当一切都仿佛再次陷入了平静后，李默在静室中查看着手环中的资料，忽然看到了从贝尔摩药物研究所的资料库中下载的资料中有着自己的名字，有些疑惑又有些犹豫的点击虚拟屏幕。一则关于自己的基因提取记录出现在了屏幕中，而资料的最后显示实验尾声发生了意外，端木花铃小姐的领域出现了异状，所有参与手术的人员全部死亡，被提取人李默在手术后安然无恙的离开，而对于基因的利用也没有提任何的去向。
李默心中的疑云越积越厚，他深知想要揭开这一切的真相，必须尽快与马涛取得联系，甚至是想要见一见玲花。于是，他毫不犹豫的给马涛挂去了通讯，随后用着命令的口吻告诉马涛，他们必须要见一面，然而马涛的反应却出乎他的意料。通讯的那头，马涛的声音显得有些犹豫和吞吞吐吐，这与他平时果断干练的形象大相径庭。李默敏锐的察觉到了其中的异样，心中的怀疑更甚，甚至觉得这次的事件也许正是无畏科技教派所为。然而他还是没有发作，甚至在没有确凿的证据之前，任何猜测都可能是错误的，尤其知道了亚历山大的名字，但是对于玲花的态度，他还是希望可以亲自确认。
就当李默准备继续调查并采取相关行动的时候，马涛突然主动来到了天星基地内找他，最后马涛的表情十分严肃，带着李默来到了天星基地外不远处的一个隐秘的会所中。当他们进入到一个包间时，李默惊讶的看到了玲花的身影，正当他想要询问这一切的时候，却发现玲花的眼神有些躲闪，似乎在隐瞒着什么。当马涛离开包厢后，李默尽量的控制心中的疑惑和愤怒，淡淡的看着玲花，深吸了一口气后，决定以冷静的态度面对玲花。“玲花，我需要你给我一个解释。”李默的声音坚定而有力。玲花沉默了一会儿，似乎在整理思绪。然后她缓缓开口，开始讲述目前无畏科技教派内的改变，以及亚历山大已经作为新一届的教主，对于阿道夫的事件她也是刚刚知道，至于背后的原因还需要她接下来去调查。她的声音平静而从容，仿佛是在叙述一个与她无关的故事，然而随着她的讲述，李默的脸色越来越凝重，并且玲花表示一定会给李默一个交代，无论他现在决定要对无畏科技教派要开始任何行动，她都不会阻拦。
李默看着玲花，眼神中仿佛在思索着玲花的话，不是他不相信，只是对于玲花的态度十分的疑惑，随后淡淡的又问道：“提取我的基因是你的主意？你想要做什么？”语气中带着一丝不耐烦，玲花听后知道他一定是误会了自己，可是有些事她还不想告诉李默，正在犹豫时李默又继续问道：“亚历山大抢夺了你的主教之位，难道你就没有任何对策？这可不像我所了解的你的性格！”玲花无奈的看了一眼李默，知道如果不能解释清楚这一切，这一次也许李默真的会走向自己的对立面，随后轻轻的抿了抿嘴后说：“你能不能冷静点？你就那么不相信我吗？”李默顿时被问得哑口无言，只是重重的吸了一口气仿佛想要自己继续保持冷静。玲花仿佛终于做了最后的决定对李默继续说道：“好了，我不想骗你。关于提取你的基因的事情确实是我做的，但是我有我的理由，暂时还不能告诉你，请你理解，我可以向你保证绝对不会利用你的基因去做伤害你及你的亲朋好友的任何事。我不是你的敌人，永远都不会是，你的身份我也绝对会保密，请你放心！”李默愣了愣后说：“什么身份？我不是担心这个，我本来是怕亚历山大已经将你控制了，对于基因提取的事，你不愿意说，我知道你肯定有你的理由，这个没什么！”玲花看着李默呆呆的模样噗嗤一笑后说：“你身份的事，千年的老怪物啊。开始我还以为我是老牛吃嫩草，没想到真正的老牛是你！”李默顿时明白了玲花的意思，也突然想到基因的变化会让自己的身份暴露，之前他从未想到过这一点，顿时不好意思的挠了挠头说：“你没事就好，什么老牛不老牛的，我的事既然你知道了，只要你愿意我回头全部告诉你。不过，现在亚历山大和无畏科技教派的事情，你到底在筹划什么？”玲花看了一眼李默后，决定把一切都告诉他。
