回到西安的叶布舒 ，一方面整军备战扩充实力，另一方面通过西传教士大力发展新式武器。只要一切进行的顺利，三到五年后，叶布舒就会给西北的大军都配备上强大火器。
此刻，北京的多尔衮，在独揽朝中大权之后，开始用比较柔和的手段控制朝政，积极弥补因为和叶布舒争斗而产生的政治问题。
经过多尔衮几个月的努力，北京城人心开始安定下来。多尔衮见阿齐格和多铎在中原进展缓慢，于是决定亲自带军南下，解决在南京的弘光政权。
而此时的弘光政权从建立到现在，始终没有安定下来。以史可法和马士英为首的两派，陷入无休止的内部争斗，再加上以钱谦益为首东林党的掺和，别说守住半壁江山，维持现状都已困难重重，已经到了土崩瓦解的边缘。
东林党本来就对小福王朱由崧继位不满，这个不满来自于朱由崧的父亲福王朱常洵和他祖母，万历的郑贵妃。
万历时，正是东林党人坚持了十几年，才斗败郑贵妃，没有让福王继位，这件事也是东林党人最引以为傲的功绩。东林党人见这个福王朱常洵的儿子要登上皇位，自然十分不愿意。另外他们也害怕这个小福王一旦登上皇位，会对东林党进行报复。
在多方势力的参与和搅动下，南明弘光朝发生了针对朱由崧的南渡三案。
这一年，不知哪里来了一个和尚，说自己是定王 (太子朱慈烺的胞弟) ，在逃难中出家为僧，法名为大悲。他觉得潞王朱常淓贤明，应当做皇帝。
就在半夜来到南京的皇宫外叩响宫门，要求见弘光皇帝朱由崧，要劝说他下台让贤。
这对刚刚称帝的朱由崧来说，十分尴尬。所以刚得知宫外来了一个“王爷”，不加调查就下令逮捕。
后来在朝堂对质时，大悲和尚更是当着满朝大臣的面，要求朱由崧退位让位贤。气恼的朱由崧立刻传旨，把和尚送交刑部严加拷讯。在宫中掌权的马士英，阮大成猜想必定是有人背后指使，为了不引起过多的风波，就直接将这和尚斩首示众。
这个大悲和尚的虽然死了，但在民间却引起了不小的波动，人们都认为这是弘光皇帝朱由崧为保皇位，而擅杀崇桢皇帝的儿子。在东林党的鼓动下，南明百姓对弘光皇帝日益不满。
原以为风波过后，南京城就会平静，没有想到，几个月后第二件事情又来了。
当年李自成大军攻克洛阳，杀死了祸国殃民的福王朱常洵，朱常洵的王妃邹氏和世子朱由崧大难不死，从洛阳城里狼狈外逃。在尉氏县留宿时，遇到了一女子童氏。朱由崧垂涎童氏的姿色，对她出言引诱，并发生了关系。后来在继续南逃途中，三人走散，各奔一方。童氏颠沛流离，还曾在逃难路上生下个孩子，但不幸夭折在逃难的路上。
朱由崧当上皇帝后，寻访到母亲邹氏下落，把邹妃接到南京享福。消息外传后，这个童氏也希望朱由崧能念旧情，接她入宫。河南巡按御史陈潜夫知道这件旧事，就把童氏的下落上奏朝廷，但朱由崧没有理睬。没有承认，也没有否认。
河南巡抚越其杰与镇守归德的广昌伯刘良佐，对童氏和当今皇上的关系也深信不疑，于是就把她送到南京和朱由崧团圆。
这时正在南京广招秀女的朱由崧听说这个童氏来了，并没有召见。只说她是“妖妇”，要赶她走。
河南的广昌伯刘良佐给朝廷送来的奏疏，声言“童氏非假冒”。就连在南京的马士英见了童氏后，都认为童氏不假，主张迎她进宫。
但无奈朱由崧就是不同意，还叫来一个叫屈尚忠的太监把童氏抓进大狱严加拷讯，结果童氏死不改口，最后被饿死在狱中。
童氏死了，但童氏在狱中的供词却流传出来，把她和朱由崧共同生活的情况，包括朱由崧最初勾引她所讲的话，都说的明明白白。时间、地点、人物、事件一个不差。很难让人不相信是真的。
