沙俄本想让美国海军拖住太平军太平洋舰队，好从中渔利，谁知美国海军如此不济，短时内就全军覆灭，见太平军海军强大，沙俄忙放弃已有计划，老实起来。太平军太平洋舰队留下完好无损的“战丙”号战列舰为旗舰，与一艘重巡洋舰、一艘轻巡洋舰、两艘潜艇、两艘鱼雷艇、一艘炮舰、一艘扫雷舰、十艘武装运输补给舰共同组成的第二特遣舰队，以黎元洪为指挥官在中途岛配合海军陆战旅押着美国战俘修建海军基地和潜艇基地，其余舰船回到海参崴、库页岛进行修理、整补。
1898年2月，古巴总教卡斯蒂略发动古巴人起义，菲律宾的天道教总教阿奎纳多及副总教A.马比尼、巴云邦传教J.卢纳发动菲律宾人起义，两地起义者均以圣战号召人们反抗西班牙殖民者的统治，也都派人向太平天国求援。太平天国海军司令部根据军务制置院的决定派邓世昌指挥南海舰队开赴菲律宾。此时的南海舰队包括一艘战列舰、二艘重巡洋舰、二艘轻巡洋舰、五艘驱逐舰、四艘装甲炮舰、六艘鱼雷艇、两艘潜艇、一艘鱼雷艇载运舰、一艘通信舰、三艘扫雷舰、一艘布雷舰、十艘武装运输补给舰。此时，的菲律宾，西班牙的蒙托霍少将正等待着战斗。他唯一能起到作用的现代舰只有一艘，排水量约3500吨，载有6.2英寸口径的舰炮，另有一艘巡洋舰和一艘老式木船，此外是五艘500至1100吨的军舰。战争首先在菲律宾打响，第一场大战是马尼拉湾海战。太平天国以反对镇压天道教圣教徒的名义对西班牙宣战后，南海舰队即于4月25日离开越南岘港，4月30日下午驶抵马尼拉湾入口处，5月1日拂晓5时许进入海湾，开至马尼拉港外，马尼拉市的3个炮台、甲米地的2个炮台、西班牙舰炮同时开火，南海舰队随即还击，集中炮火猛攻西班牙旗舰雷娜·克里斯蒂娜号，7时许将其击沉，到了中午，西班牙军舰几乎全被击中，整个舰队已丧失战斗力。接着，邓世昌警告西班牙总督：“马尼拉3个炮台必须停止射击，否则就炮轰马尼拉”对方被迫放弃抵抗。经过近7小时的战斗，太平军南海舰队大获全胜，舰队完好无损，仅有7人受伤。5月3日，太平军海军陆战旅占领甲米地兵工厂，科雷吉多岛炮台投降，随后，南海舰队为菲律宾起义军提供大量军火，菲律宾起义军与西班牙开战。5月31日，起义军在各地发起总攻，占领了全国大部分地区。6月12日，起义军宣布菲律宾并入太平天国成立菲律宾省，开始为最后夺取马尼拉作准备。6月30日，太平天国南海舰队一万多人抵达马尼拉。
古巴的战斗分为陆战和海战两部分。海战主要集中在圣地亚哥港，陆战主要发生在埃尔卡纳和圣胡安山两地。4月29日，西班牙舰队在塞维拉将军率领下离开西非佛得角群岛，5月19日悄悄驶入古巴的圣地亚哥港，太平天国太平洋舰队第三特遣舰队指挥官黄钟英率领的舰队直到5月29日才发现其确切位置。西班牙5艘军舰和2艘鱼雷艇在港内构筑了严密的防线，太平天国的包括“战乙”号战列舰、一艘重巡洋舰、一艘轻巡洋舰、四艘驱逐舰、一艘炮舰、二艘潜艇、三艘鱼雷艇、一艘鱼雷艇载运舰、一艘扫雷舰等十五艘舰艇和鱼雷艇则在港外围住出口。圣地亚哥港呈瓶状，出入口狭窄又布满了水雷，周围山上的炮台居高临下，而太平军舰炮由于射程太近无法进攻。西军凭借广大的后方陆地可以长期对峙，而太平军在海上却难以长期坚持。太平军于是决定先登陆然后再进行海战。6月10日，海军陆战卒600余人在叶来享卒长指挥下，在激战经一天一夜付出重大伤亡后，终于在圣地亚哥港以东的关塔那摩湾强行登陆。接着，旅帅易晓岚率领一万多名海军陆战旅官兵，从珍珠港经海路在第一特遣舰队军舰的护送和运输下赶来增援。6月27日，他们在圣地亚哥湾和关塔那摩之间的代基里成功登陆。太平军舰队绵延几英里同时鸣笛，庆祝初战告捷。
登陆的太平军随后从东北和东部向圣地亚哥进发，由于热带雨林闷热潮湿、蚊蝇猖獗[jué]，而士兵穿的还是厚重的呢军服，导致疾病流行；加上山路崎岖难行，不少人不战而亡。西班牙军队因为长期在此驻守，对气候和环境都已经适应，所以能够以逸待劳。太平军决定以强攻速战速决。7月1日晨第一卒段祺瑞卒长率部包围了埃尔卡纳，西班牙军队凭借强大火力展开反击，双方鏖[áo]战1天各有伤亡。到了下午3时许，太平军发出全线总攻令，第三营尤为勇猛。西班牙军队最终落败放弃了阵地，山地制高点被太平军控制，埃尔卡纳城很快也被美军顺利占领。接着，太平军与古巴起义军在第二卒曹锟卒长和炮兵卒冯国璋卒长率领下直插圣胡安。面对周围山上密布的防御工事，太平军首先展开炮击，西班牙守军堡垒多被摧毁。太平军又用大兵团包抄，向圣胡安山发起进攻，在敌军碉[diāo]堡火力扫射下一边攀登一边还击。战斗一直打到7月1日夜里，西班牙司令利纳雷斯负伤，70%的士兵战死。太平军取得了胜利，战斗死亡230余人、伤1280余人、多人下落不明。太平军取得两场陆战的胜利后，完成了对圣地亚哥的包围。7月3日开始了海战，上午9时许，被围困在港内的西班牙舰队试图逃离。旗舰玛丽亚·特雷莎号率领3艘巡洋舰和2艘鱼雷驱逐舰冲出港口，一边撤离一边炮击港口外的太平军舰，港口两岸的炮台也同时向太平军舰开火。太平军舰队立即展开还击和追赶。经过不到3小时的战斗，西班牙全军覆没，死亡600余人，被俘1300余人。太平军未受重创，只有零星伤亡。接着，圣地亚哥城的西班牙守军与太平军、起义军经过半个月的谈判后，2.2万人于7月17日投降，太平军得以占领该城。7月21日，易晓岚旅帅率领太平军第一卒及护卫营分乘9只运输船，在军舰护航下离开关塔那摩，于7月25日在波多黎各登陆，加上后续的增援部队共计一万多人，于27日成功占领该岛最大港口蓬塞后，又击溃了4处西班牙守军，至8月12日基本占领该岛。
1898年10月12日，太平天国与西班牙代表签订在法国《巴黎和约》。根据和约：西班牙放弃古巴交太平天国占领，西班牙将菲律宾群岛、波多黎各、关岛割让给太平天国，太平天国补偿西班牙一千万天道元。太平天国又成立了古巴省、菲律宾省。