崇祯十七年四月二十三日，李自成山海关大战溃败的第二日，崇祯皇帝朱由检在太子朱慈烺，锦衣卫指挥使周世显，兵部尚书史可法，以及数千护驾兵马的陪同下，乘坐龙舟抵达了南京城外的燕子矶。
圣驾在浦口大营登船，近百艘大小船只横渡长江，宛如从天际而来，浩浩荡荡，可谓是“气派非凡”。
南京的官绅数千人，还有无数城中百姓都早已经在城外等候多时，天子圣驾，在这个时代，是神圣无比的，江南又向来富饶，闲人也多，又有官绅安排，自然引得无数人来围观朝见。
崇祯皇帝之前在淮安的时候，已经把这些官员敲打得服服帖帖了，南方堆积如山的政务在他宵衣旰食，夜以继日的几日批阅之下，重要的事情也已经基本处理完毕。
因此，此时整个南京上上下下，除了中央的官员之外，还有不少周围省份的巡抚和将领，也都受诏，前来觐见天子。
朱慈烺好几日之前便连续往返于南京和浦口之间，他受崇祯的命令，负责祭祀的准备工作，又提前检阅了南京京营，准备演习之事，可谓是忙得连轴转。
不过，这也给了他机会，提前和南京的实权太监们熟悉了起来，还有京营里的勋贵们，朱慈烺稍稍抛出了橄榄枝，便有人直接跪了下来，要跟随他建功立业。
毕竟，这样的机会可不多，说不得一辈子就这一次，别人就是想跪，恐怕也没这个地跪。
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当然，朱慈烺也并未要与文官作对，那不是他的敌人。只不过是为了避免朝堂失衡，他必须早有准备，李邦华和倪元璐就是他的人，史可法也算半个，这些都是他快速实现自己练兵计划的巨大助力。
崇祯皇帝登岸之后，先是拜谒了孝陵，然后从南京城的朝阳门进城，沿途群情激动，热闹非凡，看得崇祯和周皇后都满心欢喜。便是朱慈烺看了，也不由得佩服起了这个时代的官员，在虚张声势，搞面子工程方面，比后世还要强。
因为南京城的皇宫还没有修复完全，崇祯的圣驾暂时停留在了内守备府。等到第三日的时候，崇祯才得以移驾皇宫，由此也正式颁谕天下，在南京重建朝廷。
而后，崇祯皇帝依照之前和大臣商议的结果，在南京皇宫正式颁布了南京朝廷的各级官员任命。
原南京兵部尚书史可法为东阁大学士兼兵部尚书，入阁办事；原都御史李邦华为东阁大学士，仍任原职；原户部尚书倪元璐加东阁大学士，兼任户部尚书；马士英加东阁大学士、令右副都御史衔，仍任凤阳总督；
与此同时，南京原本的各级官员也做了些许调整，以原詹事府詹事姜曰广为礼部左侍郎，以张慎言为吏部尚书，以高弘图为户部侍郎，以刘宗周为都察院左都御史，其他衙门官员亦先后作了安排。
按照史可法，李邦华，倪元璐等人的意思，这是要让“正人”占据要津，才能使得朝廷有一番新气象。当然，实际上就是要兼顾北京随驾重臣和南京一派的势力分配，以免激起不必要的内部矛盾。
而崇祯皇帝自然不是朱由崧这样的软骨头，他驾驭群臣的手段可不容小觑，手中更有朱慈烺的兵马，既然一开始这样安排，让不少人都得以如愿以偿，平衡了朝廷的力量，之后很长一段时间就不会变了。
与此同时，崇祯在南京重新掌权之后，史可法和马士英两人既没有原本历史上的矛盾，也没有原本历史上的地位。马士英更是没有原本历史上的拥护之功，让他入阁，其实只是崇祯皇帝拉拢这支力量的手段罢了。
文官安排妥当之后，就轮到了原本历史上的“江北四镇”，不过因为朱慈烺的到来，他们都没了原本的威风，同样也没了所谓的拥护之功，加上朱慈烺麾下大军的威慑，如今一个比一个乖。
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军事方面的事情崇祯不懂，似乎也真的是吸取了教训，没有再胡乱指挥，全权交给了皇太子朱慈烺来谋划。
相较于原本历史上的安排，朱慈烺根据当前的局势和自己的需要，在驻防地上，稍稍做了一些改变。
手下兵马较强，也忠心耿耿的黄得功驻守庐州府，和州府，刘良佐驻守在凤阳府西南，两人互为犄角，防范来自河南方面的敌人。凤阳总督马士英统制两人，带着他的兵马驻守于两人之后，协助防守。
