1000多年前玛雅人就已在村落定居，发展玉米、豆类和南瓜的栽培为基础的原始农业。公元前600年，开始种植木薯，兴建宗教仪式中心。到了公元200年左右，这些中心发展为有神殿、金字塔、宫殿、球场和广场的城市。
玛雅文明可以说是充分继承了奥尔梅克文明的衣钵，玛雅文明虽然诞生和发展较晚，仅仅处于新石器时代，但是玛雅文明在天文、数学、农业、艺术及文字等方面都有很高的成就。
古代玛雅人大量开采建筑用石材（通常是石灰岩），使用燧石之类更坚硬的石器切割石材，用于制造一些耐用的建筑材料。主要实施刀耕火种的农业，采用进步的灌溉和梯田耕作技术。更是发展了一套象形文字系统和非常精密的历法及天文体系。
玛雅人在文化上更有惊人的成就。玛雅人使用野生无花果树皮内层造纸，并将象形文字书写于这种纸做的书籍。字用毛笔蘸颜料写在树皮纸上。字体可怪啦，是一种“象形文字”。那是一个个方形图案符号。有的象人脸，有的象石头块，有的弯弯绕绕，什么也不象。还有些是点点横横。那上面记的是神话、祈祷文、历史和诗歌。至今还残存的石碑、陶器、骨器上，也刻有同样的象形文字。在印第安人中，玛雅人首先发明文字，托尔特克人和阿兹特克人继承和发展了文字，发展出繁复优美的雕刻和浮雕传统。建筑工程、石头碑铭和浮雕是了解古玛雅人的主要知识来源。
玛雅人的历法也是相当精确的，他们创造了太阳历，定每年为三百六十五天，分为十八个月，每月二十天，年终加五天“禁忌日”。太阳历一年，跟实际时间误差不超过一分钟。根据玛雅人的象形文字记载，玛雅人测算的地球年为365.2420天，而现代人测算结果是365.2422天，相差极小。太阳历月份的名称和农业劳动有密切联系。例如，有一个月叫做“放火烧荒月”，另一个月叫做“播种月”，还有一个月叫做“收割月”。这种历法后来传入墨西哥盆地，被阿兹特克人接受，并且刻成了圆石盘历。
玛雅人当时已经能够推算出日食的时间，和月亮、金星等的运转周期。例如，他们知道金星绕太阳一周需要五百八十四天。如果照这个数字推算下去，过一千年，跟实际时间不会相差一天。计算方法方面，玛雅人也有独特的创造。他们用二十进位法，就是说，个位数相加，满二十向上进一位。二十进位法是根据人有十个手指头和十个脚指头发明出来的。到百位数，玛雅人又采取了十八进位法，这是根据一年有十八个月发明出来的。玛雅人至少在公元前4世纪就掌握了数字“0”这个概念，比中国和欧洲人都早。
公元前1000年左右的时候，玛雅人已经成为中美洲文化中的独特群体，并发展出了复杂的社会，已经发展出了各种形式的政治结构，其基础是君权神授的统治、社会等级制度和宗教习俗。玛雅人迁徙到伯利兹后，建造了科哈尔、库埃洛和拉马奈三个聚落，拉马奈发展成了一个城邦，几千年后还一直有人居住。
随着玛雅世界规模不断扩大，不同人口群体之间的差异也在扩大，这可以从文化习俗或方言中看出来。与墨西哥中部的托尔特克人、阿兹特克人或安第斯山脉的印加人不同，玛雅人从未意识到自己是玛雅人这个单一身份中的一部分，当然也从未在政治上团结一致过。实际上，他们甚至没有称自己为“玛雅人”(这个术语后来被赋予了这种文化)。与之相反就像古希腊一样，他们形成了独立的自治城邦，同时保持着共同的“玛雅”根源。
这些刚建立的城邦与其他中美洲文明有所接触，特别是奥尔梅克文明(olmecs)。当时，奥尔梅克人建城已久，处于权力顶峰，事实证明他们是玛雅人的重要贸易伙伴，而且玛雅人和奥尔梅克人之间思想的联系和交流也对玛雅文化产生了长期且深远的影响。玛雅人吸收了奥尔梅克人从崇拜美洲豹到崇拜像羽蛇和玉米神这样的个体神灵的基本信仰以及语言和艺术风格元素。在玛雅城邦中也有建造与奥尔梅克人非常相似的雕塑，其中有看起来像玛雅人的着名巨石头像。
