有的书上说，建文帝在城即将被他叔叔朱棣攻破时，准备自杀。但是接下来，奇迹发生了。
时任钦天监少监的王钺，拦住建文帝说：“陛下不可轻生，从前太祖升遐时，曾留有一个箱子，嘱我待子孙有大难，可开箱一视，自有办法”。
也就是说，这个铁匣子是朱元璋留下的，并告诉王钺：“我的子孙，如果哪天遇到大难时，可以打开这个铁箱子看一下，就能救他一命”。
很快，有四个太监，扛来了一个铁箱。箱的四围都用铁皮包裹着，连锁心内也灌了生铁。
王钺火急火燎的取来铁锥，将箱子敲开，里面藏着度牒三张，分别写着“应文”、“应能”、“应贤”，里面还有袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀，以及银元宝十锭。
第一张“应文”的度牒写着：“应文从鬼门出，其余人等从水关御沟而行，薄暮时分在神乐观的西房会合。”
建文帝身边一个叫程济大臣，马上为建文帝剃掉头发，换上袈裟、僧帽、僧鞋，经过这一番乔装打扮后，但从外表上看，建文帝就成了一个地地道道的僧人模样。另一个大臣杨应能，表示愿意剃度，随建文帝一起流亡，他的名字里有一个“能”字，正好和三张度牒里的“应能”对应；监察御史叶希贤也毅然说：“臣名贤，就应该是三张度牒里的‘应贤’，这也是命中定数，因此，臣也愿剃度追随陛下左右，至死不离”。也剃度改装随从。
当时在殿上有五六十人，都痛哭流涕，纷纷表示愿意随建文帝一起逃亡。建文帝觉得这么多人一起走的话，很容易引起注意，于是决定先带九个人前往鬼门，在神乐观乘船至太平门。
杨应能、叶希贤等十三人也随后赶到。于是，这二十二个人开始了逃亡生涯。建文帝交代，今后互相以师兄弟称呼，不必再拘泥君臣之礼。其中一个大臣建议，随从不必多，更不可多，人多嘴杂，增加暴露的几率。大家都觉得他这个建议很好，于是就只挑选了五个身体强壮，并且没有家室之累的五个人，其余的就遣散了。
并决定杨应能、叶希贤装扮成和尚，程济则变成道人，这三人贴身护卫建文帝，不离他左右；而另外六人负责探路，运送衣食等。第一站来到吴江县的史彬家中。当年的八月十六日，建文帝除了贴身装扮成和尚道士的三大臣陪同外，其余人都慢慢散去。十月，来到襄阳的廖平家。但很快，朱棣的密探得到风声，随后就跟了过来，建文帝和三个大臣简单商议后，便决定前往云南。
建文帝的逃亡，使已经当上皇帝的的朱棣，坐卧不安。他到处都广布眼线，发动各路人马，拼命寻找建文帝下落，其中暗中派遣一路人马，表面宣称是探访道教创始人张三丰，其实还是权力搜寻建文帝的下落。建文帝得到这个消息后，决定躲到深山里，因为那种大山里还是相对安全的地点。
永乐八年三月，朱棣又让工部尚书严震，以出使安南(即现在越南)的名义，到云南秘密探访建文帝的踪迹。说来也巧，经过严震的不断努力，慢慢逼近建文帝的藏身地点。说来也凑巧，某一天，严震竟然在山道上，和建文帝意外撞见，两人相对而泣。建文帝问他：“你准备怎么处置我？“严震回答：“皇上请便，臣自有办法”。于是就这样，严震就这样把建文帝放走了。夜间，严震在驿站里上吊自杀。建文帝见自己的行踪已经暴露，便再次躲进白龙山。
长期的野外生活，使得他身心疲惫不堪，面容憔悴、枯槁。到了夏天，又患上痢疾，但因害怕被发现，不敢出山找东西吃、更不敢去求医，有时拉的裤子都提不上，狼狈到了极点。这时，恰好有以前的大臣史彬等三人赶来照顾他，情况才得到了改善。几天后，史彬三人要离开，建文帝和他们抱头痛哭一场。建文帝还特地向三个人交代，今后不必再来了，一则因为道路艰险，二则关津盘查特别严密，容易暴露身份。
永乐十年三四月间，一直随从建文帝的杨应能、叶希贤也相继病逝，建文帝收了一名弟子，赐名“应慧”。
永乐十四年六月，建文帝脚病发作，这时，在身边的唯一一个跟着他逃亡的大臣程济，冒着危险进城卖药回来，给建文帝治疗，建文帝才痊愈。
越来越艰苦的流亡生活，使建文帝感到自己随时都会死掉，为了是自己的这段经历，不被历史湮灭，便口述流亡的经过，由程济笔录，写成《从亡传》，建文帝还亲笔写了序言，然后让程济藏在山岩中。此后几年，建文帝奔走于云南、贵州、四川之间。
永乐十八年十月，在程济的陪同下，建文帝登上了峨嵋山，赋诗一首，其中两句为：“登高不待东翘首，但见云从故国飞。”这位曾经拥有天下的皇帝，竟然落到这种地步，怎么能不感慨万千呢。
永乐二十二年二月，随着时间的流逝，对建文帝的搜捕行动，也稍稍宽松一点了。于是建文帝开始向东游历。到了十月，他在旅店遇到了、前来看望他的史彬。史彬还关切地问起了建文帝的身体状况，建文帝说自己“近来强饭，精爽倍常”——也就是说自己胃口好，精神也不错。