马士英原本手中兵马不少的，但是被卢九德阴了一招，几乎半数精锐都被朱慈烺吞并了，他还不敢问对方要回来，更不敢有一丝抱怨，根本就是“哑巴吃黄连，有苦说不出”。
当然，和他一样遭遇的，还有刘泽清。马化豹最终趁乱逃往河南了，这让他受人以话柄，只能夹着尾巴做人，眼睁睁地看着自己手中最精锐的千余兵马被朱慈烺带走了。
同时，实力在四镇中最为强悍的高杰所部驻扎在凤阳府东北的州县，以及徐州府，刘泽清还是被分配在了淮安府，两人结成了抵御来自山东之敌的防线。巡抚淮扬的路振飞统制两人，同样带着他的巡抚标兵营协助防守。
而扬州府，镇江府，应天府则成了朱慈烺麾下大军的驻防地，这一次，高杰也不敢再来抢夺扬州了，这可是皇太子的地盘，除非他是想要另外三镇和马士英，路振飞两个大人升官快点，怀着大无畏的精神，主动献出自己的生命和兵马。
朱慈烺也顺势安排了麾下兵马的部署和训练，并把之前封给他们的官职和部队的最终编制给落实了。
这个时期明军的军队编制十分混乱，各地方将领的个人喜好在其中又发挥着相当大的作用，使得各支军队的编制差异巨大，相互之间的配合作战更加困难。
不过，他们大多都参考了戚继光当初在北方的练兵方略，甚至就是战场军阵的布置，也在很多方面可以看到当年北方戚家军的影子，这也让同样使用戚继光练兵之法的朱慈烺省事了许多。
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而朱慈烺的军制调整其实也谈不上什么大改，就是借着训练新兵的机会，将两万纤夫和收拢吞并而来的近五千兵马重新打散重整，各营兵马按照编制补充完整，形成基本标准，以期充分发挥大军的最佳战斗力。
按照朱慈烺的设想，最核心的主力野战军主要分成了战兵营，骑兵营，混编营三种类型。
战兵营以步卒战兵为主，火枪，长枪，刀盾为主要武器，并配备虎蹲炮，四磅炮等轻型火炮，组成炮队，满编人数在两千七百人左右。
虎蹲炮是大明工匠就有能力生产的，四磅炮或许还需要等到汤若望从澳门把工匠带回来，但朱慈烺这个编制原本就是为了将来很长一段时期设立的，所以如今早做准备也没有错。
骑兵营则是弓弩，长枪刀斧为主要武器，并配备有重量较轻，发射霰弹的虎蹲炮，满编人数同样在两千七百人左右。
朱慈烺还计划给一部分骑兵营配上短铳，但现在火器工坊的生产力还远没跟上，这个计划目前和四磅炮一样，还停留在了设想阶段。
而且，以朱慈烺目前拥有的战马，他现在最多凑出一个独立的战兵营来。
至于混编营，则是在一个战兵营的基础上加上两个千总，一千四百余骑兵，以及一个上百人的炮队，使得其具有综合攻击能力，可以脱离主力兵团单独执行作战任务，总兵力接近五千人。
除此之外，按照朱慈烺的计划，他的部队还要有水兵营，车营，辎重运输营等，这些都是主战部队之外的兵种补充，在大战中或许不显眼，但都是不可或缺的存在，否则战兵，火枪兵，骑兵的威力都难以发挥。
其中，水兵营朱慈烺目前还没有头绪，南京水营他是不信的，那些船可以用，但是人就算了，他打算拉拢郑成功之后，再把这个明末海战第一强者用上。到时候打造一支所向披靡的水师，绝对不成问题。
对于大军整编而言，其实现在最严重的还是相对应的火器配备问题，虽然南京府库里还有不少刀枪，但是火炮火枪都不堪一用，无论是大型火炮，还是将来配备到各营的中小型火炮，还是得朱慈烺想办法生产，而数以万计的火枪需求，更是让他头疼不已。
不过，这种事也急不来，朱慈烺还得协调各部，从广东，福建招揽工匠，还要等汤若望启程，前往澳门。
而他当下首要解决的，还是官制问题，那个时候崇祯封的官都太高了，只是唬人用的，实际上那么用，今后立了功，就没法再加封了。
于是乎，朱慈烺私底下又给他们重新设立了一套符合实际的官职，同时也是为了确立自己对这支军队的绝对领导权。
他们是皇太子的兵，不是皇帝的兵，这是朱慈烺要明确告诉手下每一个将领的。若是谁敢逾越了这一条，那可别怪他不念情份，痛下杀手了。