也许一开始是奥尔梅克人的影响在一定程度上激励了玛雅人把他们的村庄建设为城邦。纳克贝(Nakbe)是玛雅最早的城邦之一，在公元前8世纪已经有人居住并扩展到了前所未有的规模，此地建有许多巨型平台，平台之上可建造许多石灰石建筑。这标志着纳克贝从主要的定居点变成了拥有公民、政治和宗教中心的城邦。随着时间的推移，纳克贝建成了一座高46米的金字塔，还有极具象征性的“波塔波”球赛的首批球场，碾碎的白色灰泥所筑成的堤道将这些建筑连接起来。
这些城邦也在灌溉方面取得了进步，农业得到了改善，养活了日益增长的人口。玛雅文明的中心是圣城埃尔米拉多(Elmirador)，这座前古典时期晚期的巨型城邦预示着玛雅城邦的未来，该城邦中心占地26平方公里，拥有数千座建筑。即使建在沼泽附近，玛雅人也利用了这一地理环境。他们在泥土中加入一些石灰，使土壤更加肥沃，供庄稼生长，这使得埃尔米拉多可以养活超过10万的玛雅人，可以与古典时期最大的城邦和其他中美洲大都市相媲美，比如特奥蒂瓦坎城(teotihuacán)和两千年后处于鼎盛时期的阿兹特克首府特诺奇蒂特兰(tenochtitlán)。这里有两座巨型金字塔：埃尔米拉多金字塔和旦达金字塔(Ladanta)，分别高55米和72米，旦达金字塔是有史以来最大的金字塔之一，其体积为280万立方米。
不过，金字塔并不是玛雅城邦中神圣场地中的唯一建筑。在埃尔米拉多和纳克贝，“波塔波”球赛场地都建在市中心，离广场不远，靠近寺庙和宫殿。这种球类游戏不仅仅是一项简单的运动，还具有精神意义，代表了玛雅人对创造的信仰。在可能起源于奥尔梅克文明的中美洲文化中也可以看到类似的球赛，当时还建有成千上万个球场。
“波塔波”球赛中，两支球队在一个两边都有倾斜墙壁的狭窄场地上进行比赛。球员需要把一个沉重的橡皮球抛到空中，把它传给队友，要么是为了让它进入对手的终点区（就像今天的美式橄榄球一样)，要么是把它扔过一个挂在侧壁上的石环（有点像篮球）。然而，球员们不能用手或脚击球，只能用臀部、膝盖、肩膀和头部击球。球重约4公斤，因此有时会造成球员重伤。
“波塔波”球赛是一场面向神灵的宗教表演，在球场两侧发现的壁画中描绘了人类的祭祀场景，让人难以想象的不是输掉比赛的球队队员将会被杀。而是在战斗中被俘的囚犯会按照比赛规则进行比赛，获胜者才会按照仪式被处决献祭，这被视为一种荣誉。仅在卡米纳留宇城(the city of Kamina-ljuyu)就发现了12个球场。
在后世危地马拉首都的地下，卡米纳留宇城曾作为前古典时期玛雅的巨大贸易中心而蓬勃发展，这座前古典时期城邦贸易成功的原因是附近有一个巨大的火山玻璃(Volcanicglass，即黑曜石)矿藏。黑曜石一直是玛雅人的重要工具，既可以被磨成刀和矛尖等武器，也可以用作镜子。
卡米纳留宇城由于控制了该地区的黑曜石供应，维持了几个世纪的统治。在那个时期，其他珍贵的贸易商品有玉石、盐和可可，同时因为陶器附有简单、优雅的图案，该类工艺品也变得更加流行。最容易与后来的玛雅人联系在一起的玛雅艺术，在前古典时期的一千年里变得更加繁复。
在前古典时期结束之前，玛雅文明有很多城邦，随着人们迁徙的步伐加快和居民数量的持续增加，更多城邦建立起来。这些城邦建立之初规模不大，但其中许多城邦为下一个千年里出现的强大城邦奠定了基础。
玛雅人在其他领域也取得了巨大进步。他们的书写方法是中美洲最复杂的书写系统，在西班牙入侵玛雅之前一直在使用。由于他们还精通数学和天文学，从而改进了三个极其精确的日历系统。
这段玛雅历史有一个神秘的结局，玛雅文明似乎突然停止了稳步发展，其中原因只能猜测，像纳克贝、埃尔米拉多和卡米纳留宇这样的城邦被遗弃了，可能是战争、瘟疫、地震、火山喷发或是缺水……直到3世纪，玛雅人才真正开始走向力量巅峰。
