崇祯皇帝的来信，有几个主要意思。
以最快平叛为首要目标。
朝廷必须全力支持沐天波。以大义为导向，确定他大明国公的正统地位，将沙定洲之乱定义为犯上作乱。
在最快平叛的同时，尽可能利用当地的其他土司军。许诺其金银、钱粮，盐茶，以及瓜分沙定洲的地盘，要求并鼓励其参与平叛。在过程中，尽可能保存自军实力而削弱各土司军的实力。
凡是参与沙定洲叛乱，或者附从叛乱者，一个不赦，从重从严处置。男性全部斩杀，女性赏给有功将士，以震慑其他土司。
而在平乱过程中对于那些不听朝廷号令，或者存有坐山观虎斗的土司，可联合其他土司共同讨伐攻灭，将之彻底铲除。
若条件有限，可缓慢图之。
对于沐天波，对之应该抱有最大的尊重，但应逐渐削弱其在云南的影响力，以便朝廷在云南重建统治。
等时机合适，朝廷会将之调离云南。
鼓励各土司带兵助朝廷剿贼平虏，多给予其金银，大量赠其中原的精美瓷器、丝绸等种种，以逐渐引诱他们听从朝廷号令。
凡有功的土司将士，直接越过土司给予其奖励，以分化他们和自己土司的关系，让他们逐渐倾向于亲近朝廷。
云南之地，其他族百姓太多，而汉人太少，难以形成有效统治。朝廷会逐渐向云南移民，将云南彻底变成汉人行省。
善待各族底层百姓，推行教化。
等时机合适，彻底结束各土司的统治。
而在今后十年内，深耕云南、贵州、广西三地，将西南打造成整个大明的后方，云南的钱粮、铜矿和人力要成为将来朝廷北伐的资源。
若将来江南失陷，西南的群山峻岭或许便是大明最后的退路。
马士英仔细回想着信中的每一句话，心中既忐忑，又有些激动。崇祯皇帝定下了一个大目标，而自己便是这个大目标的实行人。若能成功，不说千年之功，至少也是百年内稳定的基石。
想到这里，马士英深深吐出一口浊气，问向王屏藩，“王副将，勋阳府那边，陛下决定派何人前往？”
王屏藩说道：“陛下倒提过一次。勋阳重要，但那是将来重要，现在却是如鸡肋般的存在。朝廷现在最重要的是江淮、是四川。”
马士英愣了一下，“陛下要放弃勋阳？”
王屏藩摇了摇头，“我也不知。但有些大臣提议说将勋阳之兵调到信阳、寿州一线，以增强淮河西线的防守力量。只在勋阳保留部分精锐，以做轻微的牵制。”
马士英皱眉沉思，“那若张献忠从那边出川呢！”
王屏藩淡淡笑道：“马总督想过没有？若张献忠从那里出川，北面是李自成所占据的南阳、洛阳，南面是李自成所占据的襄阳、荆州。而东面，则被我军、李自成以及东虏三方共同占有。或许，到时候张献忠出川，搅乱天下，短期内对我军未必完全是坏事。”