随着内廷人员大量减少，内廷二十四衙门的部门相继合署办公。
朱由校撤销内廷二十四衙门编制，成立皇家办公厅和皇家内务部，天启元年正式执行。
皇家办公厅对皇帝负责，下设秘书处、特勤处、人事处、财务处。曹化淳担任办公厅厅长、刘若愚担任秘书处处长、程冲斗担任特勤处处长、王承恩担任人事处处长、王冰温担任财务处处长。
司礼监、尚宝监、印绶监的部分职责合并至秘书处，秘书处负责协助皇帝处理政务、对外联络、管理玉玺、印绶等。
御马监、司设监、都知监的部分职责合并至特勤处，特勤处负责紫禁城安全保卫、皇帝及皇室成员安全保卫、皇帝出行安全保卫及礼仪、办理皇帝交待的秘密任务和情侦事务。
特勤1师整编到特勤处，编制3个特勤队，每队4000人。其中一个为女子特勤队。女子特勤队负责内廷安保护卫。
特勤队统一着文职人员的中装，配置热兵器，但热兵器平时集中管理。平时在紫禁城执勤时，仅携带长刀、盾牌。紧急情况或出外勤任务时配带热兵器。
皇帝出行礼仪除了重大仪式时，采用隆重的銮舆。其它时候礼仪简化，乘坐外观普通不醒目的四轮马车。但四轮马车内部为特制型号，安全措施升级，算是大明版的防弹马车。
一般出行时，不清场不开道，几辆外观一样普通的马车同行。特勤处另外安排隐蔽的安保措施，尽量不扰民。皇帝随意选择乘坐的马车，让外界看不出皇帝坐在哪辆马车里，防止刺客精准刺杀。
人事处负责内廷工作人员选拔、任用、考核、晋升、奖惩等管理。财务处负责皇帝私人的资金财产、库房、皇庄等产业管理。
内务部对皇后负责，下设财务处、文教处、物管处、膳食处、御用处。
财务处负责内务部的往来资金、库房管理。
钟鼓司的部分职责合并至文教处，文教处负责皇室子女、后宫嫔妃的礼仪、修养、文化、艺术的教育学习以及内廷工作人员的教育培训，定期组织文化艺体娱乐活动。
内官监、神官监、直殿监、浣衣局、混堂司的部分职责合并至物管处，物管处负责宫殿、房舍、市政设施的管理、维修维护以及清洁卫生。
尚膳监的职责合并至膳食处，膳食处负责皇帝以及内廷工作人员的饮食制作。后宫嫔妃、皇室成员均自备厨房自行开伙，厨师由膳食处派遣。
内廷工作人员除贴身伺候皇帝、后宫嫔妃、皇室成员的工作人员跟随主子吃饭外，其它内廷工作人员全部至膳食处的集体食堂就餐，不允许自行开伙。
御用监、尚衣监、兵仗局、针工局、巾帽局、内织染局、银作局、惜薪司、宝钞司、酒醋面局、御酒房、司苑局的部分职责合并至御用处，御用处负责对外采买、定制内廷所需的食材、衣物等日用百货。
为杜绝浪费，御用处在内廷建立御用超市。后宫嫔妃、皇室成员、内廷工作人员无论需要什么物资都可在御用超市采买定制。但需要自掏腰包付费，价格按照成本价定价，明码实价。
后宫嫔妃、皇室成员不包含各种赏赐，每人每年有最低600银元的生活费，完全能够满足富足的日常生活开支。
西苑玉熙宫暂时作为皇家办公厅、皇家内务部的办公所在地。内廷整肃重组不仅解决了外派太监宫女乱政扰民、抹黑皇家的问题，还大大节约了皇室开支，为百官和天下树立起节俭的榜样。
紫禁城的保密制度也得以全面贯彻执行，内部消息密不透风，皇室的安全将得到根本的保障。