本以为是快刀斩乱麻，却不想在民间引起了更大的不满。许多人都说这个弘光皇帝和他爹一样，刻薄寡恩，为了寻求新欢，杀掉自己原来的旧人。
更有东林党散布说，现在的弘光皇帝朱由崧本身就是假冒，真的小福王早就死在逃难的路上了，朱由崧不肯见这位童氏，是怕被当众揭穿。
很快，这种半真半假的阴谋论就人尽皆知，让许多不喜欢朱由崧的人奉为实据，处处聚众抨击。
紧接着第三件威力最大的事情来到了，这就是“北来太子”案。明鸿胪寺少卿高梦箕的一位家仆名叫穆虎，从北方逃出，南下去投奔主人。途中遇到一个少年同行，当晚脱衣就寝，此人露出了绣龙内衣。穆虎非常惊奇，就追问起少年身份，这个少年说自己是个逃难王子。
过了几天，彼此相处渐熟，少年又说自己是太子，并对穆虎谈到农民军入京后的情况，还讲述了不少宫廷旧事。
高梦箕把这件事上奏朝廷，朱由崧得报后，立即派内监冯进朝将这位“太子”押来。决定让原先在东宫侍奉太子的一位姓张和姓王的太监去辨认一下这位南下的“太子”，结果三人一见面就抱头痛哭，两个太监直接确认了太子的身份。
朱由崧得知后大惊，又找来几位曾经在京城教过太子读书的翰林辨认，在见过“太子”后，只有一位叫王铎的翰林，说这人不是真太子，其它人都莫不做声，没有表态。 这个时节，宫里传来消息，当初在东宫服侍太子的那两个太监回到皇宫后，直接被弘光帝朱由崧打死了。于是所有人都怀疑太子是真，朱由崧想要杀人灭口。
由于朱由崧失尽民心，驻外武将和全国军民对太子存有幻想，因而一致相信“太子”是真。
驻防庐州的靖南伯黄得功、驻守武昌的左良玉、坐镇九江总督军务的袁继咸、总督湖广四省军务的何腾蛟先后上疏，主张“多召东宫旧臣辨认”，没有最终认定，不能随便杀害。这让朱由崧不敢贸然杀人，这位“太子”就一直被囚禁在狱中。
本身就已人心浮动，从文臣到武将，再到黎民百姓，都认为被关起来的太子是真。
于是在民间又有传说，当今弘光帝朱由崧根本就不是福王的亲子，福王子孙在当年已经全部被李自成杀死，马士英为把持朝政，随便找了一个男子，把它当做福王儿子，于是所有的矛头开始对向马士英和弘光帝朱由崧。
镇守武昌的左良玉拥兵自重，平日与东林党人关系不错。对马士英、阮大成党把持的弘光朝廷早已心怀不满。听说“太子”被囚，早就不满左良玉拍案而起，自称有太子手谕，以“清君侧”为名起兵，要进南京讨伐马士英，掀起了弘光朝最大的一场内乱。
在左良玉兴兵的同时，南下的清军也开始大举进攻，攻打扬州、泗州、徐州等地，很快就要打到南京城下。左良玉鲁莽的行为使弘光朝廷不得不双线作战。
南京城破之际，弘光帝带着一部分人的撒腿就跑。弘光帝一跑，以监生赵秦为首的民众就打开大狱，迎出“太子”，想让他做了皇帝。
但担任南京守备的赵之龙立场坚定，果断制止，皇帝刚跑路，你们就另立新君，成何体统。然后，他就和钱谦益、王铎等人向大清朝豫亲王多铎献城投降了。
朱由崧乘夜弃城出奔，南京城中一片混乱。在逃到芜湖一带时，跟着朱由崧总兵田雄、马得功、丘钺、张杰、黄名、陈献策冲上御舟，劫持弘光帝，将其献给前来追杀的多铎。
在擒获弘光帝后不久，那位“太子”也成清军的俘虏，多铎故意摆下宴席，请弘光帝和“太子”赴宴。
酒席中，多铎让“太子”坐在弘光帝之上，并当面指责弘光帝：“崇祯太子大老远逃难至，你不让位，还将其下狱囚禁，于心何忍？”
弘光帝无话可说。之后，他被清军押送到北京处决。真假难辨的“太子”也被一并处死。
从此，唯一有希望保住大明半壁江山的弘光小朝廷覆灭了。