南宋嘉泰元年（1201年），济公和尚到净慈寺，拜该寺第二十代住持德辉禅师为师，升座为书记（即佛寺西序六头首之二，负责文翰事务），僧俗四众称之为“济书记”。
嘉泰四年（1204年），净慈寺毁于大火，德辉禅师亦圆寂于火中。为了重建净慈寺，济公化缘筹备木材重建净慈寺。
净慈寺重建之后，虽然有比丘僧人住持，但是都为时不长。于是，济公和尚又撰文《致少林长老书》，称净慈寺“欲再成庄严圣地，须仰仗本色高人”，“敬致一函，求作禅林之主”。不久，少林妙崧至杭出任该寺第二十九代住持。人称“住持得人，名蓝有光”，皆出自济公的功德。
道济于宋嘉定二年（1209年）五月十六日这日在灵隐寺对长老住持说道：“弟子今天要回去了，劳烦住持到时将我入殓火化。”
灵隐寺的长老听说了，答应了济公的要求。于是济公和尚就盘腿而坐，念了几句佛号就身体僵着不动了。长老和一些和尚弟子摸了摸济公的手腕处，发觉已经没有脉搏了。断然已经气绝身亡—佛教称为圆寂。据说得年六十或是七十八，或者是按照他出家的时候僧腊算起来。
济公显现圆寂，他在临终前曾作一偈云：六十年来狼籍，东壁打到西壁。如今收拾归来，依旧水连天碧。
众僧将济公和尚的法体入龛，济公和尚的一些弟子和曾经受济公帮助的善男信女皆来灵隐寺悼念哭泣济公和尚。
济公和尚圆寂后的第四天，众僧建水陆道场法会，为其助增功德，选八月十六日出丧。
到了那天，众人将龛开启，鼓乐声响，将济公和尚法体送到虎跑山处。
僧人中的长老对济公和尚的法体面前说道：“道济多年以来，虽不守戒律，但扶危济困，多做功德，临圆寂之时，坐脱立化，留辞偈，出凡入圣之流。”
说罢，那长老持火然后将济公和尚其法体火化。
火中显现的舍利子登时如雨点之多，五彩缤纷，闪耀至极。
过了一会有个从少林寺来的僧人松林带来了一封信交给灵隐寺的长老。
长老打开一看，那信居然是一个月前济公写的，还有一对草鞋。而济公明明三个月前就圆寂了。长老叹道：“大成就之罗汉菩萨之境界，非凡夫可测量也。”
信中，济公交代灵隐寺安置这个僧人，这个僧人品德武功高超，在少林寺恐有人害，让灵隐寺长老让他先借住挂单在灵隐寺一段时间。
济公和尚其法体归葬虎跑山处。遗有《镌峰语录》10卷、偈语榜文14篇。
济公和尚留下来的自述，曰：
“南屏山净慈寺书记僧道济，幼生宦室，长入空门，宿慧神通三昧，今修语具辨才。理参无上，妙用不穷。云居罗汉，唯有点头；秦州石佛，自难夸口。卖响卜也吃得饭，打口鼓侭觅得钱。倔强赛过德州人，跷蹊压倒天下汉。尼姑寺里讲禅机，人俱笑我颠倒；娼妓家中说因果，我却自认风狂。唱小词，声声般若；饮美酒，碗碗曹溪。坐不过，禅床上翻筋斗；戒难持，钵盂内供养屠儿。袈裟当于卢妇，尽知好酒颠僧；禅仗打倒庞婆，共道风流和尚。醉昏昏，偏有清头；忙碌碌，的无拘束。欲加其罪，和尚易欺；但不犯法，宣威难逞。请看佛面，稍动慈悲；拿出人心，从宽发落。今蒙取供，所供是实。”
济公和尚乃是罗汉之身，虽然显示圆寂，其实并没有入灭。只是打算以后掩藏身份，好方便以后云游四海，普度众生，以弘扬大乘佛法于人间。他决定了要只身经历宋代百年之后的历史风云变化，尽心尽力救度教化世间人。
南宋嘉定二年（1209年）。这一年，金朝入侵南宋，但是在四川地区遭到了南宋军队的顽强抵抗，济公和尚去当游方郎中，帮助宋朝的军队的士兵治伤，并且帮忙出谋划策，最终让金朝撤军。
嘉定三年（1210）正月，大宋朝廷下令招抚流亡饥民为“盗”者。当时连年干旱、蝗灾，人民百姓食不给己，饥民到处流离失所，经常群起掠食，而官府视之为“盗”。
大宋朝廷忧惧会激起民变，下诏戒谕盐司、守令切实做好招抚工作。黎州蛮攻相岭寨嘉定三年（1210）二月，黎州（今四川汉源南）蛮畜卜自良溪寨用皮船渡河，攻相岭寨。宋朝统领官董畑率兵一百余自寨后突击，蛮众登堡子城，官军追逐不舍。自晨至晚，奔逃苦战一日，蛮众不得进食，遂逃向河岸西汉人聚居地。当地土丁欲趁其饥困会剿，而董炤担心土丁分其功，不许土丁采取行动。结果，蛮众援军星夜赶至，天明再战，董火召军败退，蛮众乃收兵而去。