皇家卫队总参谋部、总政治部按照从重从严从快惩处军队违法犯罪的原则，按照兵在精而不在多，将在谋而不在勇的原则，编制出大明军队整肃整编整训条例，经朱由校审查调整后，开始全面颁布执行。
大明军队整肃整编整训条例对于违法犯罪情节较轻的，十倍罚没违法所得。签订认罪书后，予以释放回家。
对于吃空饷、卖官鬻爵、贪污腐败、挪用盗取军队财物、玩忽职守、滥用职权、徇私舞弊，渎职失职、虐待士兵、残害忠良、祸害百姓、贪生怕死、避战畏战、临阵脱逃的和其它违法乱纪的官兵。
情节严重的抄没家产后，判决3年至20年有期徒刑，押送至矿场劳动改造。
情节特别严重的抄没家产后，判决无期徒刑，押送至矿场劳动改造。
渎职失职造成军队巨大损失的、罪大恶极涉及人命和通敌卖国的，没收全部家产，执行死刑。
朱由校作为21世纪的现代人，废除了凌迟、腰斩、砍头、枪毙这些血淋淋的死刑，采用绞刑，给罪犯留个全尸。
军队违法犯罪分子整肃后，对于没有违法犯罪行为的官兵，16至24岁的基层士兵，根据自愿原则，愿意从军的，经过甑选，编入皇家卫队，进行整编整训，享受皇家卫队同等待遇。
老弱病残以及不愿意继续从军的官兵，遣返原籍或就地安置为民。根据从军年限，一次性发放不低于一年饷银的退伍费。从军年限每增加一年增加一个月饷银的退伍费，不足一年按照一年计算。为奖励这些人对大明朝廷的贡献，特赦其军户改民户。
其它人员全部整编为工程兵，军户改民户，加入中华建筑的建设大军，为大明的基础建设再立新功。待遇同中华建筑民工。
百户以上的军官，年龄40岁以上的，予以转业，由籍贯所在地相关单位安置工作。年龄60岁以上的，光荣退休，每月按照在职时工资标准的50%发放退休金，直至终老。对于年龄超限，又特别优秀、军队特别需要的，经皇家卫队总参谋部批准后留用。
四卫营和勇士营经过整肃，花名册编制4800人，实际人数基本一致。
按照军队整肃整编整训条例，约300名违法犯罪人员被严厉惩处，以镇远侯顾大礼、安远侯柳祚昌、阳武侯薛濂、怀宁侯孙承荫为首的约30人被判处绞刑。
通过四卫营和勇士营的整肃，抄没家产现银约120万银元，房产、珠宝、古玩字画等资产价值约60万银元，土地约5万亩。大部分抄没来自2名勋贵。
锦衣卫和东厂经过整肃，锦衣卫南镇抚司全体锦衣卫以及外派的所有锦衣卫回京，花名册编制约6万人，实际人数约4万人。
按照军队整肃整编整训条例，约2万名违法犯罪人员被严厉惩处，骆思恭、许浩然、周应乾、王应元、杨汝敏、许浚祥、杨光夔、侯昌国、王应元、张懋忠、陈居恭、万邦孚、田尔耕、叶世、周显祚、覃恩、王世盛、陈承顺、陈焕章、史世载、邢元吉、沈光裕、徐本高、吴尧年、周显祚、刘侨、崔应元、梁慈、李世忠、李不矜、许显纯、孙云鹤、杨寰、赵泗洲、王鹏翀、乔可用、孙光、刘应袭、马国瑊、齐昌国、梁清宏、吴邦辅等约4000人被判处绞刑。
锦衣卫和东厂一半官兵涉案，真是烂到根子里去了。
大部分情节严重，巧取豪夺、贪赃枉法、草菅人命，触目惊心，吃空饷与这些违法案件相比已经不值一提，必须处以极刑。
通过锦衣卫和东厂的整肃，抄没家产现银约1000万银元，房产、珠宝、古玩字画等资产价值约500万银元，土地约200万亩。