然后，建文帝跟着史彬下江南，来到了吴江的史彬家中，可是，随之而来的，却是一件差点酿成大祸的意外。
就在建文帝在史彬家，安心住下的时候，史彬的堂叔史弘，没有提前打任何招呼，突然从从嘉兴赶来，当他进入侄子史彬家时，发现一个老和尚正坐在屋里的大堂上，并且这个老和尚，让他觉得非常眼熟。
便问站在傍边，有些惊慌失措的史彬：“大师从何而来？”
史彬在慌乱中，竟然一时不知如何回答才好。史弘倒是没再问，而是把史彬拉了出来，然后悄悄的说了一句、让史彬吓的魂飞魄散的话：“此建文皇帝也”。史彬连忙结结巴巴的矢口否认，史弘笃定的说，自己曾经在东宫亲眼见到建文帝，并且建文帝还救过他的命，算是他的救命恩人。
史彬看实在瞒不过去了，于是只得如实相告。但他知道，自己窝藏建文帝，可是祸灭九族的罪，要是自己的这个堂叔去告发，后果不堪设想。没想到，这个史弘也是个有情有义的正人君子，并且还是个忠臣，听完连忙来到建文帝的面前，倒头便拜，并痛哭着问建文帝的近况。建文帝心如死灰般平静的说：“多亏了这些一同流亡的大臣们照顾，供我衣食，我才得以周旋于险阻之间。二十年来，战战兢兢，今日想来，可以终老了吧！”随后在史弘的陪同下，游览天台山，到宁波渡莲花洋。
时间过得很快，一转眼，几十年过去了。在这几十年里，成祖朱棣死，仁宗即位，不到一年，仁宗死，宣宗即位，十年后英宗即位。皇帝已经更换了好几个，对建文帝来说，政治环境也变得越来越宽松了，是他再现真身的时候了。正统五年(1430年)，正在广西的建文帝对程济说，我决意东行。
建文帝因为出身皇家，明太祖朱元璋对于这个皇孙的教育，也极为重视，为他找了当时一流的大儒，给他上课。建文帝自己也酷爱读书，并且文采出众，而从天下至尊的皇帝，沦为亡命天涯的逃犯，这其中的落差和痛苦，一般人难以想象，这种特殊的经历，也时常让建文帝承受这巨大的心理煎熬，而诗是他抒发这种极度痛苦的一种最常用方式，所以他有很多诗作，其中一首为：
流落西南四十秋，萧萧白发已盈头。
乾坤有恨家何在？江汉无情水自流。
长乐宫中云气散，朝元阁上雨声收。
新蒲细柳年年绿，野老吞声哭未休。
那种逃亡的凄凉无奈，人生的悲苦无助，命运的坎坷起伏，都在诗中表达的淋漓尽致。但意想不到的是，也正是这些诗稿，使他的命运再次出现了极大的转折。
和建文帝同住的，有个九十多岁的老和尚，这个老和尚虽然九十多了，但依旧身体非常好，并且还有些学问。不知出于什么原因，这个老和尚偷了建文帝的诗稿后，竟然跑到思恩知州岑瑛那里，大言不惭地说，他就是建文皇帝！
这可是惊天大事，岑瑛大为惊骇，哪敢有丝毫耽搁，马上报告藩司。藩司下令把和尚与其合住建文帝，一并逮捕，用快马急报朝廷。当朝皇帝很快下诏：“押解回北京”。
皇帝命御史在宫廷中进行审讯，那和自称，自己已经九十多岁了，只求速死，只有一个要求，想死后葬于祖父朱元璋的陵墓旁。看来这个九十多岁的老和尚，追求的死后的荣耀，可能觉得自己九十多了，也活不了多久了，于是想死后虚荣一下，想被人当成建文帝下葬，满足一下他这种畸形的虚荣心。
但这个老和尚，显然是老的有点糊涂了，他低估了御史的智商。
御史说：“建文君生于洪武十年，现在是正统五年，当六十四岁，何得九十岁？”一下子就把这个老和尚，问的哑口无言了，后来，经过审问才知道，这和尚名叫杨应祥，钧州白沙里人。报请皇帝后，和尚被判处斩立决，下锦衣卫监狱关押，这算是聪明反被聪明误，到老落得的个不得善终。
而一同被抓的、真正的建文帝，此时也把实情告诉了御史，御史马上密奏皇帝，皇帝派曾经服侍过建文帝的老太监吴亮，来探望虚实，看看这个建文帝到底是真是假。
建文帝一见到吴亮，就脱口而出：“你不就是那个、曾经服侍过我的吴亮吗？”
吴亮连忙故意回答说：“不是”。
建文帝非常确定的说道：“记得我有一天在便殿就餐，吃子鹅，一片肉掉到地上，你手里拿着壶，趴在地上把它吃掉了。难道你都忘了吗？还敢说不是你！”
吴亮听完这些后，伏地大哭，他判断，这个应该就是建文帝了，不过毕竟过去了几十年，经过这么多年的逃亡生活，建文帝的模样，与以前当皇帝时，也大不相同了。为了进一步确定，他要求看看建文帝的左脚，因为作为贴身太监，他知道建文帝左脚趾上，有颗黑痣，查看后果然有，这确定是建文帝无疑了。吴亮做梦也想不到，几十年后，还能与这位昔日的皇帝，在这种场合，以这种方式见面，一时间痛哭流涕，不能仰视。
在确定完身份后，皇帝下令把建文帝迎入宫中西内养老，宫中人都叫他“老佛”。建文帝寿终正寝后，葬于西山，不封不树。因为很难给他一个名分，所以建文帝的墓，也就成为一座无名墓。
但是，在建文帝逃亡过程中，还有一些不为人知的特殊经历。