到了崇祯三年五月底，这场历时七个月之久的“己巳之变”才结束。
最后清军是撤出去了，明军收复了失地，可是损失就太大了，清军一路攻城掠地，长城喜峰口，遵化，良乡，固安，香河，永平，顺义，迁安，滦州等。劫掠走人口、牲畜数万，金银损失更是不计其数。
明朝还损失了山海关总兵赵率教、大将满桂、孙祖寿、兵部右侍郎刘之纶；总兵黑云龙、麻登云被俘后投降，连袁崇焕在北京之围结束之后被捕入狱，处死。
朝廷上的官员也有很多人被牵连，罢官的罢官，下狱的下狱。
至于陕西这边，自从封锁了黄河水道，陕西的形势变得越来越严重，最后在局部地区已经成了贼比兵多了。
这时的崇祯皇帝，又接受大臣的建议想要招抚这些贼寇，得到这个消息之后，三边总督杨鹤也开始实行他的招抚方略，首先上书对陕西的局势进行阐述：
“饥民为土贼，逃兵为流贼。一为上天虎、扫地王，五六千人，在绥德，清涧；一为黄甫故桥积盗；一为横天王、点灯子，六七千人，在宜川；又有四夷逃兵及合水、安化饥民二三千人。延安遍地皆贼，皆因饥荒使然，剿不易结，必须抚之。”
但刚刚升任陕西巡按的吴甡却有不同的意见，吴甡认为：“王嘉胤纵横于延安，神一魁跋扈于庆阳。鄜州、中部、雒川、宜川之间，向受回贼之害，近又乘衅而起，众至数万。如耀州、泾阳、淳化、三水、白水、富平、合阳、澄城等，为西安门户，无处不可阑入。扞御止恃屯兵，乡兵无战马，无盔甲，无钱粮，何为施力？非独延庆危，西安未尝不危也。嘉胤诸贼，实为祸首，不可言抚，以损国威。”
但这时的局势已经糜烂到了不得不抚的地步了。
神一魁勾结河套蒙古人，突袭保安。击败贺虎臣、杜文焕，大掠保安。神一魁率其部围攻庆阳，局势十分危急。当时神一魁拥众六、七万，并分兵一支攻克合水县城，活捉知县蒋应昌。同时对庆阳发动大举进攻，庆阳推官马一荀与士民共守庆阳。起义军虽然在攻击东门的战斗中被明军游击伍维藩击败，但依旧牢牢包围着庆阳。
在这时上天猴等又从陕西返回，屯于宜君、雒川、甘泉、鄜州。点灯子屯于中部。
这个时候的陕西明军兵力已经捉襟见肘了，陕西当地的卫所兵素弱又很差根本干不过那些有边军和灾民组成的起义军。能从边军中抽调出来的兵力太有限了，虽然兵力有限但依旧在四处救火。
首先张全昌、赵大胤率领千余兵马在梁家岭击败上天猴，斩首四百级。又折返中部与点灯子交战，斩首一百二十级。随后两军又追击点灯子部直到葭州斩首四百级。
虽然取得了一些胜利，但此时庆阳依旧在起义军的包围之中。杨鹤这时派出周日强对起义军进行招抚，双方还在谈判之中，暂时还没有结果，不过也大大的缓解了庆阳的危急形势。
直到提督山、陕、宁、临军务总兵官杜文焕派遣定边副总兵张全昌提数千兵马南下，战场上的局势开始向利于明军招抚转变。
首先神一魁也派出数千精兵前去迎击，张应昌将其击败，一路猛追至城下，斩首三百，参与作战的乡兵也斩首一百，庆阳之围彻底解除。
这时谈判也有了进展，神一魁也宣布接受招抚，三月初九日，神一魁派孙继业等大小头目六十余人，率众至宁州接受诏安。十六日神一魁亲自赴杨鹤营中拜见。杨鹤先对神一魁进行声色俱厉的问罪，然后宣布赦免其罪。对他手下的兵卒进行赏赐，然后遣散了那些依附的流民。
之后不几天，延绥巡抚洪承畴命守备贺人龙，假意设宴慰问投降受抚人员，等众人酒醉告辞时，伏兵四起，大肆屠杀，共杀了三百多人，只有神一魁等数人死里逃生。
这血的教训，终于使神一魁觉醒了。他返回宁塞堡纠集旧部重新举起旗，劫走宁塞守将吴弘器、范礼二人，随即也遭到官兵的四面围攻。
