星澜船长与暗影族首领握手之后，和平协议的落实成为了双方工作的重中之重。双方迅速启动了联合执行团队，负责监督和推进各项条款的实施。
在科技共享领域，联合科研团队在初期便遭遇了重重困难。星界联盟提供的部分基础核心科技虽非军事用途，但在暗影族的科技体系中却难以兼容。双方的科学家们不得不花费大量时间去研究接口与适配问题，期间争论不断。暗影族的科学家更倾向于追求高效与快速的成果转化，而星界联盟的科学家则强调稳定性和安全性的测试。经过数月的艰苦努力，他们才初步建立起一套可行的科技融合框架，成功将星界的新能源转换技术与暗影族的生态修复技术相结合，在一片废弃星球上开展了试点项目，取得了令人鼓舞的成果，这才让双方的信任稍有增进。
贸易与交流区域的建设也并非一帆风顺。在贸易规则制定上，双方就税收比例问题僵持不下。暗影族由于资源相对匮乏，希望通过较高的出口税来获取更多利益，而星界联盟则担心这会抑制贸易活力。最终，经过复杂的经济模型测算和多轮谈判，确定了根据商品种类和稀缺性动态调整税收的机制。在人员往来限制方面，暗影族对星界联盟一些种族的精神力能力心存忌惮，担心被用于情报窃取等不当行为，星界联盟则以严格的精神力使用监管法规作为回应，并同意双方在交流区域内共同设立精神力监测站，才化解了这一危机。
军事互信机制的建立面临着巨大挑战。暗影族领地周边星区环境复杂，星界联盟在进行军事力量通报时，难以做到完全精准的探测与数据汇总，这引发了暗影族的猜疑。星界联盟不得不投入大量资源升级军事监测设备，并邀请暗影族军事专家参与监督系统的设计与评估。而暗影族在军事视察过程中，其军事装备的一些特殊能量波动被星界联盟误判为攻击性信号，险些引发冲突，后经双方军事技术人员深入交流与解释，才避免了矛盾升级。
文化交流活动逐渐展开，却也出现了不少摩擦。星界的文化展览在暗影族领地举办时，一些展示生物文化的活体生物因环境差异出现不适甚至死亡，被暗影族视为对生命的不尊重，星界联盟急忙道歉并改进展览环境调控技术。暗影族的艺术表演在星界联盟某些星球上，因表演风格过于神秘压抑，观众寥寥，甚至被一些民众误解为带有恶意的精神暗示，暗影族不得不调整表演形式，融入更多积极元素。
然而，随着时间的推移，双方在不断解决问题的过程中逐渐加深了理解。科技共享带来了双方科技水平的共同提升，贸易与交流区域日益繁荣，军事互信让边境紧张局势大幅缓解，文化交流也让双方民众对彼此有了全新的认识。星界联盟与暗影族开始意识到，和平并非一蹴而就，而是在不断的磨合与共进中逐渐稳固。