剽悍勇猛，不易抵挡。”李孝恭不听，留下李靖守卫军营，亲自率领精锐部队出战，果然战败逃走，退往南岸。萧铣的部众丢弃船只，抢夺唐军的军用物资，人人都背负重物，李靖见敌军混乱，下令出兵奋勇出击，大败敌军，乘胜直抵江陵，攻入外城。又攻打水城，攻克该城，缴获大量舟舰，李靖让李孝恭将舟舰全部散入江中。各位将领都说：“击败敌军所缴获的物资，应当加以利用，为何要丢弃来资助敌人？”李靖说：“萧铣的地盘，南至岭南，东至洞庭湖。我们孤军深入，如果攻城未克，萧铣的援兵从四面八方赶来，我们就会腹背受敌，进退两难，即使有舟舰，又有何用？如今丢弃舟舰，让它们顺江而下，援兵看到后，必定认为江陵已经被攻破，不敢轻易进军，会往返侦察，拖延数十天，我们必定能攻克江陵。”萧铣的援兵看到舟舰后，果然疑虑不前。萧铣的交州总管丘和、长史高士廉、司马杜之松等人准备前往江陵朝见，得知萧铣战败，都前往李孝恭处投降。
李孝恭率军包围江陵，萧铣内外隔绝，向中书侍郎岑文本询问对策，岑文本劝萧铣投降。萧铣于是对群臣说：“上天不保佑梁国，我们无法再支撑下去了。如果一定要等到兵力耗尽才投降，百姓就会遭受灾难，何必因为我一个人，让百姓陷入水深火热之中呢！”乙巳日，萧铣用太牢（古代祭祀最高等级，牛、羊、猪三牲齐全）祭祀太庙，下令打开城门投降，守城的士兵都痛哭流涕。萧铣率领群臣穿着丧服、戴着布头巾，前往军营门前投降，说：“应当处死的只有我萧铣一人，百姓无罪，希望不要杀戮掠夺。”李孝恭进入并占据江陵城，各位将领想要大肆抢掠，岑文本劝说李孝恭：“江南的百姓，自隋末以来，饱受暴政之苦，又历经群雄争斗，如今得以存活的，都是战乱后的幸存者，他们踮起脚尖、伸长脖子盼望贤明的君主，因此萧氏君臣、江陵父老才决定归顺，希望能够得以休养生息。如今如果放纵士兵俘虏抢掠，会让士民失望，恐怕从此以南的地区，再也不会有归顺之心了！”李孝恭表示赞同，立即下令禁止抢掠。各位将领又说：“梁国的将帅与官军抵抗战死的，罪行深重，请没收他们的家产，赏赐给将士们。”李靖说：“王者之师，应当先树立道义的名声。他们为自己的君主战死，是忠臣，怎能与叛逆之人同等看待，没收他们的家产呢！”于是江陵城中秩序井然，唐军秋毫无犯。南方的州县得知后，都望风归附。萧铣投降几天后，十多万援兵抵达，得知江陵失守，都放下武器投降。
李孝恭将萧铣送往长安，唐高祖责备他。萧铣说：“隋朝失去天下，天下人共同争夺它。我萧铣没有天命，因此落到这般田地；如果认为我有罪，我无话可说，甘愿受死！”最终在闹市被斩首。唐高祖下诏任命李孝恭为荆州总管；李靖为上柱国，赐爵永康县公，仍让他安抚岭南地区，有权秉承皇帝旨意任命官员。
此前，萧铣派遣黄门侍郎江陵人刘洎攻占岭南地区，夺取了五十多座城池，尚未返回萧铣就战败了，刘洎献出所攻占的城池，前来投降；朝廷任命他为南康州都督府长史。
戊申日，徐圆朗的昌州治中刘善行献出须昌，前来投降。
庚戌日，唐高祖下诏规定，陕东道大行台尚书省从尚书令、仆射到郎中、主事，官阶品级都与京师的尚书省相同，但官员人数略少，山东行台及各州总管府都隶属于陕东道大行台。益州、襄州、山东、淮南、河北等道的尚书令、仆射以下官员，官阶各比京师低一等，官员人数再减少。行台尚书令有权秉承皇帝旨意补任官员。除了秦王、齐王府的官员外，各设置左右六护军府，以及左右亲事帐内府。
闰十月乙卯日，唐高祖前往稷州；己未日，前往武功旧宅；壬戌日，在好畤打猎；乙丑日，在九嵕山打猎；丁卯日，在仲山打猎；戊辰日，在清水谷打猎，随后前往三原；辛未日，前往周氏陂；壬申日，返回长安。
十一月甲申日，唐高祖在圜丘祭祀上天。
