在六大副本火热进行的同时，新的剧情也在发展。木星帝国也有了新的总统光之卡利斯托。
光之卡利斯托是欧罗巴·德卡契的弟弟，原总统格拉克斯·德卡契的小叔，在格拉克斯·德卡契阵亡后，成为木星帝国的新总统。
光之卡利斯托还有一个弟弟影子·卡利斯托。和哥哥光之卡利斯托一样，具有非常强大的Nt能力，在军队中担任高级指挥官。
提到这两兄弟就不得不提到欧罗巴·德卡契。欧罗巴是企图毁灭地球的格拉克斯·德卡契的后妻。外貌出众，身材火热，有着一头雪白的长发，是一个不折不扣的御姐角色。
在格拉克斯死后，光影卡利斯托兄弟掌控了木星帝国的大权，并且秘密进行神之雷计划。
欧罗巴得知神之雷计划是用殖民卫星炮轰击地球的时候，欧罗巴选择了反抗，为了对抗卡利斯托兄弟。欧罗巴找到了托比亚。
托比亚的爱人贝娜提对于自己这位继母接近托比亚非常反感。但是心怀大义的托比亚决定帮助地球度过危机。
托比亚准备找自己的师傅西布克出山，但是西布克在地球和贝拉已经育有两个孩子，在了解了西布克的情况之后，托比亚放弃了让自己师傅重回战场的念想。
转而寻求地球联邦的帮助。在曾是地球联邦军的王牌机师，已经接近60岁的铃木稔策划下，以七台mS组成突击小队进行超长程闪电攻击的作战计划正式启动。
铃木稔和托比亚开始筹备这七个人选。首先铃木稔和托比亚是算在内的。托比亚又游说了已经和木星帝国彻底决裂的死亡烈风队的加入。
小队成员一下子就达到了5个。铃木稔让地球联邦军的王牌机师哈里森也加入了小队。而后铃木稔把最后一个人选定为了欧罗巴。
在铃木稔眼里，欧罗巴面对神之雷计划展现出的决心和韧性，足以让欧罗巴胜任这一角色。
但是连欧罗巴自己都不知道，卡利斯托兄弟能洞悉欧罗巴的内心想法。在七人队集结起来的时候，卡利斯托兄弟就已经知道了。
主力小队已经筹建完毕，剩下的就是战舰问题，围绕着先锋女王号和小灰号打造的突击舰队正式成立，并且向着木星进发。
在征途中众人不断熟络，贝娜提对欧罗巴接近托比亚的行为非常不满，但是随着离木星越来越近，加上欧罗巴的不断提醒。贝娜提对自己的身世有了另一种看法。
她是木星帝国的公主，引导木星走上正轨是她的责任，现在卡利斯托兄弟轻易的夺得木星帝国的控制权，一定程度上是因为她不在木星。
为了纠正错误，贝娜提决定用自己的方式战斗，那就是重回木星。但是这样就会让她离开心爱的托比亚。
眼看战火就要重燃，贝娜提没有和托比亚说，独自踏上了回木星的旅程。
在贝娜提刚离开不久，卡利斯托兄弟派来的先锋就袭击了托比亚等人的舰队，带队的人正是影子卡利斯托。
随着剧情推进到位，官方在6大副本结束后，顺势开放了新的战役模式《第二次木星大战》