随着玲花的诉说李默明白了一切。矩阵传说一个源自古老文明的神秘概念，随着岁月的流逝逐渐演变成了一个传说，甚至成为了无畏科技教派的教义。他们认为世界是被高等文明映射出的中一种虚拟和现实结合的世界，人类都是真实的，而其中的一部分动物也是真实的，但是更多的动物是虚拟的，乃是月球作为一个超级机器照射到地球。就像是投影仪将地球作为了一个巨大的投屏荧幕，将现实和虚拟进行混合，甚至将人类的世界分成了不同的维度进行互相印证来观察着人类这种生物的发展。他们认为月球就是被制造出的一部巨大的仪器，而和月球进行信号连接和定位的就是地球上的八个机器，这些机器承担着信号接收器和存储器的作用。接收器只负责接受和反射信号，而存储器负责维持信号的主要设备并且将接受到的任何格式的信号加以转换，更重要的作用是进行存储记忆，以至于出现偏差或者不可阻止的差错时进行回档的作用。
玲花还提到了上一次他们在胡夫金字塔之下的发现，李默也亲眼看到了金字塔之下巨大的机器，而无畏科技教派随着更加深入的研究，他们认为地球上的八台机器已经损坏了七台，只有一台仍然运转。教派认为，这些机器的损坏并非偶然，而是受到了地球本身自发抵抗的影响。这些外星机器对地球虽然产生了深远的影响，一方面它们的存在为地球带来了先进的科技，推动了人类文明的进步。另一方面，这些机器也带来了一些无法预测的后果。根据教派对于已发现的机器的研究，这些机器的存在可能改变了地球的磁场和地质结构，导致了一系列自然灾害的发生。然而当深入的了解那些机器的运转模式以及作用后，他们更加确认，有着一股更加神秘的力量正在潜移默化的利用地球上尤其是人类产生的一系列的负面情绪正在每时每刻修复着那些已经坏掉的机器，甚至引导着人类产生各种各样的负面情绪。
无畏科技教派的目的就是找到最后那个运转的机器进行破坏，这样人类真实的世界才能显现，当世界的真相被揭开之后，那么人类才能拥有最终的自由，也将真正的成为这个世界的主人。玲花的父亲端木若愚就正在进行着最困难的寻找工作，他们利用对于那些机器中所包含的技术逆向研究，得到了一种最佳的定位方式，那就是利用月球上的反馈信号来寻找着隐藏在地球上的那些机器，并且他一直在秘密的进行着，甚至不惜将自己送上了月球亲自负责寻找的任务。当获取到反馈信号后进行定位并将获取到的大概方位传送到地球。玲花并没有任何隐瞒的告诉李默，胡夫金字塔之下的机器是他们利用这种方法找到的第五个机器，可是很遗憾，加上之前找到的四个也都是坏掉的。他们需要继续利用这种方法找到剩余三个机器的位置，只有找到那个依旧在运行的机器将之毁掉也将完成了整个教派几代人的任务。
目前已经到了非常关键的时刻，因为五个坏掉的机器已经被他们牢牢掌控并且将那些已经找到的机器进行不可逆的损坏，可是仍旧发现这个世界中存在着一股特殊的能量，这股特殊的能量就是由人类所产生的各种各样的负面情绪组成。这些能量正在对坏掉的机器进行着修复，甚至因为他们损坏了其他五个后，那些特殊的能量也十分准确的洞察到那些机器的状况后开始消失。他们认为这种消失也许代表着特殊能量洞悉了他们的目的，而全部转移到了剩余的三部机器中的已经坏掉的另外两部中去加大恢复的速度。如果剩余的这三部机器全部恢复之后，那么想要找到并且摧毁将是难上加难的事。因此端木若愚包括玲花自己只能全身心的投入到这项更重要的计划中，而对于那些已经偏离了轨道的教派中的势力，他们选择放弃，这也是他们做出的最终选择。
教派的发展历史已经存在了几百年，对于教派内出现这种偏离轨道的势力他们早已做好了准备，甚至早已做出了应对的措施，只是没有想到会因此让李默发生误会。尤其通过这一段时间的观察和调查，玲花觉得亚历山大的目的也许未必是针对李默的，甚至也许亚历山大只是一个挡在背后势力前的盾牌，也许他所控制的教派也都是如此。而李默也并非是他们的目的，也许李默在其中的角色也只是一个意外闯入棋局的棋子。李默听着玲花所说的一切后，心里终于算是松了一口气，但是对于玲花所说的这些内容，还是有些举棋不定，因为这一切太疯狂了，如果他们所说的全是真的，那说明自己生活的那个年代也不是真实的世界，也是虚幻和现实结合的世界，只不过那时的虚幻和真实结合的很美好，并且人类的科技还不能对其产生影响，只能愚昧的生活其中。