泰昌元年11月中旬。
外派的绝大部分太监宫女，除了极少数犯罪逃逸外，均陆续回宫。
王朝用、刘应坤、王朝辅、凃文辅、孙进、王国泰、石元雅阉党太监回到京城，立即成了魏进忠的爪牙。
刘若愚、曹化淳编制出内廷整肃管理条例，经朱由校审查调整后，开始全面颁布执行。
内廷整肃管理条例对于违法犯罪情节较轻的，十倍罚没违法所得。签订认罪书后，予以释放，逐出宫廷。
对于滥用职权、徇私舞弊、贪污腐败、挪用盗取宫里财物、渎职失职、残害忠良、祸害百姓、勾结朝臣、出卖宫廷秘密的和其它违法乱纪的太监宫女。
情节严重的抄没家产后，判决3年至20年有期徒刑，押送至矿场劳动改造。
情节特别严重的抄没家产后，判决无期徒刑，押送至矿场劳动改造。
渎职失职造成朝廷巨大损失的、罪大恶极涉及人命和通敌卖国的，没收全部家产，执行死刑。死刑犯人采用绞刑，给罪犯留个全尸。
经审查没有违法犯罪的太监宫女，凡是年满20岁以上的太监宫女，发放路费，遣返回家。回家后，由籍贯所在地相关单位安置工作。
无家可归或不愿意回家的，太监由中华建筑统一安置，从事工程建设。宫女安置到纺织厂、服装厂、食品厂等单位工作。
皇宫的宫女配备标准，未生育的年轻妃嫔原则上不予配备宫女，年长身体有恙的妃嫔配备宫女1人，生育皇子公主的妃嫔配备宫女1人，皇子公主各配备宫女1人，皇后、皇太后各配备宫女4人，皇帝配备宫女8人。除了皇帝身边配备太监，其它人等一律不再配备太监，太监集中统一安排工作。
宫女太监每3年选拔一次，宫女作为皇家近侍，非常特殊又非常重要的职务，必须是年满13岁、身世清白、品行端正、容貌美丽、能够吃苦耐劳的女孩。
通过选拔的女孩，先进入宫女学校接受为期3年的学习培训。学习期满考核合格，根据成绩分配岗位。
宫女任期两届，每届5年。任职满5年可申请离职出宫，最多任职10年。期满后必须出宫，不愿回家的，朝廷安排其它工作。
凡是入选的宫女，进入宫女学校学习，即享受宫女学员的待遇。学习期满分配岗位后，宫女享受正八品官员福利待遇。
宫女学员的直系亲属，父母兄弟姐妹全部跟随入京安置，由内廷安排相应工作，接受相关部门照顾和监督。防止有心人利用宫女直系亲属要挟宫女违法乱纪。
太监作为皇家近侍，非常特殊又非常重要的职务，必须是年满13岁、身世清白、生殖功能有问题的孤儿。通过选拔的孤儿，先进入内官学校接受为期3年的学习培训。
太监任期2届，每届5年。任职满5年可申请离职出宫，最多任职10年。期满后必须出宫，不愿回家的，朝廷安排其它工作。
恶意制造孤儿以期成为太监的、民间私自阉割的，一经发现，从重从严惩处。民间私自阉割的太监不得选拔进宫。太监实在是不人道，必须取缔太监这个职业。内廷工作人员以宫女为主。
后宫先帝的嫔妃们根据自愿的原则，可自主选择留在宫里还是出宫居住。
凡是出宫居住的，可选择在全国任意地方居住，有子女的可选择追随子女。凡是出宫居住的，由皇家给予一次性1万银元的住房补助、安家补助，折合人民币500万元，另外每月由皇家按照嫔妃等级给予每年最低等级600银元的生活费，直到过世。
出宫前必须签订保密协议，不得将宫里的事情对外透露，否则经济处罚。愿意再嫁的再嫁，皇家默认。东厂派人暗中给予保护和监视。
先帝的女人们一入宫门深似海，为先帝奉献了大好的青春。放她们出宫，一次性补助500万，每月给予不菲的生活费，让她们富贵幸福的过好下半辈子，作为先帝的女人，这也是她们应当得到的。
内廷经过两个多月的整肃审查，审查完毕。