神一元、神一魁是弟兄俩，吴旗宁塞堡人，都是贫苦农民出身。成年后投入陕西延绥镇边兵当兵。崇祯三年领导三千多边兵起义，“其锋不可挡，官兵望风奔溃“，是起义军中顶尖的存在。
一直到崇祯四年，朝廷答应赈济灾民的十万两白银到达陕西。大批饥民得到救济，接受朝廷的招抚慢慢回乡，陕西局势才开始稳定。但全陕依旧存在着大大小小的反抗势力，但杨鹤却以为大势已定，一意求抚。片刻安静之后将是更猛烈的风暴，而作为三边总督，杨鹤将首当其冲。
而从崇祯二年一直到崇祯四年底，这三年的时间里，王树亭就安心的待在吕梁山中发展，现在他所建设的小城中居民已经达到了五六百户三千余人，这些人主要是给王树亭的各种工厂做工的，原先的小作坊现在已经变成大工厂了，炼铁的高炉数十个，兵器、盔甲、布匹这些工厂每个都有数百人在做工，还有什么磨坊，商队等等都有不少人，这些全都是最早的时候跟随王树亭的村中的百姓，或者是士兵的家属，忠诚方面是完全没问题的。
这些工厂暂时还是处在不紧不慢生产过程中，每个月可以产出刀枪等各色兵器上千，火器数十，盔甲百副，生产出来了就给部队换装，再多出来就都放在仓库里存着，其余的时间都是生产一些民用的物资，比如锄头、布匹、被褥等等，三年时间还是积攒了不少家底；
之所以生产这么点，一来是因为限制于队伍的规模，另一个就是生产物资的短缺，其他的还好弄，铁料、皮革就没有办法大批量的购买，牛皮还是去草原那日松帮忙解决了一部分的，铁料之前都是在外购买，今天才在山中发现了一处铁矿，不过开采量很少就是了，聊胜于无吧
人多了各种生活所需也就有了，沿街也开起来了一些商铺，来满足人们的生活需求，同时各种市政设施也都建设起来了。城中也成立了衙门，城卫部门，衙门负责小城的管理运作，现在徐平川在兼任着，城卫由左富贵在管，主要负责城内的治安。
王树亭的势力范围已经遍布整个吕梁山脉，除了没有进驻县城基本上触手伸进了每个村子，现在处在山中的娄烦、静乐、岚县、岢岚、宁武、神池等县都在他的包围之中，所能控制的人口已经有十万之众了，不过这些人并不是他直接管辖，而是在每个地方扶植几个大户地主，将部分的村子土地收入他们名下，这样间接的控制着这些人口。
有了这些人口的支撑，王树亭又经过数次征兵，护乡队现在已经正式更名为护乡军了，护乡军的兵马人数达到了两千人，这还是王树亭收敛着招的，现在是按照五十个人养一个兵的比例在招兵，如果是战时甚至可以再扩充一倍，不多对于老百姓的压力就太大了。暂时也没有必要。
除了吕梁山内部的发展，对外部王树亭、徐平川又分别向山西、河南、山东、北直隶、江苏、南直隶等地都派遣了一定数量的细作，以确保能及时的知道朝廷的动向。
现在王树亭已经很坚定的要在大明内部搞些事情了，开始的时候还对自己有所怀疑，怀疑自己能不能行，在经过徐平川不懈努力的洗脑灌输下，才让他坚定了信念。
除了在外派遣了间谍细作，王树亭还接受徐平川的建议，派人带队偷渡到陕西、河南，在那些地方建立根据地，这些带队出去的都得是绝对的自己人，不然到时候脱离了掌控那就成了偷鸡不成蚀把米了，王树亭手里能够绝对信任的就那么几个，他自己和徐平川不能动，那就只能是二顺莽子几人了。
王树亭也是狠心，跟老娘做通工作之后，直接把自己弟弟王树林给派去了最危险的地方—陕西，把王二顺派去了晋南，把王二嘎派去了河南伏牛山，每个人走的时候带走了一百人，还给他们从黄家、李、叶三家各挑选了一名子弟作为帮衬。
这三家也算是完全绑定在了王树亭身上了。