服部平次并不是故意放远山和叶鸽子的，去天满宫查看三上梅介郞的尸体后，他和柯南就正式兵分两路，柯南跟着赤井秀一去找安室透，服部平次负责将从上田芝索之死到现在的事全部穿插起来，跟随高木涉寻找三上梅介郎的同伙线索。
三上梅介郞这个暗线暴露后，许多事情的脉络就自然而然地清晰起来。只要探查他的行动轨迹，和他联络的人自然水落石出。
由于上田夫妇的尸体在众目睽睽下出现在船御渡仪式上，政府高层对此事高度重视，给高木涉开了一路绿灯，从前问口供多少需要扯皮的企业今天嘴快到恨不得把自己祖宗十八代都讲一遍。也拜他们所赐，服部平次很快就摸到了三上梅介郞背后的保护伞。
和景亚盛，霓虹自由民主党议员，将参加下一届国\/会竞选，三上梅介郞背后的“新兴教派”是为他提供竞\/选资金的“大头”。服部平次找到他时，他脸色灰败，显然已经预测到了天神祭过后自己惨淡的未来。
“不是我指使的，我没有想过他们会丧心病狂到在地铁隧道里放炸弹。”和景亚盛喝得酩酊大醉：“上田家的事是被我压下去的，但我从来没有为那个教派提供过任何武器。”
“和景亚盛没有说谎。”一位家里有背景的警部补说道：“那些教派拉拢政府官员最多就是进行一些钱色交易，任何有脑子的官员在1995年后都不会提供任何武器支持，更何况是tNt，他们一定还有其他合作者。”
“茉莉，那个女人叫茉莉。”和景亚盛颓丧道：“她的身手非常好，可以说是万里挑一的那种好，而且对欲望很坦诚，比日本女人开放得多。”
“我想起来了，那天我和她......之后，她到我的书房拓印了什么东西，但我当时已经很累，看了一眼就睡着了。”和景亚盛懊悔不已：“如果她真的偷了一些重要的东西，恐怕那群人的目标不只有地铁隧道。”
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“你手下一共有两名战力非同一般的保镖，或者是职业杀手。”柯南伸出两根手指：“这两个人，分别杀死了杉本苍和雨宫一家，共同制造了雨宫灭门案。”
“三上梅介郞死后，我一直想不通。如果只是为了掩盖浅井芳子小姐烧毁神轿那晚听到的交\/合声，真的有必要杀掉雨宫一家人吗？
“我认为，杉本苍真实的死因是他以为自己听的是宫司佐川先生的命令，实际却是三上梅介郞打着宫司的名义让他办了些见不得光的事。为了杜绝宫司和杉本苍‘对账’，干脆一劳永逸，顺带刺激一下宫司，让他进一步针对上田家。”
“其实，即使没有上田家，狂热如涉良女士那样的人还有不少，你们并不缺少愿意为‘主’奉献生命的疯子。只不过上田芝索的意外更方便利用，更容易勾起民众的情绪罢了。毕竟，让民众对传统宗教失去信任，正是‘新兴教派’的目标之一不是吗？”
柯南的瞳孔呈现出一种亮得灼人的蓝色：“上田芝索只有八岁，太过复杂的对话他根本不可能听懂，更无谓害怕地跑出去不小心撞死。但谁说一定是‘听到’呢？有没有可能，他是看到了什么？”
“比如，被毒\/\/\/气杀死的动物？”
柯南从手机里调出那张最开始被认为是情书的信笺：“打消掉先入为主的印象后，我发现这张信笺其实是一个密文。”
“君は私にとって毒のようだ（你对我来说像是毒\/药）”，“君の身上の香りに魅了されている（你的气息令我着迷）”
“这两句话其实是在说，你们准备了毒\/\/\/气，”柯南目光发冷，这一刻他对面前这个人的厌恶甚至超过了组织：“下一句，拥挤的人潮，暗指策划踩踏事故。所以，到底为什么？”
柯南气得手都微微发抖：“为什么要策划杀掉这么多对你无冤无仇的人！”
上元司一郎拍了拍手：“你很厉害，小朋友。”
“这样的你，让我想起了另一个聪明到令人厌恶的人，但他比你强的地方就在于，他从不问为什么。”
上元司一郎举起手枪瞄准柯南：“你以为我不知道你在拖延时间吗？很可惜，我也在拖延时间。”
“不想让我太得意，也不想让我太不得意......呵呵，我终于明白这句话的意思了。”
“要不要往下看一看？以现在的局势，没有任何一个警察能够腾出手来管你。”
柯南的心跳停滞了，他好像听到了服部平次悲痛的喊叫声，他想扑过去看一看，可比他更快一步的是上元司一郎的手枪。
“砰——”这一枪落空。
“砰——”这一枪打中了柯南的掩体。
“砰——”这一枪，打入了柯南的腹部。
血液从口中喷溅而出，柯南瞳孔紧缩，却无力反抗。
小孩子的身体比成年人更脆弱，柯南很快连伤口都没有力气捂住，意识渐渐模糊。
咦......那把枪里，只有三颗子弹吗？那个人为什么没有再补刀？
彻底陷入昏迷前，柯南隐隐约约听到了半高跟踏在天台石板上的清脆声音。