大明皇宫太监约人，宫女约9000人，外派的太监、宫女约3000人，共计人左右。《清实录圣祖实录》中紫禁城有太监十万，宫女九千，这个说法纯粹是政治需要，抹黑大明。
按照内廷整肃管理条例，约4000名违法犯罪太监宫女被严厉惩处。
王安、黄钧庭、崔文升、卢受、邹义、李恩、梁栋、宋晋、沈荫、杜茂、高寀、高淮、杨荣、陈增、陈奉、常云、马鉴、师明、苗全、李永贞、刘应坤、邱承云、张彝宪、韩赞周、高起潜、王德化、陈德润、王之心、栗宗周、王之俊、卢九德、杜勋、李国辅、沈良、杨泽、王应朝、王坤、刘文忠、刘允中、吕直、陈大金、阎思印、谢文举、孙茂霖、许进忠、孙元斌、杨进、张云汉、邓希诏、张升、丁绍吕、许秉彝、李明道、金良辅、李承尧、苏若霖、李实、马谦、李茂春、田诏、姚进忠、李进忠、赵进忠、王永福、郑稳山、刘尚礼、姜昇、卢国相、刘逊、陈应科、刘忠、张烨、马堂、胡滨、潘相、范通、孙相、陈尧臣、孙惟贤、陈忠、曹应魁、徐贵、屈进忠、王进、王添爵、刘尚忠、齐进忠、杨恩、钱寿、赵昇、王受、梁运、李凤、王宗、李实、刘克敬、内帑库太监王虎、丙字库太监高洪、苏杭织造太监李实、凤阳守备太监刘镇等约400名太监宫女被判处绞刑。
通过内廷整肃，抄没家产现银约200万银元，房产、珠宝、古玩字画等资产价值约100万银元，土地约40万亩。
约名年满20岁以上的太监宫女被裁减出宫。其中少部分回籍贯所在地投亲靠友，大部分人被安置到中华建筑、纺织厂、服装厂、食品厂等单位工作。
约4000名20岁以下太监宫女，进行严格政审甑选后，最终仅留用了50名太监和200名宫女，皇城内一下子清静了不少。
未被留用的太监宫女全部送入医学院，学习医护知识，壮大医疗队伍。
留用的太监宫女祖上三代、所有亲戚、朋友以及经历都被仔细的审查了一遍。
经过政审甑选留用的太监宫女，政治思想过硬，对皇室忠心耿耿，办事能力较强，形象端正。皇宫进一步加强保密制度管理，做到针插不进，水泼不透。经过整肃，皇宫的各方面安全终于得到彻底解决。
方正化、马文科、马鲸、李廷弼、贾如皋、刘朝、田忠、宋天显、王家栋、徐养民、张行素、褚宪章、李凤翔、严弘等50名甲申国变时为国殉难的忠勇太监，被朱由校特批留用。
方正化字允和，生于1603年，山东人，东方不败的原型。关于方正化的生年，只有《方公传》一文提到“天启时，年十七，选侍内廷”。
甲申国变时，崇祯皇帝吊死煤山。远在保定的方正化并不知情，同保定府同知邵宗元死守孤城。
李自成付出很大代价才攻克了保定府，邵宗元、都指挥刘忠嗣、光禄寺少卿张罗彦、武进士张罗辅、进士张罗俊、举人张翚以死殉国。
方正化在城破之际提刀亲上战场砍杀数十名农民军，最后被农民军围攻砍杀。当时在保定的大明最后一个内阁首辅李建泰先投降李自成后又投降八旗。
两相对比，李自成十分钦佩方正化的忠勇，特意命人保护好方正化尸体，后来在安葬王承恩时，一同将他与王承恩安葬在了崇祯陵寝外面，让两人在死后还能继续守护崇祯。满清时期，还得到了顺治、康熙亲自祭奠。
朱由校安排方正化与程冲斗等人切磋了一下功夫，17岁的方正化功夫居然与程冲斗不相上下，真是厉害。朱由校安排方正化加入特勤1师，随侍身边。
先帝嫔妃制度出台后，先帝的嫔妃们绝大部分选择出宫居住，对朱由校感激涕零，有着急的已经办理出宫居住手续，大部分计划春节后出宫投亲靠友。
先帝嫔妃制度出台，让很多宫女想入非非，因为只要和皇帝睡一觉，这辈子就荣华富贵、衣食无忧。这一点倒是没有想到。