玛雅领土内的各玛雅城邦从未统一过，这里一直都发生着一些据地为王的大城邦为争夺权力、臣民或四周小城邦而冲突不断的故事。各城邦命运起伏不定，安然度过战争风暴的一个好方法是建立一个权力集中的巨型城邦。蒂卡尔、卡拉克穆尔(calakmul)和科潘(copán)等大城邦人口众多，在后来的古典时期，至少有20个城邦的常住人口达5万人或更多。
至少在理论上，玛雅统治是父系统治，统治权由城邦首领传给他的儿子。偶尔，当一个王朝只剩女性或兄弟掌权才能维持统治时，王族中的一位女性或兄弟才可能掌权，但这属于创新之举。
此时的玛雅人约有100多万人，主要分布在尤卡坦半岛的中部和南部谷底，其他零散地分布在伯利兹、洪都拉斯南部及塔瓦斯科和恰帕斯的一部分、危地马拉高地、恰帕斯和萨尔瓦多的最南端。他们从事农耕、兴建巨大的石头建筑和金字塔神殿、冶炼金和铜，金字塔建造数量也还不多。
在公元292年之前，中美各群体形成共同文化，农业发展，开始定居生活，从事刀耕火种农业，种植玉米（主食）、菜豆、南瓜和块根植物，饲养火鸡和狗等。在之后的古典期（公元292—900），才开始有象形文字、历法、石碑、庙宇等，并发明了20进位制，在数学、天文学方面有较高成就。在制陶、雕塑、绘画上也是造诣极深，采用拱形建筑（梯形金字塔、宫殿、拱门等）。
古代文明中心有蒂卡尔（在危地马拉佩腾省）、帕伦克（在墨西哥的恰帕斯）和科潘（在洪都拉斯）。中部地区有大规模发展，出现神权政治，晚期北方文化发展并达到鼎盛时期，建立若干奴隶制城邦，产生社会等级，分贵族（包括祭司、统治官吏、军事首领和商人）和平民（包括工匠、农民和奴隶）。实行分权治理，酋长管辖几个中心，农村居民组成公社，保存氏族制度的许多残余。行自然崇拜，尤其崇拜“太阳神”和“雨神”，以守护神“伊察姆纳”为最高神灵。现代玛雅人分布很广，具有共同的社会文化特征。
后古典期（公元900—1527），在其前期（公元900—1250），南部和北部出现文化变革，托尔特克人到达中部高原并实行政治统治，将其宗教、礼仪、习俗强加于玛雅人，建立玛雅城，由科科梅家族进行统治；在北部地区，玛雅文化和托尔特克文化融合，产生着名的玛雅潘文明。
在后期（1250—1527），玛雅中心相继遗弃，政治解体，出现一些小城镇相互斗争。1519年西班牙殖民军将领科尔特斯征服了尤卡坦和危地马拉，塔亚斯卡尔的伊察人由于地处偏远和反抗西班牙殖民者，长期保持自治，直至1627年整个玛雅地区被征服。
作为中美洲最着名古文明之一的玛雅文明，与特奥蒂瓦坎城有着紧密联系。玛雅人在建筑和数学方面有着极大的贡献。大约公元前2000年到公元900年期间，玛雅文明在现代墨西哥、伯利兹、洪都拉斯和危地马拉一带蓬勃发展。玛雅人完善了奥尔梅克人创造的历法和象形文字，并发明了一种可书写的数学体系，主要用于记录粮食产量、人口数量，及辅助贸易算数。
因依赖于原始农业，玛雅人的生活区域被农场包围，他们沿着主要的贸易路线修建了数以百计的城邦，包括科潘、蒂卡尔和奇琴伊察等，以及庙宇、神像、金字塔和天文观测台。在没有铁制工具的辅助下，建造了如此多的宏伟建筑，说明当时的建筑水平已经相当高超。
但是，由于贫瘠的土壤和持续了近两个世纪之久的干旱，玛雅文明在公元900年左右开始衰落，玛雅人不得不抛弃这个庞大的人口中心城市，繁荣一时的玛雅文明从此一蹶不振。
16世纪20年代，即1520年左右，当西班牙人来到这片土地时，玛雅人已经变得弱势，几乎没有组织机构或抵抗能力。不过，西班牙人却发现了有关玛雅人历史的象形文字，这些文字被记录在称之为法典的折页书中。1562年，因为担心改信基督教的玛雅人会反悔，恢复他们原本的传统宗教习俗，基督教主教-迭戈·德·兰达，搜集了所有玛雅法典，并付之一炬。以至于最后仅能找到少量幸存的玛雅法典，而玛雅文字基本成了死文字。