杜伏威派遣部将王雄诞攻打李子通，李子通率领精兵驻守独松岭。王雄诞派遣副将陈当率领一千多人，占据高地、凭借险要地势逼近李子通，树立大量旗帜，夜晚则在树上捆绑火把，布满山野沼泽。李子通感到畏惧，烧毁营寨，退守杭州；王雄诞率军追击，在杭州城下再次击败李子通。庚寅日，李子通走投无路，请求投降。杜伏威擒获李子通及其左仆射乐伯通，送往长安；唐高祖赦免了他们。
此前，汪华占据黟县、歙县，称王十多年。王雄诞回军攻打汪华，汪华在新安洞口抵御，士兵装备精良。王雄诞在山谷中埋伏精兵，率领数千名瘦弱士兵进攻汪华的军阵，交战不久就假装战败，退回营寨；汪华率军进攻，未能攻克，恰逢天色已晚，率军返回，此时埋伏的士兵已经占据了新安洞口，汪华无法进入，走投无路，请求投降。
闻人遂安占据昆山，没有百姓归附，杜伏威派遣王雄诞攻打他。王雄诞认为昆山地势险要，难以用武力攻克，于是单人匹马来到城下，向闻人遂安陈述唐朝的声威，晓谕祸福。闻人遂安感动喜悦，率领各位将领出城投降。于是杜伏威完全占据了淮南、江东地区，南至五岭，东至大海。王雄诞因功被任命为歙州总管，赐爵宜春郡公。
壬辰日，林州总管刘旻攻打刘屳成，大败敌军。刘屳成仅以身免，部落全部投降。
李靖越过五岭，派遣使者分路招抚各州，所到之处均被攻下。萧铣的桂州总管李袭志率领所管辖的各州前来投降，赵郡王李孝恭当即任命李袭志为桂州总管，第二年李袭志入朝。朝廷任命李靖为岭南抚慰大使，代理桂州总管，率军攻下九十六个州，获得六十多万户百姓。
壬寅日，刘黑闼攻陷定州，擒获总管李玄通，刘黑闼爱惜他的才能，想任命他为大将，李玄通拒绝。李玄通的旧部下有人送酒肉给他，李玄通说：“各位怜悯我被囚禁受辱，特意送酒肉来安慰我，我当为各位一醉方休。”酒酣之际，李玄通对看守说：“我能舞剑，希望能借我一把刀。”看守给了他一把刀，李玄通舞完剑后，叹息说：“大丈夫蒙受国家厚恩，镇守一方，却不能保全所守之地，还有何面目活在世上！”当即举刀自刎，剖开腹部而死。唐高祖得知后，为他流泪，任命他的儿子李伏护为大将。
庚戌日，杞县人周文举杀了刺史王文矩，献城响应徐圆朗。
幽州发生大饥荒，高开道许诺发放粮食救济。李艺派遣老弱百姓前往高开道处求食，高开道都厚待他们。李艺大喜，于是派遣三千百姓、数百辆车、一千多匹驴马，前往高开道处领取粮食。高开道将他们全部扣留，与李艺断绝关系，再次自称燕王，向北联合突厥，向南与刘黑闼勾结，率军攻打易州，未能攻克，大肆抢掠后离去。又派遣部将谢棱假装向李艺投降，请求派兵接应，李艺出兵响应。军队即将抵达怀戎时，谢棱突然袭击，击败李艺的军队。高开道与突厥联合，多次入侵，恒州、定州、幽州、易州都遭受祸患。
十二月乙卯日，刘黑闼攻陷冀州，杀死刺史麹棱。刘黑闼击败淮安王李神通后，向赵州、魏州发送文书，窦建德的旧部争相杀死唐朝官吏，响应刘黑闼。庚申日，唐高祖派遣右屯卫大将军义安王李孝常率军讨伐刘黑闼。刘黑闼率领数万军队进逼宗城，黎州总管李世积先驻扎在宗城，弃城退守洺州。甲子日，刘黑闼追击李世积等人，击败唐军，杀死五千名步兵，李世积仅以身免。丙寅日，洺州的豪强地主献城响应刘黑闼。刘黑闼在城东南筑坛，祭祀上天和窦建德后入城；十天后，率军攻克相州，擒获刺史房晃，右武卫将军张士贵突围逃走。刘黑闼向南攻取黎州、卫州，半年之内，完全收复了窦建德原来的地盘。又派遣使者向北联合突厥，颉利可汗派遣俟斤宋邪那率领胡人骑兵跟随刘黑闼。右武卫将军秦武通、洺州刺史陈君宾、永宁令程名振都从河北逃回长安。
丁卯日，唐高祖命令秦王李世民、齐王李元吉率军讨伐刘黑闼。
昆弥（即汉朝的昆明国）派遣使者归附唐朝。巂州治中吉驻纬沟通南宁地区，前往昆弥国劝说，昆弥国于是前来投降。
己巳日，刘黑闼攻陷邢州、赵州；庚午日，攻陷魏州，杀死总管潘道毅；辛未日，攻陷莘州。
壬申日，朝廷将宋王李元嘉改封为徐王。